stringtranslate.com

Проект «Геном патогена 100K»

Проект 100K Pathogen Genome был запущен в июле 2012 года Бартом Ваймером (UC Davis) как академическое, государственное и частное партнерство. [1] Он направлен на секвенирование геномов 100 000 инфекционных микроорганизмов для создания базы данных последовательностей бактериальных геномов для использования в общественном здравоохранении, обнаружении вспышек и обнаружении бактериальных патогенов. Это ускорит диагностику пищевых заболеваний и сократит вспышки инфекционных заболеваний. [2]

Проект 100K Pathogen Genome — это совместный государственно-частный проект по секвенированию геномов 100 000 инфекционных микроорганизмов. Проект 100K Genome предоставит дорожную карту для разработки тестов для более быстрой идентификации патогенов и отслеживания их происхождения. [3]

Партнерами, о которых было объявлено при запуске проекта, были Калифорнийский университет в Дэвисе , Agilent Technologies и Управление по контролю за продуктами и лекарствами США, а также Центры по контролю и профилактике заболеваний США и Министерство сельского хозяйства США , отмеченные в качестве соавторов. По мере развития проекта партнерство развивалось, включая или заменяя этих партнеров-основателей. [3] Проект 100K Pathogen Genome был выбран Консорциумом по безопасности пищевых продуктов IBM/Mars для метагеномных последовательностей. [4]

Проект 100K Pathogen Genome проводит высокопроизводительное секвенирование следующего поколения (NGS) для исследования геномов целевых микроорганизмов , при этом секвенирование всего генома будет проводиться на небольшом количестве микроорганизмов для использования в качестве референсного генома . Большинство бактериальных штаммов будут секвенированы и собраны в виде черновых геномов; однако проект также создал закрытые геномы для различных кишечных патогенов в биопроекте 100K. [5]

Эта стратегия позволяет осуществлять всемирное сотрудничество для идентификации наборов генетических биомаркеров , связанных с важными признаками патогенов. Этот пятилетний проект по микробным патогенам приведет к созданию бесплатной общедоступной базы данных, содержащей информацию о последовательностях для генома каждого патогена. Завершенные последовательности генов будут храниться в общедоступной базе данных Национального центра биотехнологической информации ( NCBI ) Национального института здравоохранения ( NIH ) . [6] Используя базу данных, ученые смогут разрабатывать новые методы контроля болезнетворных бактерий в пищевой цепи.

Ссылки

  1. ^ Бертон, Томас (12 июля 2012 г.). «FDA стремится отслеживать генетические коды пищевых бактерий». Wall Street Journal . Получено 16 июля 2018 г.
  2. ^ Curtis Allen (12 июля 2012 г.). «FDA, UC Davis, Agilent Technologies и CDC создадут общедоступную базу данных геномов пищевых патогенов». Министерство здравоохранения и социальных служб США. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 г. Получено 2 декабря 2016 г.
  3. ^ ab Bailey, Pat (2012-07-12). "Проект 100K Genome Project нацелен на пищевые заболевания". Калифорнийский университет в Дэвисе . Архивировано из оригинала 2023-09-10 . Получено 2024-06-25 .
  4. ^ Малой, Лорел (2015-02-06). «Mars и IBM борются с патогенами, передающимися через продукты питания, с помощью анализа ДНК». Food Online . Получено 2024-06-25 .
  5. ^ "100K Food Pathogen Project". Национальная медицинская библиотека США. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 года . Получено 1 декабря 2016 года .
  6. ^ "100K Genome Project Launched to Sequence Genomes of Foodborne, Waterborne pathogens". Genomeweb LLC. 12 июля 2012 г. Архивировано из оригинала 2 декабря 2016 г. Получено 2 декабря 2016 г.

Внешние ссылки