Проект 100K Pathogen Genome был запущен в июле 2012 года Бартом Ваймером (UC Davis) как академическое, государственное и частное партнерство. [1] Он направлен на секвенирование геномов 100 000 инфекционных микроорганизмов для создания базы данных последовательностей бактериальных геномов для использования в общественном здравоохранении, обнаружении вспышек и обнаружении бактериальных патогенов. Это ускорит диагностику пищевых заболеваний и сократит вспышки инфекционных заболеваний. [2]
Проект 100K Pathogen Genome — это совместный государственно-частный проект по секвенированию геномов 100 000 инфекционных микроорганизмов. Проект 100K Genome предоставит дорожную карту для разработки тестов для более быстрой идентификации патогенов и отслеживания их происхождения. [3]
Партнерами, о которых было объявлено при запуске проекта, были Калифорнийский университет в Дэвисе , Agilent Technologies и Управление по контролю за продуктами и лекарствами США, а также Центры по контролю и профилактике заболеваний США и Министерство сельского хозяйства США , отмеченные в качестве соавторов. По мере развития проекта партнерство развивалось, включая или заменяя этих партнеров-основателей. [3] Проект 100K Pathogen Genome был выбран Консорциумом по безопасности пищевых продуктов IBM/Mars для метагеномных последовательностей. [4]
Проект 100K Pathogen Genome проводит высокопроизводительное секвенирование следующего поколения (NGS) для исследования геномов целевых микроорганизмов , при этом секвенирование всего генома будет проводиться на небольшом количестве микроорганизмов для использования в качестве референсного генома . Большинство бактериальных штаммов будут секвенированы и собраны в виде черновых геномов; однако проект также создал закрытые геномы для различных кишечных патогенов в биопроекте 100K. [5]
Эта стратегия позволяет осуществлять всемирное сотрудничество для идентификации наборов генетических биомаркеров , связанных с важными признаками патогенов. Этот пятилетний проект по микробным патогенам приведет к созданию бесплатной общедоступной базы данных, содержащей информацию о последовательностях для генома каждого патогена. Завершенные последовательности генов будут храниться в общедоступной базе данных Национального центра биотехнологической информации ( NCBI ) Национального института здравоохранения ( NIH ) . [6] Используя базу данных, ученые смогут разрабатывать новые методы контроля болезнетворных бактерий в пищевой цепи.