stringtranslate.com

База данных частот аллелей STR человека на Земле

База данных частот аллелей STR человека Земли [ 1] — это научный проект, основанный на динамическом веб-интерфейсе и системе управления реляционными базами данных. Его основная цель — управление популяционными данными STR, полученными со всего мира, предоставление узкоспециализированных инструментов популяционной генетики, а также обзор генетической структуры мировой популяции в глобальном масштабе.

В основе подхода EHSTRAFD лежит тенденция стандартизации рецензируемых журналов при публикации популяционных данных [2] и, что наиболее важно, распределение градиента частот аллелей по обширным географическим территориям. [3] [4] [5]

Инструменты баз данных (модули)

Глобальное отслеживание частоты аллелей (AFGT) — позволяет искать распределение частоты аллелей на глобальном и региональном уровне. Локусы STR доступны в AFGT, если они зарегистрированы как минимум в десяти популяциях EHSTRAFD. Список локусов AFGT постоянно обновляется с каждым выпуском EHSTRAFD.

Частота регионального профиля (RPF) — позволяет рассчитать частоту генетического профиля на глобальном и региональном уровне на основе текущих записей EHSTRAFD. RPF доступен только для локусов ISSOL ( стандартный набор локусов Интерпола ), ESS (европейский стандартный набор — рекомендован ENFSI) и CODIS (комбинированная система индексации ДНК).

Наиболее вероятное географическое происхождение (MPGO) — позволяет искать наиболее вероятное географическое происхождение заданного генетического профиля STR. Географическое происхождение оценивается по частоте профиля в разных популяциях. MPGO доступен только для локусов ISSOL ( Interpol Standard Set Of Loci), ESS (European Standard Set — рекомендован ENFSI) и CODIS (Combined DNA Index System).

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ EHSTRAFD - База данных частот аллелей STR человека на Земле. c2009 [цитировано 14 июня 2009 г. - R1]. Доступно на http://www.ehstrafd.org Архивировано 13 июля 2009 г. на Wayback Machine
  2. ^ Патрик Линкольн, Анхель Карраседо. Публикация популяционных данных о полиморфизме человека. Forensic Sci Int. 2000;110(1):3-5.
  3. ^ Йейтс ГБ. Теория градиентной корреляции. 1996 [цитата от 16 мая 2009 г.]. Доступно на http://www.autismtheory.org/GradientCorrelation.htm Архивировано 25 июня 2009 г. на Wayback Machine
  4. ^ Серр Д., Паабо С. Доказательства градиентов генетического разнообразия человека внутри континентов и между ними. Genome Res. 2004;14(9):1679-85.
  5. ^ Roewer L, Croucher PJ, Willuweit S, Lu TT, Kayser M, Lessig R, de Knijff P, Jobling MA, Tyler-Smith C, Krawczak M. Сигнатура недавних исторических событий в распределении европейских гаплотипов Y-хромосомы STR. Hum Genet. 2005;116(4):279-91

Внешние ссылки