stringtranslate.com

Гаплогруппа F-M89

Гаплогруппа F , также известная как F-M89 и ранее как гаплогруппа FT , является очень распространенной гаплогруппой Y-хромосомы . Клада и ее субклады составляют более 90% отцовских линий за пределами Африки.

Подавляющее большинство мужчин с F-M89 попадают в ее прямую потомковую гаплогруппу GHIJK (F1329/M3658/PF2622/YSC0001299). [9] в дополнение к GHIJK, гаплогруппа F имеет три других непосредственных потомка субклада: F1 (P91/P104), F2 (M427/M428) и F3 (M481). Эти три, вместе с F* (M89*), составляют парагруппу F(xGHIJK) . Они в основном встречаются по всей Южной Азии, Юго-Восточной Азии и в некоторых частях Восточной Азии.

Ветви гаплогруппы GHIJK впоследствии разделились на двух прямых потомков: G (M201/PF2957) и HIJK (F929/M578/PF3494/S6397). HIJK в свою очередь разделяется на H (L901/M2939) и IJK (F-L15). Потомки гаплогруппы IJK включают клады I , J , K и, в конечном счете, несколько основных гаплогрупп, произошедших от гаплогруппы K, а именно: гаплогруппы M , N , O , P , Q , R , S , L и T.

Происхождение

Предполагается, что SNP M89 появился 38 700–55 700 лет назад и, скорее всего, возник в Западной Азии [2] [10] или Юго-Восточной Азии [8]. Также в предыдущих исследованиях предполагалось, что F-M89, скорее всего, впервые появился на Аравийском полуострове , в Леванте или Северной Африке , около 43 800–56 800 лет назад. [3] Также предполагалось, что возможное место первого расширения этой линии и роста ее распространенности, по-видимому, было на Индийском субконтиненте или где-то близко к нему, и большинство субкладов и гаплогрупп потомков, по-видимому, распространились из Персидского залива и/или соседних частей Ближнего Востока и Юго-Восточной Азии .

Некоторые линии, происходящие от гаплогруппы F-M89, по-видимому, мигрировали обратно в Африку из Западной Азии в доисторические времена. Например, субклады F-M89 были обнаружены в древних образцах ДНК из Судана, которые были связаны как с мероитским , так и с постмероитским периодом [1] Архивировано 25 августа 2022 г. в захоронениях Wayback Machine .

Распределение

Подавляющее большинство ныне живущих носителей F-M89 принадлежат к субкладам GHIJK. Для сравнения, случаи парагруппы F(xG,H,I,J,K) – то есть, либо базального F* (M89), либо первичных субкладов F1 (P91; P104), F2 (M427; M428) и F3 (M481) – относительно редки во всем мире.

F(xG,H,I,J,K)

Отсутствие точного, высокоразрешающего тестирования в прошлом затрудняет обсуждение F*, F1, F2* и F3* по отдельности. ISOGG утверждает, что F(xG,H,I,J,K) не был хорошо изучен, встречается «нечасто» в современных популяциях и достигает пика в Южной Азии , особенно на Шри-Ланке . [9] Он также, по-видимому, давно присутствует в Юго-Восточной Азии . Однако вероятность ошибочной идентификации считается относительно высокой, и некоторые случаи могут фактически принадлежать неправильно идентифицированным субкладам гаплогруппы GHIJK. Так было, например, в случае с субкладом гаплогруппы H2 (P96), который изначально назывался «F3», т. е. – название, которое с тех пор было переназначено на F-M481.

Ген F(xF1,F2,F3) был зарегистрирован среди 10% мужчин в Шри-Ланке, 5,2% мужчин по всей Индии (включая до 10% мужчин в Южной Индии), 5% в Пакистане, а также в более низких количествах среди народа таманг (Непал) и в Иране .

Мужчины, происходящие из Индонезии, также, как сообщается, являются носителями F(xG,H,I,J,K) – особенно F-M89* – на относительно значительных уровнях. Это было зарегистрировано с частотой 4-5% в Сулавеси и Лембате . Одно исследование, которое не проводило всесторонний скрининг на другие субклады F-M89 (включая некоторые субклады GHIJK), обнаружило, что индонезийские мужчины с SNP P14/PF2704 (который эквивалентен M89), составляют 1,8% мужчин в Западном Тиморе , 1,5% во Флоресе, 5,4% в Лембате, 2,3% в Сулавеси и 0,2% в Суматре . [11] [12] F1 (P91), F2 (M427) и F3 (M481; ранее F5) встречаются крайне редко и практически исключительно в регионах/этнических меньшинствах Шри-Ланки, Индии, Непала, Южного Китая , Таиланда , Бирмы и Вьетнама .

В Центральной Азии примеры F(xG,H,I,J,K) были зарегистрированы у лиц из Туркменистана и Узбекистана . [13]

Кутанан и др. (2020) обнаружили F*-M89 в 50,0% (8/16) образца красных лаху , 47,1% (8/17) образца черных лаху и 6,7% (1/15) образца лису в провинции Мэхонгсон в Таиланде. Все эти говорящие на лолоиш члены F*-M89 на северо-западе Таиланда оказались довольно тесно связаны по отцовской линии, при этом TMRCA их Y-ДНК оценивается в 584 года до настоящего времени. Однако вышеупомянутые Y-хромосомы лишь отдаленно связаны со случаями F*-M89, наблюдаемыми в образцах других популяций Таиланда, включая 5,6% (1/18) образца Phuan из Центрального Таиланда , 11,8% (2/17) образца Soa из Северо-Восточного Таиланда и 29% (2/7) образца Saek из Северо-Восточного Таиланда . TMRCA кластера Loloish из Северного Таиланда и Y-ДНК индивидуума Phuan из Центрального Таиланда, по оценкам, датируется 12 675 годами ранее настоящего времени. TMRCA кластера F*-M89 из Северо-Восточного Таиланда, по оценкам, датируется 6 492 годами ранее настоящего времени. TMRCA всех этих индивидуумов F*-M89 из Таиланда, по оценкам, датируется 16 006 годами ранее настоящего времени. [14]

Также имеются свидетельства палеолитической обратной миграции F(xG,H,I,J,K) на запад из Южной Азии в Иран , Аравию и Северо-Восточную Африку [ 15] [16] , а также субкладов гаплогруппы K в Юго-Восточную Европу [17] .

Неолитическая миграция в Европу из Юго-Западной Азии , первой волной земледельцев в Европе, была выдвинута в качестве источника F и G2a, обнаруженных в европейских неолитических останках, датируемых примерно 4000 г. до н. э. Эти останки, по словам Herrerra et al. (2012), показали «большее генетическое сходство» с «индивидами с современного Ближнего Востока», чем с современными европейцами. [18] F(xG,H,I,J,K) могли быть обнаружены в останках бронзового века из Европы, а именно у индивидов, известных как DEB 20 и DEB 38 , которые жили около 7000–7210 гг. до н. э. и были найдены на стоянке Деренбург-Мееренштиг II в Германии. [19]

Три менее определенных случая, которые не были проверены для всех субкладов GHIJK, были обнаружены среди неолитических останков в Европе. I0411 ( Troc 4 ), живший 7195–7080 лет назад, был найден в пещере Элс-Трокс , недалеко от Бисаурри (современная Испания) — в то время как гаплогруппы G, I1 (I-M450; I-S247), J, L1b2, Q1b1, Q1a2a, R1a1a1 (R-L449), R1b1a2b1a (R-M35) и T были исключены [19] , I2a1b1 и R1b1a2 были обнаружены в других останках с того же места ( Troc 5 и Troc 2 ). Аналогичным образом, три набора останков из Венгрии не были проверены на все субклады GHIJK: BAM 17 , BAM 26 (оба из Альсоньек-Баташек , около 7850–7675 лет до н.э.) и TOLM 3 (7030–7230 лет до н.э., найдены в Тольна-Мёз ). [19] (Индивид, известный ученым как « Оазе 1 », живший около 37800 лет до н.э. в Восточной Европе, изначально был классифицирован как принадлежащий либо к парагруппе F(xGHIJK), либо к K. [ 17] Однако последующие исследования показали, что Оазе 1 принадлежал к K2a* . [20] )

Некоторые случаи, зарегистрированные среди современных популяций европейцев, коренных американцев и жителей островов Тихого океана, могут быть связаны с миграцией и примесью F(xG,H,I,J,K) в результате контакта с Южной и/или Юго-Восточной Азией в раннюю современную эпоху (16–19 века). [9] К таким примерам относятся:

Ф* (М89*)

Базальный F-M89* был зарегистрирован среди 5,2% мужчин в Индии. [10] Региональная разбивка была предоставлена ​​Chiaroni et al. (2009): 10% в Южной Индии ; 8% в Центральной Индии ; около 1,0% в Северной Индии и Западной Индии , а также 5% в Пакистане ; 10% в Шри-Ланке ; 4% среди народа таманг в Непале ; 2% на Борнео и Яве ; 4-5% в Сулавеси и Лембата в Юго-Восточной Азии . [11]

В Иране 2,3% мужчин племени Бандари из провинции Хормозган были обнаружены носителями базального F-M89. [15]

Гаплогруппа F* была обнаружена только у 11,67% протестированных китайцев провинции Юньнань. [23] Сиань (1/34), [23]

Гаплогруппа F-M89 также была обнаружена в Северо-Восточной Африке среди двух людей христианского периода , которые были раскопаны на Четвертом пороге Нила и на острове Мероэ . [24] Останки доисторического человека из пещеры Бачо-Киро F6-620 / AA7-738, из начального верхнего палеолита , датируемые между 45 930 и 42 580 калиброванными годами до настоящего времени, также несут базальную линию гаплогруппы Y-хромосомы F-M89. [25]

Ф1 (П91)

Этот субклад определяется SNP P91. Он наиболее распространен в Шри-Ланке . [2] [26]

Ф2 (М427)

F2 Y-хромосомы были зарегистрированы среди меньшинств из приграничных районов Южного Китая ( Юньнань и Гуйчжоу ), Таиланда , Бирмы и Вьетнама , а именно у и и куконг или лаху ши («желтые лаху»), подгруппы лаху . [ 27]

Ф3 (М481)

Недавно определенный и редкий субклад F3 (M481; ранее F5) был обнаружен в Индии и Непале, среди народа тхару и в Андхра-Прадеше . [28] F-M481 не следует путать с гаплогруппой H2 (L279, L281, L284, L285, L286, M282, P96), которая ранее была ошибочно классифицирована как F-M89, как «F3».

Гаплогруппа GHIJK

Базальный GHIJK никогда не был обнаружен ни у живых мужчин, ни в древних останках.

Субклады, включающие некоторые основные гаплогруппы, широко распространены среди современных популяций Центральной Азии , Кавказа , Ближнего Востока , Южной Азии , Европы , Юго-Восточной Азии , островов Тихого океана и коренных американцев .

Филогенетика

В филогенетике Y-хромосомы субклады являются ветвями гаплогрупп. Эти субклады также определяются полиморфизмами отдельных нуклеотидов (SNP) или полиморфизмами уникальных событий (UEP).

Филогенетические деревья

Существует несколько подтвержденных и предложенных филогенетических деревьев для гаплогруппы F-M89. Научно признанным является дерево Y-хромосомного консорциума (YCC), опубликованное в Karafet 2008 [2] и впоследствии обновленное. Черновик дерева, демонстрирующий зарождающуюся науку, предоставлен Томасом Краном из Центра геномных исследований в Хьюстоне, штат Техас . Международное общество генетической генеалогии (ISOGG) также предоставляет любительское дерево.

Проект дерева Центра геномных исследований

Проект древа гаплогруппы F-M89, составленный Центром геномных исследований, выглядит следующим образом. [29] (Показаны только первые три уровня субкладов.)

Дерево YCC/ISOGG

Это официальное научное дерево, созданное Консорциумом Y-хромосомы (YCC). Последнее крупное обновление было в 2008 году. [2] Последующие обновления были ежеквартальными и двухгодичными. Текущая версия является пересмотром обновления 2010 года. [ необходима цитата ]

Филогенетическая история

До 2002 года в академической литературе существовало по крайней мере семь систем наименования для филогенетического дерева Y-хромосомы. Это привело к значительной путанице. В 2002 году основные исследовательские группы объединились и сформировали Консорциум Y-хромосомы (YCC). Они опубликовали совместную статью, в которой было создано единое новое дерево, которое все согласились использовать. Позже группа гражданских ученых, интересующихся популяционной генетикой и генетической генеалогией, сформировала рабочую группу для создания любительского дерева, стремящегося прежде всего быть своевременным. В таблице ниже собраны все эти работы в точке знакового дерева YCC 2002 года. Это позволяет исследователю, просматривающему более старую опубликованную литературу, быстро перемещаться между номенклатурами.

Смотрите также

Генетика

Основа дерева

Ссылки

  1. ^ Расчетное время отделения F от C = 70 000–75 000 лет назад; расчетное время отделения G от HIJK = 45 000–50 000 лет назад Рагхаван, М.; и др. (2014). «Верхний палеолитический сибирский геном раскрывает двойную родословную коренных американцев». Nature . 505 (7481): 87–91. Bibcode :2014Natur.505...87R. doi :10.1038/nature12736. PMC 4105016 . PMID  24256729. 
  2. ^ abcdef Карафет, Татьяна; и др. (2008). «Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и повышают разрешение древа гаплогруппы Y-хромосомы человека». Genome Research . 18 (5): 830–8. doi :10.1101/gr.7172008. PMC 2336805. PMID 18385274  . 
  3. ^ ab Hammer, MF; Zegura, SL (2002). «Дерево гаплогруппы Y-хромосомы человека: номенклатура и филогеография его основных подразделений». Annual Review of Anthropology . 31 : 303–321. doi :10.1146/annurev.anthro.31.040402.085413.
  4. ^ Кивисилд и др. 2003, Генетическое наследие самых ранних поселенцев сохраняется как в индийских племенных, так и в кастовых популяциях.
  5. ^ Сенгупта и др. 2005, Полярность и временность распределений Y-хромосомы высокого разрешения в Индии выявляют как коренные, так и экзогенные расширения и выявляют незначительное генетическое влияние скотоводов Центральной Азии.
  6. ^ Сангхамитра Саху и др. 2006, Предыстория индийских Y-хромосом: Оценка сценариев демической диффузии
  7. ^ Арункумар и др. 2012
  8. ^ ab Халласт, Пилле; Агджоян, Анастасия; Балановский, Олег; Сюэ, Яли; Тайлер-Смит, Крис (2020-07-14). «Юго-восточноазиатское происхождение современных неафриканских человеческих Y-хромосом». Генетика человека . 140 (2): 299–307. doi : 10.1007/s00439-020-02204-9 . ISSN  1432-1203. PMC 7864842. PMID 32666166  . 
  9. ^ abcd ISOGG, 2015, Y-ДНК гаплогруппа F и ее субклады - 2015 (8 сентября 2015 г.).
  10. ^ ab Sengupta, Sanghamitra; et al. (2006). «Полярность и временность распределений Y-хромосомы с высоким разрешением в Индии выявляют как коренные, так и экзогенные расширения и выявляют незначительное генетическое влияние скотоводов Центральной Азии». Американский журнал генетики человека . 78 (2): 202–21. doi :10.1086/499411. PMC 1380230. PMID  16400607 . 
  11. ^ ab Chiaroni, Jacques; Underhill, Peter A.; Cavalli-Sforza, Luca L. (1 декабря 2009 г.). «Разнообразие Y-хромосомы, человеческая экспансия, дрейф и культурная эволюция». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (48): 20174–9. Bibcode : 2009PNAS..10620174C. doi : 10.1073/pnas.0910803106 . PMC 2787129. PMID  19920170 . 
  12. ^ Тумонггор, МК; Карафет, ТМ; Дауни, С; Лансинг, Дж. С.; Норквест, П; Судойо, Х; Хаммер, МФ; Кокс, М. П. (2014). «Изоляция, контакт и социальное поведение сформировали генетическое разнообразие в Западном Тиморе». Журнал генетики человека . 59 (9): 494–503. doi :10.1038/jhg.2014.62. PMC 4521296. PMID 25078354  . 
  13. ^ Балареск и др. (2015), Кластеры происхождения Y-хромосомы и дифференциальный репродуктивный успех мужчин: молодые экспансии линий доминируют в азиатских скотоводческих кочевых популяциях, Дополнительная таблица 2
  14. ^ Вибху Кутанан, Расми Шуконгдей, Метави Шрикуммул и др. (2020), «Культурные различия влияют на отцовские и материнские генетические линии групп хмонг-мьен и сино-тибетцев из Таиланда». Европейский журнал генетики человека . https://doi.org/10.1038/s41431-020-0693-x
  15. ^ ab Grugni, V; Battaglia, V; Hooshiar Kashani, B; et al. (2012). «Древние миграционные события на Ближнем Востоке: новые подсказки из вариации Y-хромосомы современных иранцев». PLOS ONE . ​​7 (7): e41252. Bibcode :2012PLoSO...741252G. doi : 10.1371/journal.pone.0041252 . PMC 3399854 . PMID  22815981. 
  16. ^ Юсиф, Хишам; Элтайеб, Мунтасер. «Генетические закономерности вариаций Y-хромосомы и митохондриальной ДНК, имеющие значение для населения Судана» (PDF) . Университет Хартума . Получено 17 июля 2016 г.
  17. ^ ab Qiaomei Fu; Mateja Hajdinjak; Oana Teodora Moldovan; Silviu Constantin; Swapan Mallick; Pontus Skoglund; Nick Patterson; Nadin Rohland; Iosif Lazaridis; Birgit Nickel; Bence Viola; Kay Prüfer; Matthias Meyer; Janet Kelso; David Reich; Svante Pääbo (13 августа 2015 г.). «Ранний современный человек из Румынии с недавним неандертальским предком». Nature . 524 (7564): 216–219. Bibcode :2015Natur.524..216F. doi :10.1038/nature14558. PMC 4537386 . PMID  26098372. 
  18. ^ Herrera, KJ; Lowery, RK; Hadden, L; et al. (март 2012 г.). «Неолитические патрилинейные сигналы указывают на то, что Армянское плато было повторно заселено земледельцами». Eur. J. Hum. Genet . 20 (3): 313–20. doi :10.1038/ejhg.2011.192. PMC 3286660 . PMID  22085901. 
  19. ^ abc Jean Manco, 2016, ДНК из европейского неолита (1 марта 2016 г.).
  20. ^ Г. Дэвид Позник и др., 2016, «Пунктуированные всплески в демографии мужчин, выведенные из 1244 последовательностей Y-хромосомы по всему миру» Nature Genetics, № 48, стр. 593–599.
  21. ^ "Меланезийское и азиатское происхождение полинезийцев: градиенты мтДНК и Y-хромосомы через Тихий океан". Архивировано из оригинала 2011-05-13.
  22. ^ Филлип Эдвард Мелтон, 2008, Генетическая история и доколумбовая диаспора чибчанского населения: молекулярно-генетические доказательства ; Энн-Арбор, Мичиган; ProQuest, стр. 29.
  23. ^ ab Soon-Hee Kim 2011, Высокая частота линий гаплогруппы Y-хромосомы O2b-SRY465 в Корее: генетическая перспектива заселения Кореи
  24. ^ Мохамед, Хишам Юсиф Хассан. «Генетические закономерности вариаций Y-хромосомы и митохондриальной ДНК с учетом их влияния на население Судана». Университет Хартума. стр. 76. Архивировано из оригинала (PDF) 10 ноября 2020 г. Получено 22 августа 2016 г.
  25. ^ Hajdinjak, M., Mafessoni, F., Skov, L. et al. «Первоначальные люди верхнего палеолита в Европе имели недавних неандертальских предков». Nature 592, 253–257 (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03335-3
  26. ^ "PhyloTree y - Минимальное дерево y".
  27. ^ Black, ML; Wise, CA; Wang, W.; Bittles, AH (июнь 2006 г.). «Объединение генетики и истории населения в изучении этнического разнообразия в Китайской Народной Республике». Биология человека . 78 (3): 277–293. doi :10.1353/hub.2006.0041. PMID  17216801. S2CID  42002729.
  28. ^ Форнарино, С.; Пала, М.; Батталья, В.; и др. (2009). «Митохондриальное и Y-хромосомное разнообразие тхару (Непал): резервуар генетической изменчивости». BMC Evol. Biol . 9 : 154. doi : 10.1186/1471-2148-9-154 . PMC 2720951. PMID  19573232 . 
  29. ^ "Архивная копия". Архивировано из оригинала 2013-05-26 . Получено 2013-01-06 .{{cite web}}: CS1 maint: архивная копия как заголовок ( ссылка )

Внешние ссылки

На Викискладе есть медиафайлы по теме Гаплогруппа F Y-ДНК .