stringtranslate.com

Журнал клеточной биологии

Журнал клеточной биологии — рецензируемый научный журнал, издаваемый издательством Рокфеллеровского университета .

История

В начале 1950-х годов небольшая группа биологов начала изучать внутриклеточную анатомию, используя новую технологию электронной микроскопии . Многие из этих исследователей работали в Рокфеллеровском институте медицины, предшественнике Рокфеллеровского университета . По мере того, как их работа продвигалась к публикации, они были разочарованы ограниченным качеством воспроизведения полутоновых изображений в печатных журналах того времени и были разочарованы узкой редакционной политикой существующих журналов в отношении их результатов, основанных на изображениях. В 1954 году директор Рокфеллеровского института Детлев Бронк созвал обед, чтобы обсудить создание нового журнала как места для публикации такого рода работ. [1]

Первый выпуск журнала The Journal of Biophysical and Biochemical Cytology был опубликован менее чем через год, 25 января 1955 года. Подписка стоила 15 долларов в год. В список редакторов вошли Ричард С. Бир, Х. Стэнли Беннетт, Альберт Л. Ленингер , Джордж Э. Палад , Кейт Р. Портер , Фрэнсис О. Шмитт , Франц Шрадер и Арнольд М. Селигман. В инструкциях для авторов описывалась сфера деятельности журнала: « Журнал The Journal of Biophysical and Biochemical Cytology призван стать общей средой для публикации морфологических , биофизических и биохимических исследований клеток, их компонентов и их продуктов. Особое внимание будет уделено отчетам о клеточной организации на коллоидном и молекулярном уровнях, а также исследованиям, интегрирующим цитологическую информацию, полученную с помощью различных технических подходов». Понимая, что им нужно более броское название, редакторы изменили название на The Journal of Cell Biology («JCB») в 1962 году.

В журнале было опубликовано множество основополагающих открытий, включая первые описания многочисленных клеточных функций и структур, таких как секреторный путь , [2] [3] [4] [5] [6] [7] митохондриальная [8] [9] и хлоропластная [10] ДНК , микротрубочки , [11] [12] промежуточные филаменты , [13] плотные контакты [14] (включая окклюдины [15] и клаудины [16] ), адгезионные контакты , [14] и кадгерины . [17]

Ключевые даты

Реферирование и индексирование

По данным Journal Citation Reports , импакт-фактор журнала за 2021 год составил 8,077, что ставит его на 28-е место из 201 журнала в категории «Клеточная биология». [20]

Онлайн доступ

Журнал был впервые опубликован в сети 13 января 1997 года. Весь контент был бесплатным для общественности в течение первого года онлайн-публикации. В январе 1998 года весь основной исследовательский контент был помещен под контроль доступа, но весь новостной и обзорный контент оставался бесплатным для общественности сразу после публикации.

В январе 2001 года в ответ на призывы научного сообщества предоставить бесплатный доступ к результатам финансируемых государством исследований журнал одним из первых опубликовал свой основной исследовательский контент для общественности через 6 месяцев после публикации. [21]

В июне 2003 года весь контент, начиная с тома 1, выпуска 1, был размещен в Интернете и предоставлялся бесплатно. [22]

В ноябре 2007 года, в ожидании распоряжения Национальных институтов здравоохранения о публичном доступе к результатам исследований, финансируемых NIH, журнал начал размещать весь свой контент в PubMed Central , где окончательная опубликованная версия становится доступной для общественности через 6 месяцев после публикации. [23]

Авторские права и использование третьими лицами

В июле 2000 года журнал был одним из первых [ нужна цитата ] , который позволил авторам размещать окончательный, опубликованный файл PDF своих статей на своих собственных веб-сайтах. [24] 1 мая 2008 года политика в отношении авторских прав была изменена, что позволило авторам сохранять авторские права на свои собственные работы. В то же время содержание журнала было открыто для использования третьими лицами по лицензии Creative Commons . [ нужна цитата ] Единственное ограничение на такое использование третьими лицами заключается в том, что они не могут создать бесплатный зеркальный сайт в течение первых шести месяцев после публикации.

Целостность данных

Истоки сканирования изображений

В 2002 году журнал принял полностью электронный производственный процесс. Это означает, что весь текст представляется в виде электронных файлов документов, а все рисунки представляются в виде электронных файлов изображений. При форматировании файлов рисунков для принятой рукописи Майк Росснер , который тогда был управляющим редактором , обнаружил вестерн-блот , в котором интенсивность одной полосы была выборочно скорректирована относительно других полос. Исходные данные были получены от авторов, и было очевидно, что манипуляция повлияла на интерпретацию данных. Редакционное принятие рукописи было отменено, и журнал немедленно инициировал политику проверки всех изображений во всех принятых статьях на предмет доказательств манипуляции изображениями. [25]

Рекомендации по обработке цифровых изображений

В ходе консультаций с практикующими учеными из редакционной коллегии были разработаны руководящие принципы по обработке цифровых изображений, которые впервые были опубликованы в июне 2003 года. [26]

Реклама о манипуляции изображениями и проверке изображений

Программа скрининга изображений журнала была опубликована в статье в Nature в апреле 2005 года под названием «CSI Cell Biology». [27] В Рождество 2005 года The New York Times опубликовала статью, показывающую, что манипуляция изображениями была частью научного мошенничества, совершенного Хван У-Суком и его коллегами. [28] Когда стало очевидно, что программа скрининга Journal of Cell Biology обнаружила бы манипуляцию изображениями до публикации, New York Times осветила процесс журнала на титульном листе своего раздела Science Times 24 января 2006 года. [29] Это повысило осведомленность общественности и других биомедицинских журналов о потенциальной ценности скрининга изображений редакторами журналов.

Ответ Национальной академии наук

В феврале 2006 года редакторы заявили о необходимости одобренных сообществом стандартов для поддержания целостности данных в письме президенту Национальной академии наук США Ральфу Сисероне . [30] Письмо, наряду с последующими опасениями по поводу цифровых данных, высказанными другими научными издательствами, послужило толчком к исследованию Комитета по науке, технике и государственной политике (совместное подразделение академии, Национальной академии инженерии и Института медицины ) с целью изучения вопроса целостности данных. Исследование было заказано в мае 2006 года. [ необходима цитата ]

Майк Росснер выступил с докладом перед Комитетом на открытом заседании в апреле 2007 года, в котором он описал опыт JCB и других журналов Rockefeller University Press в работе с манипуляциями с изображениями. Он отметил, что разработка стандартов целостности данных должна быть обязанностью исследовательского сообщества, но JCB взяла на себя эту роль, поскольку таких стандартов не существовало, когда JCB впервые столкнулась с этой проблемой в 2002 году.

Комитет опубликовал свой отчет под названием «Обеспечение целостности, доступности и управления исследовательскими данными в цифровую эпоху» в июле 2009 года. [31] В заявлении NAS конкретно упоминается JCB за его активные шаги по установлению конкретных руководящих принципов для «приемлемых и неприемлемых способов изменения изображений». Отчет рассматривает проблему целостности данных с точки зрения как правдивости, так и точности при получении и представлении данных, а также с точки зрения доступности данных с течением времени. Он не содержит никаких конкретных стандартов для поддержания целостности данных и никаких рекомендаций по обеспечению соблюдения этих стандартов после их установления. Отчет пришел к общему выводу о том, что «сами исследователи несут ответственность за обеспечение целостности своих исследовательских данных».

Технические инновации

Стандарт RGB

JCB был первым журналом, принявшим «стандарт RGB» для воспроизведения цветных изображений. Чтобы максимизировать качество воспроизведения цветных изображений, JCB объявил в январе 2004 года [32] , что онлайн-версия журнала является «журналом записи», и изображения будут воспроизводиться онлайн с использованием файлов авторов в той же цветовой схеме (красный, зеленый, синий), в которой они получены цифровыми камерами, и которая используется для их отображения на мониторе компьютера.

Ранее авторам предлагалось преобразовать свои файлы RGB в цветовую схему CMYK , необходимую для печати на бумаге, что приводило к существенной потере блеска изображения. Затем эти файлы CMYK издатель преобразовывал обратно в RGB для публикации в сети, что приводило ко второму раунду изменения исходных цветов. Появление рабочего процесса RGB позволило отображать цвета в онлайн-публикации точно так же, как они отображались в исходных файлах авторов.

JCB DataViewer

1 декабря 2008 года JCB запустила JCB DataViewer — первое браузерное приложение для просмотра исходных многомерных данных изображений. [33] Это приложение было создано совместно с Glencoe Software [34] с использованием движка управления данными на основе программного обеспечения OMERO, разработанного Open Microscopy Environment. [35] Glencoe Software также разработала приложение «Rollup» для загрузки исходных файлов изображений в DataViewer. DataViewer поддерживает многочисленные фирменные типы файлов из различных микроскопов и систем документирования гелей. [36]

Это революционное приложение позволяет авторам JCB представлять многомерные данные изображений по мере их получения, давая им возможность делиться данными, которыми ранее было невозможно поделиться. Читатели JCB могут видеть исходные данные, подтверждающие опубликованную статью, и они могут взаимодействовать с этими данными, прокручивая стек az или стек покадровых изображений. Пользователи могут выбирать отдельные каналы для просмотра или просматривать все каналы по отдельности на одном экране. Они также могут создавать линейные графики интенсивности пикселей вдоль любой горизонтальной или вертикальной оси.

Обновление программного обеспечения в августе 2012 года позволяет пользователю плавно переходить от 1-миллиметрового к 1-микрометровому увеличению изображений, собранных с оптических и электронных микроскопов. В качестве примера они предоставляют полное изображение эмбриона данио-рерио. [37] [38]

Ссылки

  1. ^ "Введение: воспоминания о начале журнала клеточной биологии". Jcb.rupress.org. 1 декабря 1981 г. Получено 20 октября 2011 г.
  2. ^ Siekevitz, Philip; Palade, George E. (25 сентября 1958 г.). «Цитохимическое исследование поджелудочной железы морской свинки». Журнал биофизической и биохимической цитологии . 4 (5): 557–566. doi : 10.1083/jcb.4.5.557 . PMC 2224556. PMID  13587549 . 
  3. ^ Siekevitz, Philip; Palade, George E. (1 июля 1960 г.). «Цитохимическое исследование поджелудочной железы морской свинки». Журнал биофизической и биохимической цитологии . 7 (4): 619–630. doi : 10.1083/jcb.7.4.619 . PMC 2224887. PMID  14446510 . 
  4. ^ Каро, Люсьен Г.; Палад, Джордж Э. (1 марта 1964 г.). «Синтез, хранение и выброс белка в экзокринной клетке поджелудочной железы». Журнал клеточной биологии . 20 (3): 473–495. doi : 10.1083/jcb.20.3.473 . PMC 2106415. PMID  14128049 . 
  5. ^ Джеймисон, Джеймс Д.; Палад, Джордж Э. (1 августа 1967 г.). «Внутриклеточный транспорт секреторных белков в экзокринных клетках поджелудочной железы». Журнал клеточной биологии . 34 (2): 577–596. doi : 10.1083 /jcb.34.2.577 . PMC 2107305. PMID  6035647. 
  6. ^ Джеймисон, Джеймс Д.; Палад, Джордж Э. (1 августа 1967 г.). «Внутриклеточный транспорт секреторных белков в экзокринных клетках поджелудочной железы». Журнал клеточной биологии . 34 (2): 597–615. doi : 10.1083/jcb.34.2.597 . PMC 2107311. PMID  6035648 . 
  7. ^ Джеймисон, Джеймс Д.; Палад, Джордж Э. (1 июля 1971 г.). «Синтез, внутриклеточный транспорт и выброс секреторных белков в стимулированных экзокринных клетках поджелудочной железы». Журнал клеточной биологии . 50 (1): 135–158. doi : 10.1083/jcb.50.1.135 . PMC 2108418. PMID  4327462. 
  8. ^ Nass, Margit MK; Nass, Sylvan (1 декабря 1963 г.). «Внутримитохондриальные волокна с характеристиками ДНК». Журнал клеточной биологии . 19 (3): 593–611. doi : 10.1083/jcb.19.3.593 . PMC 2106331. PMID  14086138 . 
  9. ^ Nass, Sylvan; Nass, Margit MK (1 декабря 1963 г.). «Внутримитохондриальные волокна с характеристиками ДНК». Журнал клеточной биологии . 19 (3): 613–629. doi : 10.1083/jcb.19.3.613 . PMC 2106332. PMID  14086139 . 
  10. ^ Ханс Рис; Вальтер Плаут (1 июня 1962 г.). «Ультраструктура ДНК-содержащих областей в хлоропласте хламидомонады». Журнал клеточной биологии . 13 (3). Jcb.rupress.org: 383–391. doi : 10.1083/jcb.13.3.383. PMC 2106071. PMID  14492436. 
  11. ^ Slautterback, David B. (1 августа 1963 г.). «Цитоплазматические микротрубочки». Журнал клеточной биологии . 18 (2): 367–388. doi : 10.1083/jcb.18.2.367 . PMC 2106295. PMID  14079495 . 
  12. ^ Ledbetter, MC; Porter, KR (1 октября 1963 г.). «Микротрубочка» в тонкой структуре растительной клетки». Журнал клеточной биологии . 19 (1): 239–250. doi : 10.1083/jcb.19.1.239 . PMC 2106853. PMID  19866635 . 
  13. ^ H. Ishikawa; R. Bischoff; H. Holtzer (1 сентября 1968 г.). «Митоз и филаменты среднего размера в развивающихся скелетных мышцах». Журнал клеточной биологии . 38 (3). Jcb.rupress.org: 538–555. doi : 10.1083/jcb.38.3.538. PMC 2108373. PMID  5664223. 
  14. ^ ab Мэрилин Г. Фаркуар; Джордж Э. Палад (1 мая 1963 г.). «Соединительные комплексы в различных эпителиях». Журнал клеточной биологии . 17 (2). Jcb.rupress.org: 375–412. doi : 10.1083/jcb.17.2.375. PMC 2106201. PMID  13944428. 
  15. ^ Furuse, M. (15 декабря 1993 г.). «Окклюдин: новый интегральный мембранный белок, локализующийся в плотных контактах». Журнал клеточной биологии . 123 (6). Jcb.rupress.org: 1777–1788. doi :10.1083/jcb.123.6.1777. PMC 2290891. PMID  8276896 . 
  16. ^ Фурусе, Микио; Фудзита, Кодзи; Хиираги, Такаши; Фудзимото, Казуши; Цукита, Шоичиро (29 июня 1998 г.). «Клаудин-1 и -2: новые интегральные мембранные белки, локализующиеся в плотных контактах без сходства последовательностей с окклудином». Журнал клеточной биологии . 141 (7). Jcb.rupress.org: 1539–1550. doi : 10.1083/jcb.141.7.1539. PMC 2132999. PMID  9647647. 
  17. ^ M Takeichi (1 ноября 1977 г.). «Функциональная корреляция между адгезивными свойствами клеток и некоторыми белками клеточной поверхности». Журнал клеточной биологии . 75 (2). Jcb.rupress.org: 464–474. doi : 10.1083/jcb.75.2.464 . PMC 2109947. PMID  264120 . 
  18. ^ «Дань уважения Алану Холлу». Журнал клеточной биологии . 209 (4): 475–479. 2015. doi :10.1083/jcb.201505051. PMC 4442820. PMID  25979980 . 
  19. ^ «Джоди Нуннари назначена главным редактором журнала «Journal of Cell Biology» | Newswise: Новости для журналистов».
  20. ^ "Ранжирование журналов по степени воздействия: клеточная биология". Отчеты о цитировании журналов за 2021 год . Web of Science (научное изд.). Clarivate . 2022.
  21. ^ Айра Меллман (9 июля 2001 г.). «Журнал клеточной биологии приобретает новый облик». Журнал клеточной биологии . 154 (1). Rockefeller University Press: 9. doi : 10.1083/jcb.200106064 . PMC 2196869 . 
  22. ^ Айра Меллман (5 апреля 2004 г.). «Предоставление реалистичного доступа». Журнал клеточной биологии . 165 (1). Rockefeller University Press: 19–20. doi : 10.1083/jcb.200403076 . PMC 2172098 . 
  23. ^ Эмма Хилл (1 октября 2007 г.). «Контент JCB автоматически размещается в PubMed Central (PMC)». Журнал клеточной биологии . 179 (1). Rockefeller University Press: 9. doi : 10.1083/jcb.200708190 . PMC 2064724 . 
  24. ↑ Эмма Хилл; Майк Росснер (30 апреля 2008 г.). «Вы написали это; вы владеете этим!». Журнал клеточной биологии . 181 (3). Rockefeller University Press: 405–406. doi : 10.1083/jcb.200804037 . PMC 2364694. PMID  18450642 . 
  25. ^ Майк Росснер (30 сентября 2002 г.). «Манипуляция фигурами». Журнал клеточной биологии . 158 (7). Rockefeller University Press: 1151. doi : 10.1083/jcb.200209084 . PMC 2173234 . 
  26. ^ Майк Росснер (9 июня 2003 г.). «JCB 2003». Журнал клеточной биологии . 161 (5). Rockefeller University Press: 837–838. doi : 10.1083/jcb.200305023 . PMC 2172958 . 
  27. ^ Пирсон, Хелен (20 апреля 2005 г.). «Доступ: Обработка изображений: CSI: клеточная биология». Nature . 434 (7036): 952–953. doi : 10.1038/434952a . PMID  15846316.
  28. ^ «Ученый-клон полагался на коллег и корейскую гордость». The New York Times . 7 июля 2010 г. Получено 20 октября 2011 г.
  29. ↑ Уэйд, Николас (24 января 2006 г.). «Это может выглядеть подлинным; вот как узнать, что это не так – New York Times». The New York Times . Получено 20 октября 2011 г.
  30. ^ "Архивная копия" (PDF) . Письмо. Архивировано из оригинала (PDF) 17 июля 2011 г. . Получено 12 октября 2009 г. .{{cite press release}}: CS1 maint: архивная копия как заголовок ( ссылка ) CS1 maint: другие ( ссылка )
  31. ^ "Newsroom". National-Academies.org. 22 июля 2009 г. Получено 20 октября 2011 г.
  32. ↑ Майк Росснер 1 и Роб О'Доннелл 2 (5 января 2004 г.). «JCB позволит вашим данным засиять в RGB». Журнал клеточной биологии . 164 (1). Jcb.rupress.org: 11–13. doi : 10.1083/jcb.200312069 . PMC 2171972 . PMID  18172955. {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  33. ^ Эмма Хилл (3 декабря 2008 г.). «Представляем JCB DataViewer, браузерное приложение для просмотра исходных файлов изображений». Журнал клеточной биологии . 183 (6). Jcb.rupress.org: 969–970. doi : 10.1083/jcb.200811132 . PMC 2600755 . 
  34. ^ "Glencoe Software". Glencoe Software . Получено 20 октября 2011 г. .
  35. ^ "The Open Microscopy Environment – ​​OME". Openmicroscopic.org. 7 октября 2011 г. Архивировано из оригинала 3 июля 2009 г. Получено 20 октября 2011 г.
  36. ^ "JCBDataViewer – Поддерживаемые типы файлов". Jcb-dataviewer.rupress.org . Получено 20 октября 2011 г. .
  37. ^ Уильямс, Элизабет Х.; Карпентье, Памела; Мистели, Том (2012). «JCB Data Viewer масштабируется». Журнал клеточной биологии . 198 (3): 271–272. doi : 10.1083/jcb.201207117 . PMC 3413368. PMID  22869591 . 
  38. ^ Faas, Frank GA; Avramut, M. Cristina; m. Van Den Berg, Bernard; Mommaas, A. Mieke; Koster, Abraham J.; Ravelli, Raimond BG (2012). «Виртуальная наноскопия: создание сверхбольших карт электронной микроскопии высокого разрешения». The Journal of Cell Biology . 198 (3): 457–469. doi : 10.1083/jcb.201201140 . PMC 3413355. PMID  22869601 . 

Внешние ссылки