stringtranslate.com

Гаплогруппа F-M89

Гаплогруппа F , также известная как F-M89 и ранее как гаплогруппа FT , является очень распространенной гаплогруппой Y-хромосомы . Клада и ее субклады составляют более 90% отцовских линий за пределами Африки.

Подавляющее большинство отдельных мужчин с F-M89 относятся к ее прямому потомку гаплогруппы GHIJK (F1329/M3658/PF2622/YSC0001299). [9] Помимо GHIJK, гаплогруппа F имеет еще три субклада-потомка: F1 (P91/P104), F2 (M427/M428) и F3 (M481). Эти три вместе с F* (M89*) составляют парагруппу F(xGHIJK) . В основном они встречаются в Южной Азии, Юго-Восточной Азии и некоторых частях Восточной Азии.

Ветви гаплогруппы GHIJK впоследствии разделились на двух прямых потомков: G (M201/PF2957) и HIJK (F929/M578/PF3494/S6397). HIJK, в свою очередь, делится на H (L901/M2939) и IJK (F-L15). К потомкам гаплогруппы IJK относятся клады I , J , K и, в конечном итоге, несколько основных гаплогрупп, произошедших от гаплогруппы K, а именно: гаплогруппы M , N , O , P , Q , R , S , L и T.

Происхождение

Подсчитано, что SNP M89 появился 38 700–55 700 лет назад и, скорее всего, возник в Западной Азии [2] [10] или Юго-Восточной Азии [11]. Предыдущие исследования также предполагали, что F-M89, скорее всего, впервые появился в Аравийский полуостров , Левант или Северная Африка , около 43 800–56 800 лет назад. [3] Также было высказано предположение, что возможное место первого распространения и роста распространенности этой линии, по-видимому, находилось на Индийском субконтиненте или где-то рядом с ним, и большинство потомков субкладов и гаплогрупп, по-видимому, распространились за пределы Индийского субконтинента. Персидский залив и/или соседние части Ближнего Востока и Юго-Восточной Азии .

Некоторые линии, происходящие от гаплогруппы F-M89, по-видимому, мигрировали обратно в Африку из Западной Азии в доисторические времена. Например, субклады F-M89 были обнаружены в древних образцах ДНК из Судана, которые были связаны как с меройскими , так и с постмеройскими [1] захоронениями.

Распределение

Подавляющее большинство ныне живущих особей, несущих F-M89, принадлежат к субкладам GHIJK. Для сравнения, случаи парагруппы F(xG,H,I,J,K) – то есть либо базального F* (M89), либо первичных субкладов F1 (P91; P104), F2 (M427; M428) и F3 ( M481) – относительно редки во всем мире.

F(xG,H,I,J,K)

Отсутствие точных испытаний с высоким разрешением в прошлом затрудняет отдельное обсуждение F*, F1, F2* и F3*. ISOGG утверждает, что F(xG,H,I,J,K) недостаточно изучен, встречается «нечасто» в современных популяциях и достигает максимума в Южной Азии , особенно в Шри-Ланке . [9] Похоже, что он уже давно присутствует в Юго-Восточной Азии . Однако вероятность ошибочной идентификации считается относительно высокой, и некоторые случаи на самом деле могут принадлежать к ошибочно идентифицированным субкладам гаплогруппы GHIJK. Так было, например, с субкладом гаплогруппы H2 (P96), который первоначально назывался «F3», то есть – имя, которое с тех пор было присвоено F-M481.

F(xF1,F2,F3) зарегистрирован у 10% мужчин в Шри-Ланке, у 5,2% мужчин по всей Индии (включая до 10% мужчин в Южной Индии), у 5% в Пакистане, а также у более низких уровней среди мужчин. народ таманг (Непал) и в Иране .

Сообщалось также, что мужчины, происходящие из Индонезии, являются носителями F(xG,H,I,J,K) – особенно F-M89* – в относительно значительных количествах. Сообщается, что уровень заболеваемости составляет 4-5% в Сулавеси и Лембата . Одно исследование, в котором не проводился всесторонний скрининг других субкладов F-M89 (включая некоторые субклады GHIJK), показало, что индонезийские мужчины с SNP P14/PF2704 (который эквивалентен M89) составляют 1,8% мужчин в Западном Тиморе . 1,5% Флореса , 5,4% Лембаты, 2,3% Сулавеси и 0,2% Суматры . [12] [13] F1 (P91), F2 (M427) и F3 (M481; ранее F5) очень редки и практически эксклюзивны для регионов/этнических меньшинств в Шри-Ланке, Индии, Непале, Южном Китае , Таиланде , Бирме , и Вьетнам .

В Центральной Азии примеры F(xG,H,I,J,K) были зарегистрированы у лиц из Туркменистана и Узбекистана . [14]

Кутанан и др. (2020) обнаружили F*-M89 в 50,0% (8/16) образца Красного Лаху , 47,1% (8/17) образца Черного Лаху и 6,7% (1/15) образца Лису в провинции Мае Хонг Сон , Таиланд. Было обнаружено, что все эти говорящие на лолоишском языке члены F*-M89 на северо-западе Таиланда довольно тесно связаны по отцовской линии, причем TMRCA их Y-ДНК оценивается на 584 года раньше настоящего. Однако вышеупомянутые Y-хромосомы лишь отдаленно связаны с экземплярами F*-M89, наблюдаемыми в выборках других популяций Таиланда, в том числе 5,6% (1/18) выборки Фуан из Центрального Таиланда , 11,8% (2/17 ) образца Соа из Северо-Восточного Таиланда и 29% (2/7) образца Саек из Северо-Восточного Таиланда . По оценкам , TMRCA кластера Лолоиш из Северного Таиланда и Y-ДНК особи Фуан из Центрального Таиланда возникли на 12 675 лет раньше настоящего. По оценкам, TMRCA скопления F *-M89 на северо-востоке Таиланда возник 6492 года назад. TMRCA всех этих особей F*-M89 из Таиланда, по оценкам, возник 16 006 лет назад. [15]

Существуют также свидетельства палеолитической обратной миграции F(xG,H,I,J,K) на запад из Южной Азии в Иран , Аравию и Северо-Восточную Африку , [16] [17] , а также субкладов гаплогруппы K в Юго-Восточная Европа . [18]

Неолитическая миграция в Европу из Юго-Западной Азии первой волны фермеров в Европе была выдвинута в качестве источника F и G2a, обнаруженных в европейских неолитических останках, датируемых примерно 4000 годом до нашей эры. Эти останки, по мнению Herrerra et al. (2012) показали «большее генетическое сходство» с «людьми с современного Ближнего Востока», чем с современными европейцами. [19] F(xG,H,I,J,K), возможно, был обнаружен в останках бронзового века из Европы, а именно в людях, известных как DEB 20 и DEB 38 , которые жили около 7000–7210 лет назад и были найдены на Городище Деренбург Мееренштиг II в Германии. [20]

Три менее надежных случая, которые не были проверены для всех субкладов GHIJK, были обнаружены среди неолитических останков в Европе. I0411 ( Troc 4 ), живший 7195–7080 лет назад, был найден в пещере Эльс-Трокс , недалеко от Бисаурри (современная Испания) – тогда как гаплогруппы G, I1 (I-M450; I-S247) J, L1b2, Q1b1, Q1a2a , R1a1a1 (R-L449), R1b1a2b1a (R-M35) и T были исключены, [20] I2a1b1 и R1b1a2 были обнаружены в других останках из того же памятника ( Troc 5 и Troc 2 ). Аналогичным образом, три набора останков из Венгрии не были проверены на наличие всех субкладов GHIJK: BAM 17 , BAM 26 (оба из Альсоньека-Баташека , около 7850–7675 лет назад) и TOLM 3 (7030–7230 лет назад, найдены в Толна-Мезсе ). . [20] (Человек, известный учёным как « Оазис 1 », живший около 37 800 лет назад в Восточной Европе, первоначально был классифицирован как принадлежащий либо к парагруппе F(xGHIJK), либо к группе K. [ 18] Однако последующие исследования показали, что что Оазе 1 принадлежит К2а* [21] ) .

Некоторые случаи, зарегистрированные среди современных популяций европейцев, коренных американцев и жителей островов Тихого океана, могут быть связаны с миграцией и примесью F(xG,H,I,J,K) в результате контакта с Южной и/или Юго-Восточной Азией во время раннее Новое время (16–19 века). [9] К таким примерам относятся:

Ф* (М89*)

Базальный F-M89* был зарегистрирован у 5,2% мужчин в Индии. [10] Региональная разбивка была предоставлена ​​Chiaroni et al. (2009 г.): 10% в Южной Индии ; 8% в Центральной Индии ; около 1,0% в Северной Индии и Западной Индии , а также 5% в Пакистане ; 10% в Шри-Ланке ; 4 % среди тамангов Непала ; 2% на Борнео и Яве ; 4-5% в Сулавеси и Лембате в Юго-Восточной Азии . [12]

В Иране было обнаружено , что 2,3% мужчин бандари из провинции Хормозган являются носителями базального F-M89. [16]

Гаплогоруп F* был обнаружен только у 11,67% протестированных юньнаньских ханьцев. [24] Сиань (1/34), [24]

Гаплогруппа F-M89 также наблюдалась в Северо-Восточной Африке среди двух людей христианского периода , которые были раскопаны на Четвертом пороге Нила и на острове Мероэ . [25] Останки доисторического человека из пещеры Бачо-Киро F6-620 / AA7-738 из начального верхнего палеолита , датированные периодом от 45 930 до 42 580 калиброванных лет до настоящего времени, несут также базальную линию гаплогруппы Y-хромосомы F-M89. . [26]

Ф1 (Р91)

Этот субклад определяется SNP P91. Наиболее распространено в Шри-Ланке . [2] [27]

Ф2 (М427)

Y-хромосомы F2 были зарегистрированы среди меньшинств из приграничных территорий Южного Китая ( Юньнань и Гуйчжоу ), Таиланда , Бирмы и Вьетнама , а именно И и Куконг или Лаху Ши («Желтый Лаху»), подгруппы Лаху . [28]

Ф3 (М481)

Недавно определенный и редкий субклад F3 (M481; ранее F5) был обнаружен в Индии и Непале, среди народа тару и в Андхра-Прадеше . [29] F-M481 не следует путать с гаплогруппой H2 (L279, L281, L284, L285, L286, M282, P96), которую ранее ошибочно классифицировали как F-M89, как «F3».

Гаплогруппа GHIJK

Базальный GHIJK никогда не был обнаружен ни у живых самцов, ни у древних останков.

Субклады, включая некоторые основные гаплогруппы, широко распространены среди современного населения Кавказа , Ближнего Востока , Южной Азии , Европы , Юго-Восточной Азии , островов Тихого океана и коренных американцев .

Филогенетика

В филогенетике Y-хромосомы субклады являются ветвями гаплогрупп. Эти субклады также определяются однонуклеотидными полиморфизмами (SNP) или полиморфизмами уникальных событий (UEP).

Филогенетические деревья

Существует несколько подтвержденных и предложенных филогенетических деревьев гаплогруппы F-M89. Научно признанным является вариант Консорциума Y-хромосомы (YCC), опубликованный в Karafet 2008 [2] и впоследствии обновленный. Черновик дерева, показывающего новые научные достижения, предоставлен Томасом Краном из Центра геномных исследований в Хьюстоне, штат Техас . Международное общество генетической генеалогии (ISOGG) также предоставляет любительское дерево.

Черновик дерева Центра геномных исследований

Черновик дерева гаплогруппы F-M89 Центра геномных исследований выглядит следующим образом. [30] (Показаны только первые три уровня субкладов.)

Дерево YCC/ISOGG

Это официальное научное дерево, созданное Консорциумом Y-хромосомы (YCC). Последнее крупное обновление было в 2008 году. [2] Последующие обновления выходили ежеквартально и раз в два года. Текущая версия является версией обновления 2010 года. [ нужна цитата ]

Филогенетическая история

До 2002 года в научной литературе существовало как минимум семь систем наименования филогенетического дерева Y-хромосомы. Это привело к значительной путанице. В 2002 году основные исследовательские группы объединились и сформировали Консорциум Y-хромосомы (YCC). Они опубликовали совместный документ, в котором было создано единое новое дерево, которое все согласились использовать. Позже группа гражданских ученых, интересующихся популяционной генетикой и генетической генеалогией, сформировала рабочую группу для создания любительского дерева, стремясь, прежде всего, быть своевременным. В таблице ниже собраны все эти работы, относящиеся к знаковому дереву YCC 2002 года. Это позволяет исследователю, просматривающему старую опубликованную литературу, быстро перемещаться между номенклатурами.

Смотрите также

Генетика

Магистральное дерево

Рекомендации

  1. ^ Расчетное время отделения F от C = 70 000–75 000 BP; расчетное время, когда G отделился от HIJK = 45 000–50 000 Рагхаван, М.; и другие. (2014). «Геном Сибири верхнего палеолита обнаруживает двойное происхождение коренных американцев». Природа . 505 (7481): 87–91. Бибкод : 2014Natur.505...87R. дои : 10.1038/nature12736. ПМК 4105016 . ПМИД  24256729. 
  2. ^ abcdef Карафет, Татьяна; и другие. (2008). «Новые бинарные полиморфизмы изменяют форму и увеличивают разрешение дерева гаплогруппы Y-хромосомы человека». Геномные исследования . 18 (5): 830–8. дои :10.1101/гр.7172008. ПМК 2336805 . ПМИД  18385274. 
  3. ^ аб Хаммер, МФ; Зегура, СЛ (2002). «Дерево гаплогрупп Y-хромосомы человека: номенклатура и филогеография его основных подразделений». Ежегодный обзор антропологии . 31 : 303–321. дои : 10.1146/annurev.anthro.31.040402.085413.
  4. ^ Кивисилд и др. 2003, Генетическое наследие первых поселенцев сохраняется как в индийских племенных, так и в кастовых популяциях.
  5. ^ Сенгупта и др. 2005, Полярность и временность распределения Y-хромосомы с высоким разрешением в Индии Выявляют как местное, так и экзогенное расширение и выявляют незначительное генетическое влияние скотоводов Центральной Азии
  6. ^ Сангамитра Саху и др. 2006, Предыстория индийских Y-хромосом: оценка сценариев демического распространения
  7. ^ Арункумар и др. 2012 г.
  8. ^ Халласт, Пилле; Агджоян, Анастасия; Балановский Олег; Сюэ, Яли; Тайлер-Смит, Крис (14 июля 2020 г.). «Происхождение современных неафриканских Y-хромосом человека из Юго-Восточной Азии». Генетика человека . 140 (2): 299–307. дои : 10.1007/s00439-020-02204-9 . ISSN  1432-1203. ПМЦ 7864842 . ПМИД  32666166. 
  9. ^ abcd ISOGG, 2015, Гаплогруппа F Y-ДНК и ее субклады - 2015 (8 сентября 2015 г.).
  10. ^ аб Сенгупта, Сангамитра; и другие. (2006). «Полярность и временность распределения Y-хромосомы с высоким разрешением в Индии определяют как местное, так и экзогенное распространение и выявляют незначительное генетическое влияние скотоводов Центральной Азии». Американский журнал генетики человека . 78 (2): 202–21. дои : 10.1086/499411. ПМК 1380230 . ПМИД  16400607. 
  11. ^ Халласт, Пилле; Агджоян, Анастасия; Балановский Олег; Сюэ, Яли; Тайлер-Смит, Крис (14 июля 2020 г.). «Происхождение современных неафриканских Y-хромосом человека из Юго-Восточной Азии». Генетика человека . 140 (2): 299–307. дои : 10.1007/s00439-020-02204-9 . ISSN  1432-1203. ПМЦ 7864842 . ПМИД  32666166. 
  12. ^ аб Кьярони, Жак; Андерхилл, Питер А.; Кавалли-Сфорца, Лука Л. (1 декабря 2009 г.). «Разнообразие Y-хромосомы, человеческая экспансия, дрейф и культурная эволюция». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (48): 20174–9. Бибкод : 2009PNAS..10620174C. дои : 10.1073/pnas.0910803106 . ПМЦ 2787129 . ПМИД  19920170. 
  13. ^ Тумонггор, МК; Карафет, ТМ; Дауни, С; Лансинг, Дж. С.; Норквест, П; Судойо, Х; Хаммер, МФ; Кокс, член парламента (2014). «Изоляция, контакты и социальное поведение сформировали генетическое разнообразие в Западном Тиморе». Журнал генетики человека . 59 (9): 494–503. дои : 10.1038/jhg.2014.62. ПМК 4521296 . ПМИД  25078354. 
  14. ^ Балареск и др. (2015), Кластеры происхождения Y-хромосомы и мужской дифференциальный репродуктивный успех: молодые линии преобладают в азиатских пасторальных кочевых популяциях, Дополнительная таблица 2
  15. ^ Вибху Кутанан, Расми Шуконгдеж, Метави Шрикуммул и др. (2020), «Культурные различия влияют на отцовские и материнские генетические линии хмонг-миенских и китайско-тибетских групп из Таиланда». Европейский журнал генетики человека . https://doi.org/10.1038/s41431-020-0693-x
  16. ^ аб Груни, В; Батталья, В; Хушияр Кашани, Б; и другие. (2012). «Древние миграционные события на Ближнем Востоке: новые подсказки по вариации Y-хромосомы современных иранцев». ПЛОС ОДИН . 7 (7): е41252. Бибкод : 2012PLoSO...741252G. дои : 10.1371/journal.pone.0041252 . ПМК 3399854 . ПМИД  22815981. 
  17. ^ Юсиф, Хишам; Эльтайеб, Мунтасер. «Генетические закономерности вариаций Y-хромосомы и митохондриальной ДНК, имеющие значение для заселения Судана» (PDF) . Хартумский университет . Проверено 17 июля 2016 г.
  18. ^ аб Цяомэй Фу; Матея Хайдиняк; Оана Теодора Молдован; Сильвиу Константин; Свапан Маллик; Понтус Скоглунд; Ник Паттерсон; Надин Роланд; Иосиф Лазаридис; Биргит Никель; Бенс Виола; Кей Прюфер; Маттиас Мейер; Джанет Келсо; Дэвид Райх; Сванте Пяабо (13 августа 2015 г.). «Ранний современный человек из Румынии с недавним предком-неандертальцем». Природа . 524 (7564): 216–219. Бибкод : 2015Natur.524..216F. дои : 10.1038/nature14558. ПМК 4537386 . ПМИД  26098372. 
  19. ^ Эррера, К.Дж.; Лоури, РК; Хадден, Л; и другие. (март 2012 г.). «Неолитические отцовские сигналы указывают на то, что Армянское нагорье было заселено земледельцами». Евро. Дж. Хум. Жене . 20 (3): 313–20. дои : 10.1038/ejhg.2011.192. ПМК 3286660 . ПМИД  22085901. 
  20. ^ abc Жан Манко, 2016, ДНК европейского неолита (1 марта 2016 г.).
  21. ^ Г. Дэвид Позник и др., 2016, «Периодические всплески демографии мужского пола, выведенные на основе 1244 последовательностей Y-хромосомы по всему миру» Nature Genetics, no. 48, стр. 593–599.
  22. ^ «Меланезийское и азиатское происхождение полинезийцев: градиенты мтДНК и Y-хромосомы через Тихий океан». Архивировано из оригинала 13 мая 2011 г.
  23. ^ Филип Эдвард Мелтон, 2008, Генетическая история и доколумбовая диаспора населения, говорящего на языке чибчан: молекулярно-генетические данные ; Анн-Арбор, Мичиган; ПроКвест, с. 29.
  24. ^ ab Сун-Хи Ким 2011, Высокие частоты линий гаплогруппы Y-хромосомы O2b-SRY465 в Корее: генетический взгляд на заселение Кореи
  25. ^ Мохамед, Хишам Юсиф Хасан. «Генетические закономерности вариаций Y-хромосомы и митохондриальной ДНК, имеющие значение для заселения Судана» (PDF) . Хартумский университет. п. 76 . Проверено 22 августа 2016 г.
  26. ^ Хайдиньяк М., Мафессони Ф., Сков Л. и др. «Первоначальные люди верхнего палеолита в Европе имели недавнее неандертальское происхождение». Природа 592, 253–257 (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03335-3
  27. ^ "PhyloTree y - Минимальное дерево y" .
  28. ^ Блэк, МЛ; Уайз, Калифорния; Ван, В.; Биттлс, АХ (июнь 2006 г.). «Объединение генетики и истории населения в изучении этнического разнообразия в Китайской Народной Республике». Человеческая биология . 78 (3): 277–293. дои : 10.1353/hub.2006.0041. PMID  17216801. S2CID  42002729.
  29. ^ Форнарино, С; Пала, М; Батталья, В; и другие. (2009). «Митохондриальное и Y-хромосомное разнообразие Таруса (Непал): резервуар генетических вариаций». БМК Эвол. Биол . 9 :154. дои : 10.1186/1471-2148-9-154 . ПМК 2720951 . ПМИД  19573232. 
  30. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинала 26 мая 2013 г. Проверено 6 января 2013 г.{{cite web}}: CS1 maint: архивная копия в заголовке ( ссылка )

Внешние ссылки

Викискладе есть медиафайлы, связанные с гаплогруппой F Y-ДНК .