АПАФ1

Белок млекопитающих обнаружен у Homo sapiens

Фактор активации апоптотической протеазы 1 , также известный как APAF1 , является человеческим гомологом гена CED-4 C. elegans . ^{[5] [6] [7]}

Функция

Белок был идентифицирован в лаборатории Сяодуна Вана как активатор каспазы-3 в присутствии цитохрома C и dATP. ^[8] Этот ген кодирует цитоплазматический белок, который образует один из центральных узлов в регуляторной сети апоптоза . Этот белок содержит (от N-конца) домен рекрутирования каспазы ( CARD ), домен АТФазы (NB-ARC), несколько коротких спиральных доменов, а затем несколько копий домена повтора WD40 . При связывании цитохрома c и dATP этот белок образует олигомерную апоптосому . Апоптосома связывает и расщепляет белок прокаспазы-9, высвобождая его зрелую активированную форму. Точный механизм этой реакции все еще обсуждается, хотя работа, опубликованная Гаем Сальвесеном , предполагает, что апоптосома может вызывать димеризацию каспазы-9 и последующий автокатализ . ^[9] Активированная каспаза-9 стимулирует последующий каскад каспаз, который обязывает клетку к апоптозу.

Альтернативный сплайсинг приводит к появлению нескольких вариантов транскриптов, кодирующих различные изоформы. ^[5]

Структура

APAF1 содержит домен CARD с мотивом греческого ключа , состоящим из шести спиралей, домены связывания нуклеотидов Россмана, короткий спиральный мотив и домен крылатой спирали. ^[10]

Взаимодействия

Было показано, что APAF1 взаимодействует с:

• АПИФ , ^[11]
• BCL2-подобный 1 ^{[12] [13]}
• Каспаза-9 , ^{[14] [11] [15] [12] [13]}
• HSPA4 , ^[16] и
• НЛРП1 . ^[14]

Ссылки

1. GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000120868 – Ensembl , май 2017 г.
2. GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000019979 – Ensembl , май 2017 г.
3. "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
4. "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
5. "Ген Entrez: фактор активации апоптотической пептидазы APAF1 1".
6. Zou H, Henzel WJ, Liu X, Lutschg A, Wang X (август 1997 г.). "Apaf-1, человеческий белок, гомологичный CED-4 C. elegans, участвует в цитохром-c-зависимой активации каспазы-3". Cell . 90 (3): 405–13. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80501-2 . PMID  9267021. S2CID  18105320.
7. Kim H, Jung YK, Kwon YK, Park SH (1999). «Присвоение гена фактора активации апоптотической протеазы-1 (APAF1) полосе хромосомы человека 12q23 с помощью флуоресцентной гибридизации in situ». Цитогенетика и клеточная генетика . 87 (3–4): 252–3. doi :10.1159/000015436. PMID  10702682. S2CID  10377371.
8. Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (ноябрь 1997 г.). «Цитохром c и dATP-зависимое образование комплекса Apaf-1/каспаза-9 инициирует апоптотический протеазный каскад». Cell . 91 (4): 479–89. doi : 10.1016/s0092-8674(00)80434-1 . PMID  9390557. S2CID  14321446.
9. Pop C, Timmer J, Sperandio S, Salvesen GS (апрель 2006 г.). «Апоптосома активирует каспазу-9 путем димеризации». Molecular Cell . 22 (2): 269–75. doi : 10.1016/j.molcel.2006.03.009 . PMID  16630894.
10. Riedl SJ, Li W, Chao Y, Schwarzenbacher R, Shi Y (апрель 2005 г.). «Структура фактора 1, активирующего апоптотическую протеазу, связанного с АДФ». Nature . 434 (7035): 926–33. Bibcode :2005Natur.434..926R. doi :10.1038/nature03465. PMID  15829969. S2CID  4355459.
11. Cho DH, Hong YM, Lee HJ, Woo HN, Pyo JO, Mak TW, Jung YK (сентябрь 2004 г.). «Индуцированное ингибирование ишемического/гипоксического повреждения APIP, новым белком, взаимодействующим с Apaf-1». Журнал биологической химии . 279 (38): 39942–50. doi : 10.1074/jbc.M405747200 . PMID  15262985.
12. Hu Y, Benedict MA, Wu D, Inohara N, Núñez G (апрель 1998 г.). «Bcl-XL взаимодействует с Apaf-1 и ингибирует активацию каспазы-9, зависящую от Apaf-1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (8): 4386–91. Bibcode : 1998PNAS ...95.4386H. doi : 10.1073/pnas.95.8.4386 . PMC 22498. PMID  9539746. 
13. Pan G, O'Rourke K, Dixit VM (март 1998). «Caspase-9, Bcl-XL и Apaf-1 образуют тройной комплекс». Журнал биологической химии . 273 (10): 5841–5. doi : 10.1074/jbc.273.10.5841 . PMID  9488720.
14. Chu ZL, Pio F, Xie Z, Welsh K, Krajewska M, Krajewski S, Godzik A, Reed JC (март 2001 г.). «Новый усилитель апоптосомы Apaf1, участвующий в активации каспазы, зависящей от цитохрома c, и апоптозе». Журнал биологической химии . 276 (12): 9239–45. doi : 10.1074/jbc.M006309200 . PMID  11113115.
15. Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (ноябрь 1997 г.). «Цитохром c и dATP-зависимое образование комплекса Apaf-1/каспаза-9 инициирует апоптотический протеазный каскад». Cell . 91 (4): 479–89. doi : 10.1016/s0092-8674(00)80434-1 . PMID  9390557. S2CID  14321446.
16. Салех А., Шринивасула СМ., Балкир Л., Роббинс ПД., Альнемри ЭС. (август 2000 г.). «Отрицательная регуляция апоптосомы Apaf-1 с помощью Hsp70». Nature Cell Biology . 2 (8): 476–83. doi :10.1038/35019510. PMID  10934467. S2CID  20374981.

Внешние ссылки

• Расположение генома человека APAF1 и страница с подробностями гена APAF1 в браузере геномов UCSC .
• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : O14727 (фактор активации апоптотической протеазы 1) на сайте PDBe-KB .

Дальнейшее чтение

• Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (май 1999). «Повтор WD: общая архитектура для разнообразных функций». Trends in Biochemical Sciences . 24 (5): 181–5. doi : 10.1016/S0968-0004(99)01384-5 . PMID  10322433.
• van Oirschot JT (август 1999 г.). «Вакцины Diva, снижающие передачу вируса». Журнал биотехнологии . 73 (2–3): 195–205. doi :10.1016/S0168-1656(99)00121-2. PMID  10486928.
• Nakajima D, Okazaki N, Yamakawa H, Kikuno R, Ohara O, Nagase T (июнь 2002 г.). «Конструирование клонов кДНК, готовых к экспрессии, для генов KIAA: ручное курирование 330 клонов кДНК KIAA». DNA Research . 9 (3): 99–106. CiteSeerX  10.1.1.500.923 . doi :10.1093/dnares/9.3.99. PMID  12168954.
• Campioni M, Santini D, Tonini G, Murace R, Dragonetti E, Spugnini EP, Baldi A (ноябрь 2005 г.). «Роль Apaf-1, ключевого регулятора апоптоза, в прогрессировании меланомы и химиорезистентности». Experimental Dermatology . 14 (11): 811–8. doi : 10.1111/j.1600-0625.2005.00360.x . PMID  16232302. S2CID  45588573.
• Zou H, Henzel WJ, Liu X, Lutschg A, Wang X (август 1997 г.). "Apaf-1, человеческий белок, гомологичный CED-4 C. elegans, участвует в цитохром-c-зависимой активации каспазы-3". Cell . 90 (3): 405–13. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80501-2 . PMID  9267021. S2CID  18105320.
• Li P, Nijhawan D, Budihardjo I, Srinivasula SM, Ahmad M, Alnemri ES, Wang X (ноябрь 1997 г.). "Цитохром c и dATP-зависимое образование комплекса Apaf-1/каспаза-9 инициирует апоптотический протеазный каскад". Cell . 91 (4): 479–89. doi : 10.1016/S0092-8674(00)80434-1 . PMID  9390557. S2CID  14321446.
• Ishikawa K, Nagase T, Nakajima D, Seki N, Ohira M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (октябрь 1997 г.). «Предсказание кодирующих последовательностей неопознанных человеческих генов. VIII. 78 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». DNA Research . 4 (5): 307–13. doi : 10.1093/dnares/4.5.307 . PMID  9455477.
• Pan G, O'Rourke K, Dixit VM (март 1998). «Caspase-9, Bcl-XL и Apaf-1 образуют тройной комплекс». Журнал биологической химии . 273 (10): 5841–5. doi : 10.1074/jbc.273.10.5841 . PMID  9488720.
• Hu Y, Benedict MA, Wu D, Inohara N, Núñez G (апрель 1998 г.). «Bcl-XL взаимодействует с Apaf-1 и ингибирует активацию каспазы-9, зависящую от Apaf-1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (8): 4386–91. Bibcode : 1998PNAS ...95.4386H. doi : 10.1073/pnas.95.8.4386 . PMC  22498. PMID  9539746.
• Шринивасула SM, Ахмад M, Фернандес-Альнемри T, Альнемри ES (июнь 1998 г.). «Автоактивация прокаспазы-9 с помощью олигомеризации, опосредованной Apaf-1». Molecular Cell . 1 (7): 949–57. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80095-7 . PMID  9651578.
• Cecconi F, Alvarez-Bolado G, Meyer BI, Roth KA, Gruss P (сентябрь 1998 г.). "Apaf1 (гомолог CED-4) регулирует запрограммированную гибель клеток в развитии млекопитающих". Cell . 94 (6): 727–37. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81732-8 . PMID  9753320.
• Inohara N, Gourley TS, Carrio R, Muñiz M, Merino J, Garcia I, Koseki T, Hu Y, Chen S, Núñez G (декабрь 1998 г.). «Diva, гомолог Bcl-2, который напрямую связывается с Apaf-1 и вызывает независимую от BH3 гибель клеток». Журнал биологической химии . 273 (49): 32479–86. doi : 10.1074/jbc.273.49.32479 . PMID  9829980.
• Hu Y, Ding L, Spencer DM, Núñez G (декабрь 1998 г.). "Повторяющаяся область WD-40 регулирует самоассоциацию Apaf-1 и активацию прокаспазы-9". Журнал биологической химии . 273 (50): 33489–94. doi : 10.1074/jbc.273.50.33489 . PMID  9837928.
• Song Q, Kuang Y, Dixit VM, Vincenz C (январь 1999). "Boo, новый отрицательный регулятор клеточной смерти, взаимодействует с Apaf-1". The EMBO Journal . 18 (1): 167–78. doi :10.1093/emboj/18.1.167. PMC  1171112. PMID  9878060 .
• Slee EA, Harte MT, Kluck RM, Wolf BB, Casiano CA, Newmeyer DD, Wang HG, Reed JC, Nicholson DW, Alnemri ES, Green DR, Martin SJ (январь 1999 г.). «Упорядочение каскада каспаз, инициированного цитохромом c: иерархическая активация каспаз-2, -3, -6, -7, -8 и -10 в зависимости от каспазы-9». Журнал клеточной биологии . 144 (2): 281–92. doi :10.1083/jcb.144.2.281. PMC  2132895. PMID  9922454 .
• Zou H, Li Y, Liu X, Wang X (апрель 1999 г.). «Мультимерный комплекс APAF-1.цитохрома c — это функциональная апоптосома, которая активирует прокаспазу-9». Журнал биологической химии . 274 (17): 11549–56. doi : 10.1074/jbc.274.17.11549 . PMID  10206961.
• Салех А., Шринивасула СМ., Ачарья С., Фишел Р., Альнемри ЭС. (июнь 1999 г.). «Олигомеризация Apaf-1, опосредованная цитохромом c и dATP, является предпосылкой активации прокаспазы-9». Журнал биологической химии . 274 (25): 17941–5. doi : 10.1074/jbc.274.25.17941 . PMID  10364241.
• Qin H, Srinivasula SM, Wu G, Fernandes-Alnemri T, Alnemri ES, Shi Y (июнь 1999 г.). "Структурная основа рекрутирования прокаспазы-9 фактором активации апоптотической протеазы 1". Nature . 399 (6736): 549–57. Bibcode :1999Natur.399..549Q. doi :10.1038/21124. PMID  10376594. S2CID  4403525.
• Drosopoulos NE, Walsh FS, Doherty P (июнь 1999 г.). «Растворимая версия рецептороподобного белка тирозинфосфатазы каппа стимулирует рост нейритов через каскад сигналов, зависимый от Grb2/MEK1». Molecular and Cellular Neurosciences . 13 (6): 441–9. doi :10.1006/mcne.1999.0758. PMID  10383829. S2CID  35458154.