stringtranslate.com

Бетакоронавирус

Бетакоронавирус (β-CoV или Beta-CoV) — один из четырех родов ( Альфа- , Бета- , Гамма- и Дельта- ) коронавирусов . Вирусы-члены представляют собой оболочечные РНК-вирусы с положительной цепью ,которые заражают млекопитающих , включая человека . Естественным резервуаром бетакоронавирусов являются летучие мыши и грызуны. Грызуны являются резервуаром подрода Embecovirus , а летучие мыши — резервуаром других подродов. [1]

Каждый род коронавируса состоит из различных вирусных линий, при этом род бетакоронавирусов содержит четыре таких линии: A, B, C, D. В более старой литературе этот род также известен как «коронавирусы группы 2». Род относится к подсемейству Orthocoronavirinae семейства Coronaviridae отряда Nidovirales .

Бета-коронавирусами, имеющими наибольшее клиническое значение для человека, являются OC43 и HKU1 (которые могут вызывать простуду ) линии А, SARS-CoV и SARS-CoV-2 (вызвавший заболевание COVID-19 ) линии B [2] . ] и MERS-CoV линии C. MERS-CoV — первый бетакоронавирус, принадлежащий к линии C, который, как известно, заражает людей. [3] [4]

Этимология

Название «бетакоронавирус» происходит от древнегреческого βῆτα ( bē̂ta , «вторая буква греческого алфавита ») и κορώνη (korṓnē, «гирлянда, венок»), что означает корону, что описывает внешний вид поверхностных выступов, видимых под электронная микроскопия, напоминающая солнечную корону . Эта морфология создается пепломерами вирусных шипов (S) , которые представляют собой белки, которые заселяют поверхность вируса и определяют тропизм хозяина . Отряд Nidovirales назван в честь латинского nidus , что означает «гнездо». Это относится к продукции этого порядка 3'-котерминального вложенного набора субгеномных мРНК во время инфекции. [5]

Состав

MERS-CoV: структура, прикрепление, вход и геномный состав

Несколько структур шиповидных белков были раскрыты. Рецептор-связывающий домен в белке-шипе альфа- и бетакоронавирусов каталогизирован как InterPro :  IPR018548 . [6] Белок-шип, машина слияния типа 1 , собирается в тример ( PDB : 3jcl, 6acg ); его основная структура напоминает структуру белков F (слияния) парамиксовируса . [7] Использование рецепторов не очень консервативно; например, среди сарбековирусов только сублиния, содержащая SARS, имеет общий рецептор ACE2 .

Вирусы подрода Embecovirus отличаются от всех остальных представителей этого рода наличием дополнительного более короткого (8 нм) шиповидного белка, называемого гемагглютининэстеразой (HE) ( P15776 ). Считается , что он был получен от вируса гриппа С. [5] [8]

Геном

Геномы альфакоронавирусов и бетакоронавирусов

Коронавирусы имеют большой размер генома , который колеблется от 26 до 32 тысяч оснований. Общая структура генома β-CoV аналогична структуре генома других CoV: полипротеин репликазы ORF1ab ( rep , pp1ab ) предшествует другим элементам. Этот полипротеин расщепляется на 16 неструктурных белков (см. аннотацию UniProt представителя SARS , P0C6X7 ).

По состоянию на май 2013 года в GenBank имеется 46 опубликованных полных геномов α- (группа 1), β- (группа 2), γ- (группа 3) и δ- (группа 4) CoV. [9]

Рекомбинация

Генетическая рекомбинация может произойти, когда два или более вирусных генома присутствуют в одной и той же клетке-хозяине. Дромадер Beta-CoV HKU23 демонстрирует генетическое разнообразие в африканской популяции верблюдов. [10] Этому разнообразию способствуют несколько событий рекомбинации, которые произошли в прошлом между близкородственными бетакоронавирусами подрода Embecovirus . [10] Кроме того, бета-коронавирус человека SARS-CoV , по-видимому, имел сложную историю рекомбинации между предковыми коронавирусами , которые находились в нескольких различных группах животных. [11] [12]

Патогенез

Цикл репликации вирусов рода Betacoronavirus

Альфа- и бетакоронавирусы в основном заражают летучих мышей, но они также заражают и другие виды, такие как люди , верблюды и грызуны . [13] [14] [15] Бетакоронавирусы, вызвавшие эпидемии среди людей, обычно вызывают лихорадку и респираторные симптомы. Они включают:

Классификация

Филогенетическое древо линий рода Betacoronavirus с подробным описанием SARS-CoV и MERS-CoV.

Внутри рода Betacoronavirus (группа 2 CoV) традиционно выделяют четыре подрода или линии (A, B, C и D). [5] Четыре линии передачи также были названы с использованием греческих букв или цифр. [9] Совсем недавно был добавлен пятый подрод, Hibecovirus . [16] Подроды и виды членов включают: [17]

Эмбековирус (линия А)

Бетакоронавирус 1

Китайский коронавирус крысы HKU24
Коронавирус человека HKU1
Мышиный коронавирус

Миодесный коронавирус 2JL14

Сарбековирус (линия B)

Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом (SARSr-CoV или SARS-CoV)

Мербековирус (линия C)

Коронавирус ежей 1
Коронавирус, связанный с ближневосточным респираторным синдромом (MERS-CoV)
Коронавирус летучей мыши Pipistrellus HKU5
Коронавирус летучей мыши Tylonycteris HKU4

Нобековирус (линия D)

Коронавирус летучей мыши Eidolon C704
Коронавирус летучей мыши Rousettus GCCDC1
Коронавирус летучей мыши Rousettus HKU9

Гибековирус

Бетакоронавирус летучей мыши Hp, Чжэцзян, 2013 г.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Вартецкий, Адриан; Ржимский, Петр (июнь 2020 г.). «О коронавирусах и их связи с водной средой и сточными водами». Вода . 12 (6): 1598. дои : 10.3390/w12061598 .
  2. ^ «Филогения SARS-подобных бетакоронавирусов». следующий штамм . Проверено 18 января 2020 г.
  3. ^ ПроМЕД. MERS-CoV – Восточное Средиземноморье (06) (http://www.promedmail.org/)
  4. ^ Мемиш, З.А.; Зумла, А.И.; Аль-Хаким, РФ; Аль-Рабиа, А.А.; Стивенс, генеральный директор (2013). «Семейный кластер коронавирусных инфекций ближневосточного респираторного синдрома». Медицинский журнал Новой Англии . 368 (26): 2487–94. дои : 10.1056/NEJMoa1303729 . ПМИД  23718156.
  5. ^ abc Ву, Патрик Сай; Хуан, И; Лау, Сюзанна КП; Юэнь, Квок-Юнг (24 августа 2010 г.). «Геномика и биоинформатический анализ коронавируса». Вирусы . 2 (8): 1804–20. дои : 10.3390/v2081803 . ПМК 3185738 . ПМИД  21994708. 
  6. ^ Хуанг, К; Ци, Дж; Лу, Г; Ван, Кью; Юань, Ю; Ву, Ю; Чжан, Ю; Ян, Дж; Гао, Г.Ф. (1 ноября 2016 г.). «Предполагаемый рецептор-связывающий домен шипованного белка HKU9, полученного от летучих мышей: эволюция мотивов, связывающих рецептор бетакоронавируса». Биохимия . 55 (43): 5977–88. doi : 10.1021/acs.biochem.6b00790 . ПМК 7075523 . ПМИД  27696819. 
  7. ^ Уоллс, Александра К.; Торторичи, М. Алехандра; Босх, Беренд-Ян; Френц, Брэндон; Ротье, Питер Дж. М.; ДиМайо, Фрэнк; Рей, Феликс А.; Вислер, Дэвид (8 февраля 2016 г.). «Криоэлектронная микроскопия структуры тримера гликопротеина шипа коронавируса». Природа . 531 (7592): 114–117. Бибкод : 2016Natur.531..114W. дои : 10.1038/nature16988. ПМК 5018210 . ПМИД  26855426. 
  8. ^ Баккерс, Марк Дж.Г.; Ланг, Ифэй; Фейтсма, Лоурис Дж.; Хулсвит, Рубен Дж.Г.; Пут, Стефани А.Х. де; Влит, фургон Арно LW; Маргина, Ирина; Гроот-Мейнес, Йоланда Д.Ф. де; Куппевельд, Фрэнк Дж. М. Ван; Лангерайс, Мартин А.; Хейзинга, Эрик Г. (08 марта 2017 г.). «Адаптация бетакоронавируса к человеку привела к прогрессирующей потере активности лектина гемагглютинин-эстеразы». Клетка-хозяин и микроб . 21 (3): 356–366. дои : 10.1016/j.chom.2017.02.008 . ISSN  1931-3128. ПМК 7104930 . ПМИД  28279346. 
  9. ^ Аб Коттен, Мэтью; Лам, Томми Т.; Уотсон, Саймон Дж.; Палсер, Энн Л.; Петрова, Велислава; Грант, Пол; Пайбус, Оливер Г.; Рамбо, Эндрю; Гуань, И; Пиллэй, Динан; Келлам, Пол; Настули, Элени (19 мая 2013 г.). «Полногеномное глубокое секвенирование и филогенетический анализ нового бетакоронавируса человека». Новые инфекционные заболевания . 19 (5): 736–42Б. дои : 10.3201/eid1905.130057. ПМК 3647518 . ПМИД  23693015. 
  10. ^ ab Разнообразие коронавируса HKU23 одноцветных верблюдов у африканских верблюдов выявило множественные события рекомбинации среди близкородственных бетакоронавирусов подрода Embecovirus. Итак, RTY и др. Дж Вирол. 2019. ПМИД  31534035
  11. ^ Стэнхоуп М.Дж., Браун Дж.Р., Амрин-Мэдсен Х. Данные эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей для рекомбинантной истории SARS-CoV. Заразить Генет Эвол. Март 2004 г.;4(1):15-9. ПМИД  15019585
  12. ^ Чжан XW, Яп Ю.Л., Данчин А. Проверка гипотезы о рекомбинантном происхождении коронавируса, связанного с атипичной пневмонией. Арх Вирол. Январь 2005 г.;150(1):1-20. Epub, 11 октября 2004 г. PMID  15480857.
  13. ^ Ву, ПК; Ван, М.; Лау, СК; Сюй, Х.; Пун, RW; Го, Р.; Вонг, Б.Х.; Гао, К.; Цой, Х.В.; Хуанг, Ю.; Ли, К.С.; Лам, CS; Чан, К.Х.; Чжэн, Би Джей; Юэнь, Кентукки (2007). «Сравнительный анализ двенадцати геномов трех новых коронавирусов группы 2c и группы 2d выявляет уникальные особенности групп и подгрупп». Журнал вирусологии . 81 (4): 1574–85. дои : 10.1128/JVI.02182-06. ПМК 1797546 . ПМИД  17121802. 
  14. ^ Лау, СК; Ву, ПК; Ага, CC; Фан, Р.Ю.; Хуанг, Ю.; Ван, М.; Го, Р.; Лам, CS; Цанг, АК; Лай, КК; Чан, К.Х.; Че, XY; Чжэн, Би Джей; Юэнь, Кентукки (2012). «Выделение и характеристика нового коронавируса бетакоронавируса подгруппы А, кроличьего коронавируса HKU14, от домашних кроликов». Журнал вирусологии . 86 (10): 5481–96. дои : 10.1128/JVI.06927-11. ПМЦ 3347282 . ПМИД  22398294. 
  15. ^ Чжан, Вэй; Чжэн, Сяо-Шуан; Агванда, Бернард; Омме, Шейла; Чжао, Кай; Личоти, Жаклин; Ван, Нин; Чен, Цзин; Ли, Бэй; Ян, Син-Лу; Мани, Шайлендра; Нгейва, Киса-Джума; Чжу, Ян; Ху, Бен; Онюок, Самсон Омонди; Ян, Бинг; Андерсон, Даниэль Э.; Ван, Линь-Фа; Чжоу, Пэн; Ши, Чжэн-Ли (24 октября 2019 г.). «Серологические доказательства сочетанной инфекции MERS-CoV и CoV, связанного с HKU8, у кенийских верблюдов». Новые микробы и инфекции . 8 (1): 1528–1534. дои : 10.1080/22221751.2019.1679610. ПМК 6818114 . ПМИД  31645223. 
  16. ^ Вонг, Антонио CP; Ли, Синь; Лау, Сюзанна КП; Ву, Патрик Сай (2019). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей». Вирусы . 11 (2): 174. дои : 10.3390/v11020174 . ПМК 6409556 . ПМИД  30791586. 
  17. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.» . talk.ictvonline.org . Международный комитет по таксономии вирусов . Проверено 20 июня 2020 г.

Внешние ссылки