ГИМИАС

GIMIAS — это ориентированная на рабочий процесс среда, ориентированная на биомедицинские вычисления и моделирование изображений . Фреймворк с открытым исходным кодом расширяем с помощью подключаемых модулей и ориентирован на создание исследовательских и клинических прототипов программного обеспечения . Gimias использовался для разработки клинических прототипов в области визуализации и моделирования сердца , визуализации и моделирования ангиографии и неврологии ^{[1] [2]}

GIMIAS финансируется несколькими национальными и международными проектами, такими как cvREMOD, euHeart или VPH NoE. ^[3]

О ГИМИАС

GIMIAS означает Графический интерфейс для анализа и моделирования медицинских изображений. GIMIAS предоставляет графический пользовательский интерфейс со всеми основными функциями ввода-вывода данных, визуализации и взаимодействия для изображений, сеток и сигналов. Функции GIMIAS включают:

• Браузер DICOM и подключение PACS
• Поддержка различных методов визуализации
• Визуализация биомедицинских данных в 2D и 3D: многоплоскостная реформация, орто-срез, многосрезовый вид, объемная визуализация , рентгеновская визуализация, проекция максимальной интенсивности
• Несколько форматов ввода и вывода: DICOM , vtk, stl, Nifty, Analyze.
• Управление фильмом: воспроизведение, пауза, управление скоростью
• Несколько объектов данных: 2D-изображения DICOM, 3D-изображения, поверхностные сетки, объемные сетки, сигналы или аннотации
• Аннотации изображений и поверхностных сеток: ориентиры, измерения и области интереса
• Навигация по клиническому рабочему процессу, которая может помочь пользователю перейти от данных пациента к полезной информации для лечения пациента. ^[4]
• Другие дополнительные инструменты для сегментации изображений , манипулирования сеткой и навигации по сигналам. ^[5]

GIMIAS — это фреймворк разработки, позволяющий разработчикам создавать собственные медицинские приложения с использованием различных подключаемых модулей, которые можно динамически загружать и комбинировать. Прототипы, разработанные на GIMIAS, могут быть проверены конечными пользователями в реальных сценариях и с реальными данными на ранних этапах разработки. ^[6]

Разработан с использованием языка C++ , имеет архитектуру плагина и является кроссплатформенным с помощью стандартного инструмента CMake . Возможно интегрировать новые библиотеки с помощью инструмента CSnake и основан на распространенных библиотеках с открытым исходным кодом, таких как VTK , ITK , MITK, BOOST и wxWidgets . Плагин может расширить фреймворк, добавив новые компоненты обработки, компоненты GUI, такие как панели инструментов или окна, новые типы обработки данных или новые библиотеки рендеринга. ^[7]

GIMIAS поддерживает несколько типов плагинов, начиная с простой DLL, совместимого с 3D Slicer плагина командной строки или более сложного плагина GIMIAS с настраиваемым графическим интерфейсом. Автоматизированная генерация GUI и расширяемая модель объектов данных позволяют совместно использовать плагины с другими фреймворками и расширять взаимодействие.

Программное обеспечение доступно для Windows и Linux , 64-битных и 32-битных . ^[8]

История

Первоначальные версии фреймворка с открытым исходным кодом были выпущены к концу 2009 года (GIMIAS 0.6.15 был выпущен в октябре 2009 года). ^[9]

В 2010 году было приложено больше усилий для расширения возможностей самого фреймворка с открытым исходным кодом, что обеспечило больше функциональности, такой как менеджер рабочего процесса, совместимость с плагином 3D Slicer , просмотрщик сигналов и настраиваемые представления. В этом году были выпущены версии GIMIAS 0.8.1, 1.0.0, 1.1.0 и 1.2.0.

Команда GIMIAS сотрудничала с:

• Команда cmgui: для тестирования использования временного API cmgui из программной платформы GIMIAS ^{[10] [11]}
• Группа ЧТК ^[12]
• Группа B3C (MAF) ^[13]

GIMIAS — один из инструментов, используемых в Виртуальном Физиологическом Человеке . ^[14]

Клинические прототипы

• AngioLab — это программный инструмент, разработанный в рамках GIMIAS и являющийся частью более амбициозного проекта по комплексному лечению церебральных аневризм. В настоящее время AngioLab включает четыре плагина: ангиосегментацию, ангиоморфологию, виртуальное стентирование и виртуальную ангиографию. В декабре 2009 года 23 врача заполнили оценочную анкету об AngioLab. Эта деятельность была частью учебного курса, проведенного во время 2-го учебного курса Европейского общества минимально инвазивного нейроваскулярного лечения (ESMINT), который проводился в Университете Помпеу Фабра, Барселона, Испания. Оценивались автоматизированный морфологический анализ (ангиоморфологический плагин) и планирование эндоваскулярного лечения (стентинг-плагин). В целом, результаты, предоставляемые этими инструментами, были признаны актуальными и как возникающая потребность в их клинической области. ^{[15] [16]}
• CardioLab : Пакет CardioLab для GIMIAS позволяет выполнять весь рабочий процесс от медицинских изображений до характеристики и количественной оценки заболеваний миокарда и планирования сердечной ресинхронизирующей терапии (СРТ) . ^[17]
• FocusDET : Точная локализация эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии имеет важное значение для оценки возможности хирургического вмешательства в качестве лечения. Был разработан специальный программный пакет для локализации эпилептогенного очага с использованием иктальных и интериктальных изображений SPECT и МРТ с использованием методологии SISCOM. FocusDET был разработан с использованием возможностей GIMIAS. ^[18]
• QuantiDopa — это программное обеспечение, позволяющее проводить полуавтоматическую количественную оценку поглощения стриатумом в нейротрансмиссионных исследованиях SPECT дофаминергической системы. ^[19]

Ссылки

1. И. Ларрабид, П. Омедас, Ю. Мартелли, X. Плейнс, М. Нибер, Х. А. Мойя, К. Бутакофф, Р. Себастьян, О. Камара, М. Де Крен, Б. Бейненс, А. Ф. Франджи, ГИМИАС: Структура с открытым исходным кодом для эффективной разработки исследовательских инструментов и клинических прототипов, в Functional Imaging and Modeling of the Heart, 417-426, 2009.
2. "VPH Requirements and Technology Assessment Exercise". Виртуальная физиологическая человеческая сеть передового опыта. стр. 95. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.
3. "cvREMOD web site". Архивировано из оригинала 2010-05-30.
4. ahc. «Я занимаюсь визуализацией».
5. P. Omedas; Y. Martelli; I. Larrabide; BH Bijnens; AF Frangi. «Advance Tool for Visualization of Multi-modal and Multi-scale Cardiac Data» (PDF) . UPF. стр. 42. Архивировано из оригинала (PDF) 2011-06-15.
6. "GIMIAS Home Page". Архивировано из оригинала 2011-07-20.
7. Команда GIMIAS. "Архитектура GIMIAS". slideshare.
8. Хамза Эмадин Муса. «Решение GIMIAS для анализа и моделирования медицинских изображений для Windows и Linux». goomedic.
9. Команда GIMIAS. "GIMIAS на SourceForge". SourceForge.
10. "CMGUI и слияние данных". Виртуальная физиологическая человеческая сеть совершенства. стр. 30. Архивировано из оригинала 20.07.2011.
11. "Введение в cmgui". Оклендский институт биоинженерии.
12. "CTK-Hackfest-Май-2010".
13. "B3C collaboration" (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 2011-07-25.
14. "Виртуальный физиологический человек". Архивировано из оригинала 2011-05-07.
15. MC Villa-Uriol, I. Larrabide, JM Pozo, H. Bogunovic, P. Omedas, V. Barbarito, L. Carotenuto, C. Riccobene, X. Planes, Y. Martelli, AJ Geers и AF Frangi, AngioLab: Интегрированная технология для специфического лечения внутричерепных аневризм у пациентов, 32-я ежегодная международная конференция IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBS), Буэнос-Айрес, Аргентина, 2010 г.
16. "GIMIAS toolchain for aneurysm rupture". vph-noe. Архивировано из оригинала 20-07-2011.
17. "Создание конвейера для моделирования in-silico сердечной ресинхронизирующей терапии". vph-noe. стр. 11. Архивировано из оригинала 20-07-2011.
18. B. Martí; Ó. Esteban; X. Planes; P. Omedas; G. Wollny; A. Cot; X. Setoain; A. Frangi; M. Ledesma-Carbayo; J. Pavia (2009). "FocusDET: Программный инструмент для обнаружения эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии". ENAM .^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
19. "Расписание презентаций конференции VPH2010". vph-noe. Архивировано из оригинала 20-07-2011.

Внешние ссылки

• Официальный сайт
• МИТК