Вернер II Габсбург (умер 19 августа 1167 г.) — граф Габсбургов, также известный как Вернер III , и родоначальник королевского дома Габсбургов . Он был прапрадедом короля Германии Рудольфа I.
Он был сыном графа Оттона II Габсбурга и Хиллы фон Пфирт . Вернер женился на Иде фон Хомберг. Он известен тем, что принимал участие в войне за Брегенцское наследство 1164–1166 годов.
Он погиб недалеко от Тускула после битвы при Монте-Порцио .
Он был отцом графа Альберта III Габсбурга и епископа Оттона II Констанцского (1165–1174). Его дочь Риченца вышла замуж за графа Людовика I Пфирта.