После обретения независимости, самое большое достижение клуба было достигнуто в сезоне 1992–93 , когда он занял 3-е место в Умаглесской лиге . В этот период команду возглавлял Отар Габелия , а название клуба было изменено на ФК Эрквани Гурджаани. [2] [3] Затем в 1993 году название было снова изменено на Алазани Гурджаани. [4]
В сезоне 2014/15 «Алазани» занял 2-е место в группе «Восток» третьей лиги, отстав от лидера группы на одно очко. [5] В 2020 году клуб принял участие в турнире Regionuli Liga .