Сезон 1999–2000 годов в Греческой футбольной лиге стал 47-м в истории Греческой футбольной лиги , футбольного турнира в Англии.
В конце сезона Греческая лига объединилась с Чилтонской лигой . 17 клубов последней сформировали Восточный дивизион, а клубы Первого дивизиона Греческой лиги сформировали Западный дивизион.
В Премьер-дивизионе приняли участие 16 клубов, выступавших в дивизионе в прошлом сезоне, а также три новых клуба:
В состав Первого дивизиона вошли 13 клубов, которые соревновались в Первом дивизионе в прошлом сезоне, а также два новых клуба, присоединившихся из Высшей лиги Оксфордшира :