stringtranslate.com

Международный кодекс номенклатуры прокариот

Международный кодекс номенклатуры прокариот ( ICNP ) или Прокариотический кодекс , ранее Международный кодекс номенклатуры бактерий ( ICNB ) или Бактериологический кодекс ( BC ), регулирует научные названия бактерий и архей . [1] [2] Он обозначает правила наименования таксонов бактерий в соответствии с их относительным рангом. Как таковой, он является одним из номенклатурных кодексов биологии .

Первоначально Международный кодекс ботанической номенклатуры имел дело с бактериями, и в нем сохранялись ссылки на бактерии, пока они не были исключены на Международном ботаническом конгрессе 1975 года . Ранний Кодекс номенклатуры бактерий был одобрен на 4-м Международном конгрессе по микробиологии в 1947 году, но позже был отклонен.

Последняя версия, которая будет напечатана в виде книги, — это редакция 1990 года, [3] но книга не отражает текущие правила. Редакции 2008 и 2022 годов были опубликованы в Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии (IJSEM). [2] Правила поддерживаются Международным комитетом по систематике прокариот (ICSP; ранее — Международный комитет по систематической бактериологии, ICSB).

Базой для названий бактерий являются утвержденные списки [4], отправной точкой которых является 1980 год. Новые названия бактерий рассматриваются ICSP на предмет соответствия Правилам номенклатуры и публикуются в IJSEM .

Цианобактерии

С 1975 года большинство бактерий были охвачены бактериологическим кодом. Однако цианобактерии все еще были охвачены ботаническим кодом. Начиная с 1999 года цианобактерии были охвачены как ботаническим, так и бактериологическим кодами. Эта ситуация вызвала номенклатурные проблемы для цианобактерий. [5] [6] К 2020 году было три предложения о том, как разрешить ситуацию:

  1. Исключить цианобактерии из бактериологического кода. [7]
  2. Применить бактериологический код ко всем цианобактериям. [8]
  3. Рассматривать действительную публикацию под ботаническим кодом как действительную публикацию под бактериологическим кодом. [9]

В 2021 году ICSP провел официальное голосование по трем предложениям, и был выбран третий вариант. [10]

Тип штамма

С 2001 года при описании нового вида бактерий или архей необходимо обозначить типовой штамм. [11] Типовой штамм — это живая культура, к которой формально прикреплено научное название этого организма. Для того чтобы новое название вида было опубликовано валидно, типовой штамм должен быть помещен в публичную коллекцию культур как минимум в двух разных странах. [12] До 2001 года вид также мог быть типизирован с использованием описания, сохраненного образца или иллюстрации. [11] Для каждого прокариотического вида существует один типовой штамм, но разные коллекции культур могут назначать уникальное название для одного и того же штамма. Например, типовой штамм E. coli (первоначально штамм U5/41) называется ATCC 11775 Американской коллекцией типовых культур , DSM 30083 Немецкой коллекцией микроорганизмов и клеточных культур , JCM 1649 Японской коллекцией микроорганизмов и LMG 2092 Бельгийской координированной коллекцией микроорганизмов . [13] [14] Когда прокариотический вид невозможно культивировать в лаборатории (и, следовательно, нельзя поместить в коллекцию культур), ему может быть присвоено предварительное название- кандидат , но оно не считается опубликованным должным образом. [15]

Версии

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ "Главная". the-icsp.org .
  2. ^ ab PHA Sneath, 2003. Краткая история бактериологического кода URL-адрес Архивировано 24.05.2012 на Wayback Machine
  3. ^ Лапаж, SP; Снит, PHA; Лессель, Э.Ф.; Скерман, ВБД; Силигер, HPR; Кларк, Вашингтон (5 марта 1992 г.). Правила номенклатуры с рекомендациями. ASM Press – через ncbi.nlm.nih.gov.
  4. ^ VBD Skerman, Vicki McGowan и PHA Sneath, 1989. Утвержденные списки названий бактерий, исправленное издание Вашингтон (округ Колумбия): ASM Press
  5. ^ Орен, А. (2011). «Систематика и номенклатура цианобактерий, представленные в Международном бюллетене бактериологической номенклатуры и таксономии / Международном журнале систематической бактериологии / Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии» (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (1): 10–15. doi : 10.1099/ijs.0.018838-0 . PMID  21097637. S2CID  206169872.
  6. ^ Орен А., Вентура С. (2017). «Текущий статус номенклатуры цианобактерий в рамках «прокариотического» и «ботанического» кодов». Антони ван Левенгук . 110 (10): 1257–1269. doi :10.1007/s10482-017-0848-0. PMID  28243951. S2CID  23489558.
  7. ^ Орен А, Гаррити ГМ. (2014). «Предложение об изменении Общего положения 5 и Принципа 2 Международного кодекса номенклатуры прокариот». Int J Syst Evol Microbiol . 64 (1): 309–10. doi :10.1099/ijs.0.059568-0. PMID  24408952.
  8. ^ Пиневич АВ. (2015). «Предложение о последовательном применении Международного кодекса номенклатуры прокариот (ICNP) к названиям оксигенных фотосинтезирующих бактерий (цианобактерий), включая те, которые были опубликованы в соответствии с Международным кодексом ботанической номенклатуры (ICBN)/Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений (ICN), и предложение об изменении Принципа 2 ICNP». Int J Syst Evol Microbiol . 65 (3): 1070–4. doi : 10.1099/ijs.0.000034 . PMID  25505344.
  9. ^ Орен А. (2020). «Три альтернативных предложения по внесению поправок в Правила Международного кодекса номенклатуры прокариот для определения статуса цианобактерий в прокариотической номенклатуре». Int J Syst Evol Microbiol . 70 (7): 4406–4408. doi : 10.1099/ijsem.0.004268 . PMID  32602831. S2CID  220270571.
  10. ^ Орен А., Арахал Д. Р., Росселло-Мора Р., Сатклифф И. К., Мур Э. Р. Б. (2021). «Поправка к Общему положению 5 и Правилам 18а, 24а и 30 Международного кодекса номенклатуры прокариот для определения статуса цианобактерий в прокариотической номенклатуре». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (8): 004939. doi : 10.1099/ijsem.0.004939 . PMID  34342563. S2CID  236884663.
  11. ^ ab Прокариотический кодекс (редакция 2008 г.), правило 18a.
  12. ^ Прокариотический кодекс (редакция 2008 г.), правило 30.
  13. ^ Euzéby JP, Parte AC. "Escherichia coli". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 21 июня 2022 г.
  14. ^ Реймер LC, Сарда Карбасс Дж., Коблиц Дж., Эбелинг С., Подставка А., Оверманн Дж. «Escherichia coli U5/41». БакДайв . Проверено 21 июня 2022 г.
  15. ^ Прокариотический код (редакция 2008 г.), Приложение 11.

Внешние ссылки