stringtranslate.com

Транскрипция стока

Анализ транскрипции стока — это анализ в молекулярной биологии , который проводится in vitro для определения положения сайта начала транскрипции (1 пара оснований выше) конкретного промотора, а также его точности и скорости транскрипции in vitro . [1] [2] [3]

Сток-транскрипцию можно использовать для количественного измерения влияния изменения областей промотора на уровни транскрипции in vitro, [1] [2] [4] Однако из-за своей природы in vitro этот анализ не может точно предсказать транскрипцию клеточно-специфического гена. скорости, в отличие от анализов in vivo, таких как ядерный анализ. [1] [2]

Для проведения анализа транскрипции интересующий ген, включая промотор , клонируют в плазмиду . [4] Плазмиду расщепляют по известному сайту разреза рестриктазой, расположенному ниже сайта начала транскрипции, так что ожидаемый продукт оттока мРНК можно было бы легко отделить с помощью гель-электрофореза . [1] [2] [4] Перед проведением этого анализа ДНК должна быть тщательно очищена. [1] [2] Для инициации транскрипции к линеаризованной ДНК добавляются радиоактивно меченные UTP , другие нуклеотиды и РНК-полимераза . [1] [2] Транскрипция продолжается до тех пор, пока РНК-полимераза не достигнет конца ДНК, где она просто «съезжает» с матрицы ДНК, в результате чего образуется фрагмент мРНК определенной длины. [1] [2] Затем этот фрагмент можно разделить с помощью гель-электрофореза вместе со стандартами размера и подвергнуть авторадиографии. [1] [2] [4] Соответствующий размер полосы будет соответствовать размеру мРНК от сайта разреза рестриктазой до сайта начала транскрипции (+1). [4] Интенсивность полосы будет указывать на количество произведенной мРНК. [4]

Кроме того, его можно использовать для определения того, осуществляется ли транскрипция в определенных условиях (т.е. в присутствии различных химических веществ). [5]


Рекомендации

  1. ^ abcdefgh Левенштейн, премьер-министр; Песня, Чехия; Грин, М. (2007). Использование транскрипции in vitro для исследования регуляторных функций доменов вирусных белков . Методы молекулярной медицины. Том. 131. С. 15–31. дои : 10.1007/978-1-59745-277-9_2. ISBN 978-1-58829-901-7. ПМИД  17656772.
  2. ^ abcdefgh "Транскрипция второго тура". Молекулярная станция. Архивировано из оригинала 22 апреля 2014 года . Проверено 16 апреля 2014 г.
  3. ^ Леландайс, К; Гутьеррес, С; Матье, К; Ведель, Ф; Ремакл, С; Марешаль-Друар, Л; Бреннике, А; Биндер, С; Шетри, П. (1996). «Промоторный элемент, активный в транскрипции стока, контролирует экспрессию двух цистронов генов nad и rps в митохондриях Nicotiana sylvestris». Исследования нуклеиновых кислот . 24 (23): 4798–804. дои : 10.1093/нар/24.23.4798. ПМК 146301 . ПМИД  8972868. 
  4. ^ abcdef Эллисон, Лизабет. «Фундаментальная молекулярная биология, глава 11» (PDF) . Издательство Блэквелл . Проверено 18 апреля 2014 г.
  5. ^ Санчес, Альваро; Осборн, Мелиса Л.; Фридман, Ларри Дж.; Кондев, Джейн; Геллес, Джефф (2011). «Механизм репрессии транскрипции бактериального промотора путем анализа одиночных молекул». Журнал ЭМБО . 30 (19): 3940–3946. дои : 10.1038/emboj.2011.273. ПМК 3209775 . ПМИД  21829165.