stringtranslate.com

Бактериальные типы

Филогенетическое древо, показывающее разнообразие бактерий, архей и эукариот. [1] Основные линии происхождения обозначены произвольными цветами и названы курсивом с хорошо охарактеризованными названиями линий. Родословные, в которых отсутствует изолированный представитель, выделены не курсивом и красными точками.

Бактериальные типы составляют основные линии домена Bacteria . Хотя точное определение бактериального типа обсуждается, популярное определение состоит в том, что бактериальный тип представляет собой монофилетическую линию бактерий, гены 16S рРНК которых имеют попарную идентичность последовательностей примерно на 75% или меньше с генами других бактериальных типов. [2]

Было подсчитано, что существует около 1300 типов бактерий. [2] По состоянию на май 2020 года LPSN официально принял 41 тип бактерий , [3] 89 типов бактерий признаны в базе данных Silva, еще десятки были предложены, [4] [5] и сотни, вероятно, еще предстоит открыть. . [2] По состоянию на 2017 год примерно 72% широко признанных типов бактерий были типами-кандидатами [6] (т.е. не имели культивируемых представителей).

Не существовало фиксированных правил номенклатуры бактериальных типов. Было предложено использовать суффикс «-бактерии» для типов. [ нужна цитата ] Ситуация изменилась в 2021 году. Ранг типа был включен в правила Международного кодекса номенклатуры прокариот с использованием окончания –ota для названий типов, которые должны основываться на названии рода в качестве его номенклатурного обозначения. тип. [7] [8]

Список типов бактерий

Ниже приводится список предложенных типов бактерий.

Супергруппы

Несмотря на неясный порядок ветвления большинства типов бактерий, несколько групп типов последовательно группируются вместе и называются супергруппами или суперфилами. В некоторых случаях бактериальные клады явно последовательно группируются вместе, но неясно, как назвать эту группу. Например, Candidate Phyla Radiation включает группу Patescibacteria, которая включает группу Microgenomates, включающую более 11 типов бактерий.

Кандидатский тип излучения (CPR)

CPR — это описательный термин, обозначающий массивное монофилетическое излучение типов-кандидатов, существующих в бактериальном домене. [67] Он включает в себя две основные клады: группы Microgenomates и Parcubaacteria, каждая из которых содержит одноименный супертип и несколько других типов.

Патескибактерии

Первоначально предполагалось, что супертип Patescibacteria включает типы Microgenomates (OP11), Parcubaacteria (OD1) и Gracilibacteria (GNO2 / BD1-5). [26] Более поздние филогенетические анализы показывают, что последний общий предок этих таксонов является тем же узлом, что и у CPR. [68]

Сфингобактерии

Сфингобактерии (группа FCB) включают Bacteroidota , Calditrichota, Chlorobiota, тип-кандидат «Cloacimonetes», Fibrobacterota, Gemmatimonadota, Ignavibacteriota, тип-кандидат «Latescibacteria», тип-кандидат «Marinimicrobia» и тип-кандидат «Zixibacteria». [26] [69]

Микрогеноматы

Первоначально считалось, что микрогеноматы представляют собой один тип, хотя данные свидетельствуют о том, что на самом деле они охватывают более 11 типов бактерий, [18] [4] включая Curtisbacteria, Daviesbacteria, Levybacteria, Gottesmanbacteria, Woesebacteria, Amesbacteria, Shapirobacteria, Roizmanbacteria, Beckwithbacteria, Collierbacteria, Pacebacteria.

Паркубактерии

Первоначально паркубактерии были описаны как один тип, использующий менее 100 последовательностей 16S рРНК. Учитывая, что сейчас доступно большее разнообразие последовательностей 16S рРНК из некультивируемых организмов, предполагается, что оно может включать до 28 типов бактерий. [2] В соответствии с этим, в настоящее время описано более 14 типов внутри группы паркубактерий, [18] [4] включая Kaiserbacteria, Adlerbacteria, Campbellbacteria, Nomurabacteria, Giovannonibacteria, Wolfebacteria, Jorgensenbacteria, Yanofskybacteria, Azambacteria, Moranbacteria, Uhrbacteria и Магасаникбактерии.

Протеобактерии

Было высказано предположение, что некоторые классы типа Proteobacteria могут быть самостоятельными типами, что делает Proteobacteria супертипом. [70] Например, группа Deltaproteobacteria не образует последовательно монофилетическую линию с другими классами Proteobacteria. [71]

Планктобактерии

В группу Planctobacteria ( группа PVC) входят Chlamydiota , Lentisphaerota , тип-кандидат «Omnitropica», Planctomycetota , тип-кандидат « Poribacteria » и Verrucomicrobiota . [26] [69]

Террабактерии

Предлагаемый супертип Terrabacteria [72] включает Actinomycetota , группу « Cyanobacteria »/« Melainabacteria », Deinococcota , Chloroflexota , Bacillota и тип-кандидат OP10 . [72] [73] [26] [69]

Загадочный супертип

Было высказано предположение , что несколько типов-кандидатов ( Microgenomates , Omnitropica , Parcubateria и Saccharibacteria ) и несколько общепринятых типов ( Elusimicrobiota , Caldisericota и Armatimonadota ) на самом деле являются супертипами, которые были неправильно описаны как типы, потому что правила определения бактериального типа отсутствуют или из-за отсутствие разнообразия последовательностей в базах данных, когда тип был впервые установлен. [2] Например, предполагается, что тип-кандидат Parcubaacteria на самом деле является супертипом, который включает 28 подчиненных типов, а тип Elusimicrobia на самом деле является супертипом, который включает 7 подчиненных типов. [70]

Историческая перспектива

Атомная структура 30S рибосомальной субъединицы Thermus thermophilus , частью которой является 16S. Белки показаны синим цветом, а одиночная цепь РНК — коричневым. [74]

Учитывая богатую историю бактериальной таксономии и быстроту изменений в ней в наше время, часто полезно иметь исторический взгляд на то, как развивалась эта область, чтобы понять ссылки на устаревшие определения или концепции.

Когда бактериальная номенклатура контролировалась в соответствии с Ботаническим кодексом , использовался термин « деление» , но теперь, когда бактериальная номенклатура (за исключением цианобактерий ) контролируется в соответствии с Бактериологическим кодексом , предпочтительным является термин « тип ».

В 1987 году Карл Везе , считающийся предшественником революции молекулярной филогении, разделил эубактерии на 11 подразделений на основе последовательностей 16S рибосомальной РНК (SSU), перечисленных ниже. [75] [76]

Традиционно выводы о филогении и таксономии устанавливались на основе исследований морфологии. Появление молекулярной филогенетики позволило лучше понять эволюционные взаимоотношения видов путем анализа их ДНК и последовательностей белков , например, рибосомальной ДНК . [87] Отсутствие легкодоступных морфологических признаков, таких как те, которые присутствуют у животных и растений , препятствовало ранним попыткам классификации и привело к ошибочной, искаженной и запутанной классификации, примером которой, как отметил Карл Вёзе , является Pseudomonas , чья этимология иронично совпадала. его таксономия, а именно «ложная единица». [75] Многие бактериальные таксоны были переклассифицированы или переопределены с использованием молекулярной филогенетики.

Появление технологий молекулярного секвенирования позволило восстанавливать геномы непосредственно из образцов окружающей среды (т.е. минуя культивирование), что привело к быстрому расширению наших знаний о разнообразии типов бактерий. Этими методами являются метагеномика с разрешением генома и геномика одиночных клеток .

Смотрите также

Сноски

  1. ^ До недавнего времени считалось, что только Bacillota и Actinomycetota являются грамположительными. Однако тип-кандидат TM7 также может быть грамположительным. [78] Chloroflexi, однако, имеет одиночный бислой, но не окрашивается (за некоторыми исключениями [79] ). [80]
  2. ^ Pasteuria теперь отнесена к типу Bacillota , а не к типу Planctomycetota .
  3. ^ Было предложено называть кладу Xenobacteria [83] или Hadobacteria [84] (последнее название считается незаконным [85] ).

Рекомендации

  1. ^ abc Hug, Лаура А.; Бейкер, Бретт Дж.; Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т.; Пробст, Александр Дж.; Кастель, Синди Дж.; Баттерфилд, Кристина Н.; Хернсдорф, Алекс В.; Амано, Юки; Исе, Котаро; Сузуки, Йохей (11 апреля 2016 г.). «Новый взгляд на древо жизни». Природная микробиология . 1 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . ISSN  2058-5276. ПМИД  27572647.
  2. ^ abcde Ярза, Пабло; Йылмаз, Пелин; Прюссе, Эльмар; Глекнер, Фрэнк Оливер; Людвиг, Вольфганг; Шлейфер, Карл-Хайнц; Уитмен, Уильям Б.; Эзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Росселло-Мора, Рамон (сентябрь 2014 г.). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Обзоры природы Микробиология . 12 (9): 635–645. doi : 10.1038/nrmicro3330. ISSN  1740-1534. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  3. ^ Бактериальные типы в LPSN ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN), перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  4. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an ao ap aq ar as at au av aw ax ay az Anantharaman, Картик; Браун, Кристофер Т.; Обнимаю, Лаура А.; Шарон, Итай; Кастель, Синди Дж.; Пробст, Александр Дж.; Томас, Брайан С.; Сингх, Андреа; Уилкинс, Майкл Дж.; Караоз, Улас; Броди, Эоин Л. (24 октября 2016 г.). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносных горизонтов». Природные коммуникации . 7 (1): 13219. Бибкод : 2016NatCo...713219A. doi : 10.1038/ncomms13219. ISSN  2041-1723. ПМК 5079060 . ПМИД  27774985. 
  5. ^ abcdefghijklmnopqr Паркс, Донован Х.; Ринке, Кристиан; Чувочина, Мария; Шомей, Пьер-Ален; Вудкрофт, Бен Дж.; Эванс, Пол Н.; Гугенгольц, Филип; Тайсон, Джин В. (ноябрь 2017 г.). «Восстановление почти 8000 геномов, собранных в метагеном, существенно расширяет древо жизни». Природная микробиология . 2 (11): 1533–1542. дои : 10.1038/s41564-017-0012-7 . ISSN  2058-5276. ПМИД  28894102.
  6. ^ abc Дудек, Наташа К.; Сан, Кристин Л.; Бурштейн, Дэвид; Кантор, Роуз С.; Алиага Гольцман, Даниэла С.; Бик, Элизабет М.; Томас, Брайан С.; Банфилд, Джиллиан Ф.; Релман, Дэвид А. (18 декабря 2017 г.). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал микробиома полости рта морских млекопитающих». Современная биология . 27 (24): 3752–3762.e6. дои : 10.1016/j.cub.2017.10.040 . ISSN  1879-0445. ПМИД  29153320.
  7. ^ Орен, Аарон; Арахал, Дэвид Р.; Росселло-Мора, Рамон; Сатклифф, Иэн К.; Мур, Эдвард Р.Б. (23 июня 2021 г.). «Поправка к правилам 5b, 8, 15 и 22 Международного кодекса номенклатуры прокариот с целью включения ранга типа». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (6). дои : 10.1099/ijsem.0.004851 . PMID  34161220. S2CID  235625014.
  8. ^ Орен, Аарон; Гаррити, Джордж М. (20 октября 2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (10). дои : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  9. ^ abcd «ARB-Сильва: обширная база данных рибосомальных РНК». Команда разработчиков АРБ . Проверено 2 января 2016 г.
  10. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an ao ap aq ar as at au av aw ax ay az ba bb Александр Л. Яффе, Синди Дж. Кастель, Паула Б. Матеус Карневали, Симонетта Грибальдо, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Рост разнообразия метаболических платформ среди типов излучения кандидатов. В: BMC Biology Vol. 18, №. 69; июнь 2020 г.); doi:10.1186/s12915-020-00804-5
  11. ^ аб Тахон, Гийом; Титгат, Бьёрн; Леббе, Лисбет; Карлье, Орельен; Виллемс, Энн (1 июля 2018 г.). «Abditibacterium utsteinense sp. nov., первый культивируемый представитель кандидатного типа FBP, выделенный из образцов незамерзающей антарктической почвы». Систематическая и прикладная микробиология . 41 (4): 279–290. дои :10.1016/j.syapm.2018.01.009. ISSN  0723-2020. PMID  29475572. S2CID  3515091.
  12. ^ Аб Харрис, Дж. Кирк; Келли, Скотт Т.; Пейс, Норман Р. (февраль 2004 г.). «Новый взгляд на филогенетическое подразделение некультивируемых бактерий OP11». Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 845–849. Бибкод : 2004ApEnM..70..845H. doi :10.1128/AEM.70.2.845-849.2004. ISSN  0099-2240. ПМЦ 348892 . ПМИД  14766563. 
  13. ^ аб Раппе, Майкл С.; Джованнони, Стивен Дж. (2003). «Некультурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии . 57 : 369–94. doi : 10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. ПМИД  14527284.
  14. ^ ab Кенли А. Хиллер, Кеннет Х. Форман, Дэвид Вейсман, Дженнифер Л. Боуэн: Проницаемые реактивные барьеры, предназначенные для смягчения последствий эвтрофикации, изменяющие состав бактериального сообщества и окислительно-восстановительные условия водоносного горизонта. В: Appl Environ Microbiol v.81(20); 2015 октябрь; стр.7114–7124. doi:10.1128/АЕМ.01986-15. ПМЦ  4579450. ПМИД  26231655.
  15. ^ abcdef Гугенгольц П; и другие. (1998). «Новое бактериальное разнообразие на уровне деления в горячем источнике Йеллоустона». Журнал бактериологии . 180 (2): 366–76. дои : 10.1128/JB.180.2.366-376.1998. ПМК 106892 . ПМИД  9440526. 
  16. ^ Трэш, Дж. Кэмерон; Коутс, Джон Д. (2010), «Тип XVII. Acidobacteria phyl. Nov.», Руководство Берджи® по систематической бактериологии , Springer New York, стр. 725–735, номер документа : 10.1007/978-0-387-68572-4_6. , ISBN 978-0-387-95042-6
  17. ^ Гудфеллоу, Майкл (2012). «Тип XXVI. Тип Actinobacteria. Ноябрь». Руководство Берджи® по систематической бактериологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 33–2028. дои : 10.1007/978-0-387-68233-4_3. ISBN 978-0-387-95043-3.
  18. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac ad Кристофер Т. Браун, Лаура А. Хуг, Брайан С. Томас и др. ; и другие. (2015). «Необычная биология группы, состоящей более чем из 15% доменных бактерий». Природа . 523 (7559): 208–11. Бибкод : 2015Natur.523..208B. дои : 10.1038/nature14486. OSTI  1512215. PMID  26083755. S2CID  4397558.{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  19. ^ Тамаки, Хидеюки; Танака, Ясухиро; Мацузава, Хироаки; Мурамацу, Мизухо; Мэн, Сянь-Ин; Ханада, Сатоши; Мори, Казухиро; Камагата, Ёичи (июнь 2011 г.). «Armatimonas rosea gen. nov., sp. nov., нового бактериального типа, Armatimonadetes phyl. nov., формально называемого типом-кандидатом OP10». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Часть 6): 1442–1447. дои : 10.1099/ijs.0.025643-0 . ISSN  1466-5034. ПМИД  20622056.
  20. ^ Ханке, Ричард Л.; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Гарсиа-Лопес, Марина; Мукерджи, Супратим; Хантеманн, Марсель; Иванова Наталья Н.; Войке, Таня; Кирпидес, Никос К.; Кленк, Ханс-Петер; Гёкер, Маркус (2016). «Геномная таксономическая классификация Bacteroidetes». Границы микробиологии . 7 : 2003. doi : 10.3389/fmicb.2016.02003 . ISSN  1664-302X. ПМК 5167729 . ПМИД  28066339. 
  21. ^ Райтон, Келли С.; Кастель, Синди Дж.; Уилкинс, Майкл Дж.; Обнимаю, Лаура А.; Шарон, Итай; Томас, Брайан С.; Хэндли, Ким М.; Маллин, Шон В.; Никора, Кэрри Д.; Сингх, Андреа; Липтон, Мэри С. (июль 2014 г.). «Метаболические взаимозависимости между филогенетически новыми ферментерами и респираторными организмами в неограниченном водоносном горизонте». Журнал ISME . 8 (7): 1452–1463. дои : 10.1038/ismej.2013.249. ISSN  1751-7370. ПМК 4069391 . ПМИД  24621521. 
  22. ^ abc Роберт Э. Данчак, доктор медицины Джонстон, К. Кена, М. Слэттери, К. К. Райтон, М. Дж. Уилкинс (сентябрь 2017 г.). «Члены радиационного типа-кандидата функционально различаются по способностям круговорота углерода и азота». Микробиом . 5 (1): 112. дои : 10.1186/s40168-017-0331-1 . ПМЦ 5581439 . ПМИД  28865481. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  23. ^ abc Данфилд, Питер Ф.; Тамаш, Ивица; Ли, Кевин С.; Морган, Сочитль К.; Макдональд, Ян Р.; Стотт, Мэтью Б. (2012). «Выбор кандидата: умозрительная история бактериального типа OP10». Экологическая микробиология . 14 (12): 3069–3080. дои : 10.1111/j.1462-2920.2012.02742.x . ISSN  1462-2920. ПМИД  22497633.
  24. ^ Мори, К.; Ямагучи, К.; Сакияма, Ю.; Урабе, Т.; Судзуки, К.-и. (23 июля 2009 г.). «Caldisericum exile gen. nov., sp. nov., анаэробная, термофильная, нитчатая бактерия нового бактериального типа Caldiserica phyl. nov., первоначально называвшаяся типом-кандидатом OP5, и описание Caldisericaceae fam. nov., Caldisericales ord. ноябрь и Caldisericia classis ноябрь». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (11): 2894–2898. дои : 10.1099/ijs.0.010033-0 . ISSN  1466-5026. ПМИД  19628600.
  25. ^ Кубланов, Илья В.; Сигалова Ольга М.; Гаврилов Сергей Н.; Лебединский Александр Васильевич; Ринке, Кристиан; Ковалева, Ольга; Черных, Николай А.; Иванова, Наталья; Даум, Крис; Редди, ТБК; Кленк, Ханс-Петер (20 февраля 2017 г.). «Геномный анализ Caldithrix abyssi, термофильной анаэробной бактерии нового бактериального типа Calditrichaeota». Границы микробиологии . 8 : 195. дои : 10.3389/fmicb.2017.00195 . ISSN  1664-302X. ПМК 5317091 . ПМИД  28265262. 
  26. ^ abcdefghi Ринке C; и другие. (2013). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи». Природа . 499 (7459): 431–7. Бибкод :2013Natur.499..431R. дои : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . ПМИД  23851394.
  27. ^ Бун, Дэвид Р.; Кастенхольц, Ричард В.; Гаррити, Джордж М., ред. (2001). Руководство Берджи® по систематической бактериологии . дои : 10.1007/978-0-387-21609-6. ISBN 978-1-4419-3159-7. S2CID  41426624.
  28. ^ Чуари, Ракия; Ле Паслье, Дени; Дауга, Екатерина; Дэгелен, Патрик; Вайсенбах, Жан; Сгир, Абдельгани (апрель 2005 г.). «Новое потенциальное подразделение основных бактерий в муниципальном анаэробном варочном котле». Прикладная и экологическая микробиология . 71 (4): 2145–2153. Бибкод : 2005ApEnM..71.2145C. дои : 10.1128/aem.71.4.2145-2153.2005. ISSN  0099-2240. ПМЦ 1082523 . ПМИД  15812049. 
  29. ^ аб Хуг, Лаура А.; Томас, Брайан С.; Шарон, Итай; Браун, Кристофер Т.; Шарма, Ритин; Хеттич, Роберт Л.; Уилкинс, Майкл Дж.; Уильямс, Кеннет Х.; Сингх, Андреа; Банфилд, Джиллиан Ф. (2016). «Критические биогеохимические функции в недрах связаны с бактериями новых типов и малоизученных линий». Экологическая микробиология . 18 (1): 159–173. дои : 10.1111/1462-2920.12930. ISSN  1462-2920. OSTI  1328276. PMID  26033198. S2CID  43160538.
  30. ^ аб Реймс, Х; Рейни, ФА; Стакебрандт, Э. (сентябрь 1996 г.). «Молекулярный подход к поиску разнообразия бактерий в окружающей среде». Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии . 17 (3–4): 159–169. дои : 10.1007/bf01574689 . ISSN  0169-4146. S2CID  31868442.
  31. ^ Патель, Бхарат К.К. (2010). «Тип XX. Диктиогломный тип. Ноябрь». Руководство Берджи® по систематической бактериологии . Спрингер Нью-Йорк. стр. 775–780. дои : 10.1007/978-0-387-68572-4_9. ISBN 978-0-387-95042-6.
  32. ^ Аб Джи, Мукан; Грининг, Крис; Ванвонтергем, Инка; Карере, Карло Р.; Бэй, Шон К.; Стин, Джейсон А.; Монтгомери, Кейт; Лайнс, Томас; Бердалл, Джон; ван Дорст, Джози; Снейп, Ян (декабрь 2017 г.). «Примеси атмосферных газов поддерживают первичное производство в почве поверхности антарктической пустыни». Природа . 552 (7685): 400–403. Бибкод : 2017Natur.552..400J. дои : 10.1038/nature25014 . hdl : 2440/124244 . ISSN  1476-4687. ПМИД  29211716.
  33. ^ аб Юсеф, Ноха Х.; Фараг, Ибрагим Ф.; Хан, К. Райан; Прематилаке, Хасита; Фрай, Эмили; Харт, Мэтью; Хаффакер, Кристал; Берд, Эдвард; Хамбрайт, Джиммре; Хофф, Воутер Д.; Эльшахед, Мостафа С. (1 января 2019 г.). «Candidatus Krumholzibacterium zodletonense gen. nov., sp nov., первый представитель кандидатного типа Krumholzibacteriota phyl. nov., выделенный из бескислородного сульфидного источника с использованием метагеномики с разрешением генома». Систематическая и прикладная микробиология . Систематика некультивируемых бактерий и архей. 42 (1): 85–93. дои : 10.1016/j.syapm.2018.11.002. ISSN  0723-2020. ПМИД  30477901.
  34. ^ Херлеманн, ДНР; Гейсингер, О.; Икеда-Оцубо, В.; Кунин В.; Сан, Х.; Лапидус, А.; Гугенгольц, П.; Брюн, А. (1 мая 2009 г.). «Геномный анализ «Elusimicrobium minutum», первого культивируемого представителя типа «Elusimicrobia» (ранее группа термитов 1)». Прикладная и экологическая микробиология . 75 (9): 2841–2849. Бибкод : 2009ApEnM..75.2841H. дои :10.1128/АЕМ.02698-08. ISSN  0099-2240. ПМК 2681670 . ПМИД  19270133. 
  35. ^ Ногалес, Бальбина; Мур, Эдвард РБ; Льобет-Бросса, Энрике; Росселло-Мора, Рамон; Аманн, Рудольф; Тиммис, Кеннет Н. (1 апреля 2001 г.). «Совместное использование 16S рибосомальной ДНК и 16S рРНК для изучения бактериального сообщества почвы, загрязненной полихлорированными бифенилами». Прикладная и экологическая микробиология . 67 (4): 1874–1884. Бибкод : 2001ApEnM..67.1874N. дои :10.1128/АЕМ.67.4.1874-1884.2001. ISSN  0099-2240. ПМК 92809 . ПМИД  11282645. 
  36. ^ Уорд, Льюис М.; Кардона, Танаи; Холланд-Мориц, Ханна (29 января 2019 г.). «Эволюционные последствия аноксигенной фототрофии в бактериальном типе Candidatus Palusbacterota (WPS-2)». дои : 10.1101/534180 . S2CID  92796436. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  37. ^ Книттель, Катрин; Боэций, Антье; Лемке, Андреас; Эйлерс, Хайке; Лохте, Карин; Пфанкуче, Олаф; Линке, Питер; Аманн, Рудольф (июль 2003 г.). «Активность, распределение и разнообразие сульфатредукторов и других бактерий в отложениях над газовыми гидратами (Каскадия-Мардж, Орегон)». Геомикробиологический журнал . 20 (4): 269–294. Бибкод : 2003GmbJ...20..269K. дои : 10.1080/01490450303896. hdl : 21.11116/0000-0001-D20F-2 . ISSN  0149-0451. S2CID  140639772.
  38. ^ Аб Чжан, Хуэй; Секигути, Юдзи; Ханада, Сатоши; Гугенгольц, Филип; Ким, Хонгик; Камагата, Ёичи; Накамура, Казунори (2003). «Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., грамотрицательный аэробный, накапливающий полифосфат микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. nov.». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (4): 1155–1163. дои : 10.1099/ijs.0.02520-0 . ISSN  1466-5026. ПМИД  12892144.
  39. ^ аб Лей, Рут Э.; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Спир, Джон Р.; Миллер, Скотт Р.; Бебут, Брэд М.; Мареска, Джулия А.; Брайант, Дональд А.; Согин, Митчелл Л.; Пейс, Норман Р. (1 мая 2006 г.). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Герреро-Негро». Прикладная и экологическая микробиология . 72 (5): 3685–3695. Бибкод : 2006ApEnM..72.3685L. doi :10.1128/AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN  0099-2240. ПМЦ 1472358 . ПМИД  16672518. 
  40. ^ Гермази, Сонда; Дэгелен, Патрик; Дауга, Екатерина; Ривьер, Дельфин; Буше, Теодор; Годон, Жан Жак; Гьяпай, Габор; Сгир, Абдельгани; Пеллетье, Эрик; Вайсенбах, Жан; Ле Паслье, Дени (август 2008 г.). «Открытие и характеристика нового подразделения бактерий-кандидатов с помощью метагеномного подхода в анаэробном варочном котле». Экологическая микробиология . 10 (8): 2111–2123. дои : 10.1111/j.1462-2920.2008.01632.x. ISSN  1462-2912. ПМК 2702496 . ПМИД  18459975. 
  41. ^ Элоэ-Фадрош, Эмили А.; Паес-Эспино, Дэвид; Джаретт, Джессика; Данфилд, Питер Ф.; Хедлунд, Брайан П.; Декас, Энн Э.; Грасби, Стивен Э.; Брэди, Эллисон Л.; Донг, Хайлян; Бриггс, Брэндон Р.; Ли, Вэнь-Цзюнь (27 января 2016 г.). «Глобальное метагеномное исследование выявило новый тип бактерий-кандидатов в геотермальных источниках». Природные коммуникации . 7 (1): 10476. Бибкод : 2016NatCo...710476E. doi : 10.1038/ncomms10476. ISSN  2041-1723. ПМЦ 4737851 . ПМИД  26814032. 
  42. ^ Юсеф, Ноха Х.; Фараг, Ибрагим Ф.; Хан, К. Райан; Джаретт, Джессика; Бекрафт, Эрик; Элоэ-Фадрош, Эмили; Лайтфут, Хорхе; Буржуа, Остин; Коул, Таннер; Ферранте, Стефани; Трулок, Мэнди (15 мая 2019 г.). «Геномная характеристика кандидатного отдела LCP-89 выявляет атипичную структуру клеточной стенки, образование микрокамер и двойную дыхательную и ферментативную способность». Прикладная и экологическая микробиология . 85 (10). Бибкод : 2019ApEnM..85E.110Y. дои : 10.1128/AEM.00110-19. ISSN  0099-2240. ПМК 6498177 . ПМИД  30902854. 
  43. ^ NCBI: Candidatus Magasanikbacteria (тип)
  44. ^ Ди Риенци, Сара С; Шарон, Итай; Райтон, Келли С; Корен, Омри; Обнимаю, Лора А; Томас, Брайан С; Гудрич, Джулия К; Белл, Джордана Т; Спектор, Тимоти Д.; Банфилд, Джиллиан Ф; Лей, Рут Э (1 октября 2013 г.). «В кишечнике человека и грунтовых водах обитают нефотосинтезирующие бактерии, принадлежащие к новому кандидатному типу, родственному цианобактериям». электронная жизнь . 2 : e01102. дои : 10.7554/eLife.01102 . ISSN  2050-084X. ПМЦ 3787301 . ПМИД  24137540. 
  45. ^ Гугенгольц, Филип; Гебель, Бретт М.; Пейс, Норман Р. (15 декабря 1998 г.). «Влияние культурно-независимых исследований на новый филогенетический взгляд на бактериальное разнообразие». Журнал бактериологии . 180 (24): 4765–74. дои : 10.1128/jb.180.24.6793-6793.1998 . ISSN  1098-5530. ПМЦ 107498 . ПМИД  9733676. 
  46. ^ Секигути, Юдзи; Охаси, Акико; Паркс, Донован Х.; Ямаути, Тошихиро; Тайсон, Джин В.; Гугенгольц, Филип (27 января 2015 г.). «Первые геномные данные о членах потенциального бактериального типа, ответственного за накопление сточных вод». ПерДж . 3 : е740. дои : 10.7717/peerj.740 . ISSN  2167-8359. ПМК 4312070 . ПМИД  25650158. 
  47. ^ Холмс, Эндрю Дж.; Туюла, Ниина А.; Холли, Марита; Контос, Анналиса; Джеймс, Джулия М.; Роджерс, Питер; Гиллингс, Майкл Р. (2001). «Филогенетическая структура необычных водных микробных образований в пещерах Налларбор, Австралия». Экологическая микробиология . 3 (4): 256–264. дои : 10.1046/j.1462-2920.2001.00187.x. ISSN  1462-2920. ПМИД  11359511.
  48. ^ Люкер, Себастьян; Новка, Борис; Раттей, Томас; Шпик, Ева; Даймс, Хольгер (2013). «Геном Nitrospina gracilis освещает метаболизм и эволюцию основного морского окислителя нитрита». Границы микробиологии . 4 : 27. doi : 10.3389/fmicb.2013.00027 . ISSN  1664-302X. ПМК 3578206 . ПМИД  23439773. 
  49. ^ Мюллер, Анна Дж.; Юнг, Человек-Янг; Страчан, Кэмерон Р.; Гербольд, Крейг В.; Киркегор, Расмус Х.; Вагнер, Майкл; Даймс, Хольгер (март 2021 г.). «Геномный и кинетический анализ новых Nitrospinae, обогащенных сортировкой клеток». Журнал ISME . 15 (3): 732–745. дои : 10.1038/s41396-020-00809-6 . ISSN  1751-7362. ПМЦ 8026999 . ПМИД  33067588. 
  50. ^ Шпик, Ева; Койтер, Сабина; Венцель, Тило; Бок, Эберхард; Людвиг, Вольфганг (май 2014 г.). «Характеристика новой морской нитрит-окисляющей бактерии Nitrospina watsonii sp. nov., члена недавно предложенного типа «Nitrospinae»». Систематическая и прикладная микробиология . 37 (3): 170–176. дои : 10.1016/j.syapm.2013.12.005. ПМИД  24581679.
  51. ^ LPSN: Тип «Candidatus Parcunitrobacteria»
  52. ^ Синди Дж. Кастель, Кристофер Т. Браун, Брайан К. Томас, Кеннет Х. Уильямс, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Необычная дыхательная способность и азотистый метаболизм у Parcubacterium (OD1) Candidate Phyla Radiation. В: Sci Rep 7, 40101; 9 января 2017 г.; дои: 10.1038/srep40101
  53. ^ Астудильо-Гарсия, Кармен; Слэби, Беате М.; Уэйт, Дэвид В.; Байер, Кристина; Хентшель, Юте; Тейлор, Майкл В. (2018). «Филогения и геномика SAUL, загадочной бактериальной линии, часто связанной с морскими губками» (PDF) . Экологическая микробиология . 20 (2): 561–576. дои : 10.1111/1462-2920.13965. ISSN  1462-2920. PMID  29098761. S2CID  23892350.
  54. ^ Райтон, КК; Томас, Британская Колумбия; Шэрон, И.; Миллер, CS; Кастель, CJ; ВерБеркмос, Северная Каролина; Уилкинс, MJ; Хеттич, РЛ; Липтон, Миссисипи; Уильямс, К.Х.; Лонг, ЧП (27 сентября 2012 г.). «Ферментация, обмен водорода и серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Наука . 337 (6102): 1661–1665. Бибкод : 2012Sci...337.1661W. дои : 10.1126/science.1224041. ISSN  0036-8075. PMID  23019650. S2CID  10362580.
  55. ^ NCBI: Candidatus Peregrinibacteria (тип)
  56. ^ UniProt: Таксономия - Candidatus Peregrinibacteria (ТИП)
  57. ^ Картик Анантараман, Кристофер Т. Браун, Дэвид Бурштейн, Синди Кастель: Анализ пяти полных последовательностей генома представителей класса Peribacteria недавно признанного бактериального типа Peregrinibacteria. В: PeerJ 4(8):e1607; январь 2016 г.; doi:10.7717/peerj.1607
  58. ^ Физелер, Ларс; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл; Хентшель, Юте (июнь 2004 г.). «Открытие нового типа-кандидата «порибактерии» в морских губках». Прикладная и экологическая микробиология . 70 (6): 3724–3732. Бибкод : 2004ApEnM..70.3724F. doi :10.1128/AEM.70.6.3724-3732.2004. ISSN  0099-2240. ПМК 427773 . ПМИД  15184179. 
  59. ^ Виганд, Сандра; Джоглер, Марейке; Кон, Тимо; Авал, Рам Прасад; Обербекманн, Соня; Кеси, Катарина; Йеске, Ольга; Шуман, Питер; Петерс, Стейн Х. (24 октября 2019 г.). «Новый тип бактерий, меняющих форму Saltatorellota». дои : 10.1101/817700. S2CID  208566371. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  60. ^ Деракшани, Маниджи; Луков, Томас; Лизак, Вернер (1 февраля 2001 г.). «Новые бактериальные линии на уровне (под)деления, обнаруженные с помощью характерного нуклеотидно-ориентированного восстановления генов 16S рРНК из основной массы почвы и корней риса затопленных рисовых микрокосмов». Прикладная и экологическая микробиология . 67 (2): 623–631. Бибкод : 2001ApEnM..67..623D. doi : 10.1128/aem.67.2.623-631.2001. ISSN  1098-5336. ПМК 92629 . ПМИД  11157225. 
  61. ^ Кадников, Виталий В.; Марданов Андрей Владимирович; Белецкий Алексей Владимирович; Ракитин Андрей Л.; Франк, Юлия А.; Карначук Ольга Владимировна; Равин, Николай В. (январь 2019 г.). «Филогения и физиология кандидатного типа BRC1, выведенная на основе первого полного генома, собранного с помощью метагенома, полученного из глубокого подземного водоносного горизонта». Систематическая и прикладная микробиология . 42 (1): 67–76. дои : 10.1016/j.syapm.2018.08.013. ISSN  1618-0984. PMID  30201528. S2CID  52183718.
  62. ^ abcd Бейкер, Бретт Дж.; Лазар, Кассандра Сара; Теске, Андреас П.; Дик, Грегори Дж. (13 апреля 2015 г.). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий эстуарных отложений». Микробиом . 3 (1): 14. дои : 10.1186/s40168-015-0077-6 . ISSN  2049-2618. ПМК 4411801 . ПМИД  25922666. 
  63. ^ Уилсон, Майкл С.; Мори, Тецуши; Рюкерт, Кристиан; Урия, Агустин Р.; Хельф, Максимилиан Дж.; Такада, Кентаро; Гернерт, Кристина; Стеффенс, Урсула А.Е.; Хейке, Нина; Шмитт, Сюзанна; Ринке, Кристиан (февраль 2014 г.). «Экологический бактериальный таксон с большим и своеобразным метаболическим репертуаром». Природа . 506 (7486): 58–62. Бибкод : 2014Natur.506...58W. дои : 10.1038/nature12959 . ISSN  1476-4687. ПМИД  24476823.
  64. ^ Рейзенбах, Анна-Луиза; Хубер, Роберт; Стеттер, Карл О.; Дэйви, Мэри Эллен; МакГрегор, Барбара Дж.; Шталь, Дэвид А. (2001), «Тип BII. Thermotogae phy. Nov.», Руководство Берджи® по систематической бактериологии , Springer New York, стр. 369–387, номер документа : 10.1007/978-0-387-21609-6_19. , ISBN 978-1-4419-3159-7
  65. ^ Пробст, Эй Джей; Кастель, CJ; Сингх, А; Браун, Коннектикут; Анантараман, К; Шэрон, я; Хаг, Лос-Анджелес; Бурштейн, Д; Эмерсон, Дж.Б.; Томас, Британская Колумбия; Банфилд, Дж. Ф. (февраль 2017 г.). «Геномное разрешение сообщества холодных подземных водоносных горизонтов дает понимание метаболизма новых микробов, адаптированных к высоким концентрациям CO2». Экологическая микробиология . 19 (2): 459–474. дои : 10.1111/1462-2920.13362. OSTI  1567074. PMID  27112493. S2CID  21126011.
  66. ^ Кастель, Синди Дж.; Обнимаю, Лаура А.; Райтон, Келли С.; Томас, Брайан С.; Уильямс, Кеннет Х.; У, Дунъин; Тринге, Сюзанна Г.; Певец, Стивен В.; Эйзен, Джонатан А.; Банфилд, Джиллиан Ф. (27 августа 2013 г.). «Чрезвычайное филогенетическое разнообразие и метаболическая универсальность в отложениях водоносного горизонта». Природные коммуникации . 4 (1): 2120. Бибкод : 2013NatCo...4.2120C. дои : 10.1038/ncomms3120. ISSN  2041-1723. ПМЦ 3903129 . ПМИД  23979677. 
  67. ^ Кастель CJ, Банфилд JF (март 2018 г.). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание древа жизни». Клетка . 172 (6): 1181–1197. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . ПМИД  29522741.
  68. ^ Кастель, Синди Дж.; Банфилд, Джиллиан Ф. (8 марта 2018 г.). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание древа жизни». Клетка . 172 (6): 1181–1197. дои : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . ISSN  0092-8674. ПМИД  29522741.
  69. ^ abc Секигути Y; и другие. (2015). «Первые геномные данные о членах потенциального бактериального типа, ответственного за накопление сточных вод». ПерДж . 3 : е740. дои : 10.7717/peerj.740 . ПМК 4312070 . ПМИД  25650158. 
  70. ^ аб Ярза П; и другие. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Обзоры природы Микробиология . 12 (9): 635–645. doi : 10.1038/nrmicro3330. hdl : 10261/123763. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  71. ^ Обнять Лос-Анджелес; и другие. (2016). «Новый взгляд на древо жизни». Природная микробиология . Статья 16048 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . ПМИД  27572647.
  72. ^ ab Battistuzzi FU, Feijao A, Hedges SB (ноябрь 2004 г.). «Геномная временная шкала эволюции прокариот: понимание происхождения метаногенеза, фототрофии и колонизации суши». Эволюционная биология BMC . 4:44 . дои : 10.1186/1471-2148-4-44 . ПМЦ 533871 . ПМИД  15535883. 
  73. ^ Баттистуцци, Фу; Хеджес, С.Б. (6 ноября 2008 г.). «Основная клада прокариотов с древними приспособлениями к жизни на суше». Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 335–343. doi : 10.1093/molbev/msn247. ПМИД  18988685.
  74. ^ Шлюенцен Ф; и другие. (2000). «Структура функционально активированной малой рибосомальной субъединицы с разрешением 3,3 ангстрема». Клетка . 102 (5): 615–23. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . PMID  11007480. S2CID  1024446.
  75. ^ аб Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция». Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–71. doi :10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. ПМК 373105 . ПМИД  2439888. 
  76. ^ Голландия L (22 мая 1990 г.). «Карл Везе в авангарде революции в области бактериальной эволюции». Ученый . 3 (10).
  77. ^ Стакебрандт; и другие. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственники»». Межд. Дж. Сист. Бактериол . 38 (3): 321–325. дои : 10.1099/00207713-38-3-321 .
  78. ^ Гугенгольц, П.; Тайсон, GW; Уэбб, Род-Айленд; Вагнер, AM; Блэколл, LL (2001). «Исследование потенциального подразделения TM7, недавно признанной основной линии доменных бактерий без известных представителей чистой культуры». Прикладная и экологическая микробиология . 67 (1): 411–9. Бибкод : 2001ApEnM..67..411H. doi :10.1128/AEM.67.1.411-419.2001. ПМК 92593 . ПМИД  11133473. 
  79. ^ Ябе, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Ёкота, А. (2010). «Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. и Thermogemmatispora foliorum sp. nov., выделенные из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae fam. nov. и Thermogemmatisporales ord. nov. в классе Ktedonobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (4): 903–910. дои : 10.1099/ijs.0.024877-0 . ПМИД  20495028.
  80. ^ Сатклифф, IC (2011). «Архитектура клеточной оболочки в Chloroflexi: меняющаяся линия фронта в филогенетической войне за сферы влияния». Экологическая микробиология . 13 (2): 279–282. дои : 10.1111/j.1462-2920.2010.02339.x. ПМИД  20860732.
  81. ^ аб Стакебрандт, Э.; Рейни, ФА; Уорд-Рейни, Нидерланды (1997). «Предложение о новой иерархической системе классификации, Actinobacteria classis nov». Международный журнал систематической бактериологии . 47 (2): 479–491. дои : 10.1099/00207713-47-2-479 .
  82. ^ JP Эзеби. «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре: классификация Deinococcus – Thermus». Архивировано из оригинала 27 января 2013 года . Проверено 30 декабря 2010 г.
  83. ^ Руководство Берджи по систематической бактериологии, 1-е изд.
  84. ^ Кавальер-Смит, Т (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 1): 7–76. дои : 10.1099/00207713-52-1-7 . ПМИД  11837318.
  85. ^ «Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре — класс Hadobacteria». ЛПСН . Архивировано из оригинала 19 апреля 2012 года . Проверено 30 декабря 2010 г. Эузеби, JP (1997). «Список названий бактерий, имеющих номенклатурное значение: папка, доступная в Интернете». Int J Syst Bacteriol . 47 (2): 590–2. дои : 10.1099/00207713-47-2-590 . ISSN  0020-7713. ПМИД  9103655.
  86. ^ Бун Д.Р.; Кастенхольц Р.В. (18 мая 2001 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Гэррити GM (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. Том. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. стр. 721. ISBN. 978-0-387-98771-2. Британская библиотека №. GBA561951.
  87. ^ Олсен Г.Дж., Вёзе Ч.Р., Овербик Р. (1994). «Ветры (эволюционных) перемен: вдохнуть новую жизнь в микробиологию». Журнал бактериологии . 176 (1): 1–6. дои : 10.2172/205047. ПМК 205007 . ПМИД  8282683.