Анализ ДНКазного следа [1] представляет собой метод определения ДНК-следов из молекулярной биологии / биохимии , который обнаруживает взаимодействие ДНК и белка, используя тот факт, что белок, связанный с ДНК, часто защищает эту ДНК от ферментативного расщепления. Это позволяет найти сайт связывания белка на конкретной молекуле ДНК. В этом методе используется фермент дезоксирибонуклеаза (сокращенно ДНКаза) для разрезания радиоактивно меченной на концах ДНК с последующим гель-электрофорезом для обнаружения полученной картины расщепления.
Например, интересующий фрагмент ДНК может быть амплифицирован с помощью ПЦР с использованием праймера, меченного 32 P 5', в результате чего образуется множество молекул ДНК с радиоактивной меткой на одном конце одной цепи каждой двухцепочечной молекулы. Расщепление ДНКазой приводит к образованию фрагментов. Фрагменты, меньшие по отношению к 32 P-меченному концу, будут располагаться дальше в геле, чем более длинные фрагменты. Затем гель используется для экспонирования специальной фотопленки.
Характер расщепления ДНК в отсутствие ДНК-связывающего белка, обычно называемый свободной ДНК, сравнивают с характером расщепления ДНК в присутствии ДНК-связывающего белка. Если белок связывает ДНК, сайт связывания защищен от ферментативного расщепления. В результате этой защиты на геле останется чистая область, называемая «следом».
Варьируя концентрацию ДНК-связывающего белка, можно оценить аффинность связывания белка по минимальной концентрации белка, при которой наблюдается след.
Этот метод был разработан Дэвидом Дж. Галасом и Альбертом Шмитцем в Женеве в 1977 году [2].