Functional GEnomics Data Society ( FGED ) (ранее известное как MGED Society ) было некоммерческой, добровольной международной организацией биологов, компьютерных специалистов и аналитиков данных, которая стремится содействовать биологическим и биомедицинским открытиям посредством интеграции данных. Подход FGED заключался в содействии обмену данными основных исследований, созданными в первую очередь с помощью высокопроизводительных технологий , которые генерируют большие наборы данных в области функциональной геномики .
Члены Общества FGED сотрудничали с другими организациями для поддержки эффективного обмена и воспроизводимости данных функциональной геномики; содействия созданию стандартов и программных инструментов, использующих эти стандарты; и содействия обмену высококачественными, хорошо аннотированными данными в сообществах, занимающихся науками о жизни и биомедициной .
Основанная в 1999 году как «Общество данных по экспрессии генов на микрочипах (MGED)», эта организация изменила свое название на «Общество данных по функциональной геномике» в 2010 году, чтобы отразить тот факт, что она расширила свою деятельность за пределы применения ДНК-микрочипов для анализа экспрессии генов , включив в нее такие технологии, как высокопроизводительное секвенирование . [ необходима ссылка ] Область деятельности Общества FGED включает данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики при ее применении к исследованиям экспрессии генов, связывания, модификации и другим связанным приложениям в масштабе генома.
В сентябре 2021 года Общество FGED прекратило свою деятельность. [1]
Общество FGED было создано в 1999 году на встрече по базам данных экспрессии генов на основе ДНК-микрочипов в знак признания необходимости установления стандартов для обмена и хранения данных экспериментов с ДНК-микрочипами . [ необходима ссылка ] Первоначально названное «Общество MGED», общество изначально сосредоточилось на данных по ДНК-микрочипам и экспрессии генов .
Первоначальное общество MGED было зарегистрировано в 2002 году как некоммерческая организация общественного назначения под названием Microarray Gene Expression Data Society и получило постоянный статус благотворительной организации в 2007 году. [ необходима ссылка ] Название MGED было официально изменено в 2007 году на Microarray and Gene Expression Data Society, чтобы подчеркнуть более широкую сферу деятельности.
В сентябре 2008 года Общество решило позиционировать себя просто как Общество MGED, чтобы расширить сферу деятельности Общества за пределы технологий микрочипов и приложений по экспрессии генов, но при этом сохранить признанную ценность имени MGED в сообществе. [ необходима ссылка ]
В июле 2010 года общество проголосовало за изменение своего названия на «Общество функциональных геномных данных (FGED)», чтобы отразить его текущую миссию, которая выходит за рамки микрочипов и экспрессии генов, чтобы охватить данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики, применяемой к исследованиям геномной экспрессии, связывания , модификации (например, метилирования ДНК ) и других связанных приложений. Это было официально объявлено 14 июля 2010 года на ежегодном собрании общества «MGED13». [2]
Члены правления и должностные лица FGED Society избираются ежегодно в мае и начинают исполнять свои обязанности в июне. Президенты FGED Society и сроки их полномочий следующие:
Совет директоров и Консультативный совет FGED состоят из волонтеров из академических кругов, промышленности, правительства и журналов, представляющих срез тех, кто создает, анализирует, архивирует и публикует в области функциональной геномики. Хотя формального членства нет, участники ежегодных собраний FGED считаются частью сообщества FGED.
На сегодняшний день FGED разработала ряд спецификаций стандартов, относящихся к экспериментам с ДНК-микрочипами. Эти стандарты разработаны для улучшения аннотации, коммуникации и обмена данными и результатами таких экспериментов в сообществе исследователей в области естественных наук.
Минимальная информация об эксперименте по высокопроизводительному секвенированию (MINSEQE) — это минимальный стандарт содержания данных , который описывает основную информацию, необходимую для адекватного документирования эксперимента по высокопроизводительному секвенированию с целью интерпретации и воспроизведения результатов. [3]
MIAME (Minimal Information About a Microarray Experiment) — это стандарт содержания данных, который описывает существенную информацию, необходимую для адекватного документирования эксперимента с ДНК-микрочипом с целью интерпретации и воспроизведения результатов. Это был первый опубликованный пример минимального информационного стандарта для высокопроизводительных экспериментов в науках о жизни, и как таковой он заложил основу для аналогичных стандартов в других областях бионауки.
MAGE-OM (MicroArray Gene Expression Object Model) — стандарт обмена данными и моделирования данных для использования при кодировании данных из экспериментов с микрочипами с целью экспорта и импорта в программные инструменты и базы данных через XML- файлы. MAGE-OM — это платформенно-независимая модель, реализованная в формате MAGE-ML на основе XML.
Новая версия MAGE-TAB была разработана для того, чтобы ее было легче понимать и генерировать производителям данных, поскольку она представлена в формате (с разделителями табуляции ), который можно просматривать и редактировать с помощью широкодоступного программного обеспечения для работы с электронными таблицами, такого как Microsoft Excel . [4]
Онтология MGED (MO) предоставляет стандартную терминологию для описания компонентов эксперимента с ДНК-микрочипами. [5] Онтология для биомедицинских исследований (OBI) разрабатывается в качестве замены MO. Доступно отображение терминов онтологии из MO в OBI. [6]
Важнейшим компонентом усилий Общества FGED является ежегодное собрание FGED, на котором демонстрируются передовые научные работы и продвигаются стандарты. [7]
Общество FGED проводит свои ежегодные встречи по всему миру с 1999 года, координируя работу с местной научной организацией, которая предоставляет пространство для выступлений, стендовых докладов, семинаров и обучающих программ.
Ниже приведен список дат и мест проведения ежегодных собраний Общества FGED. [8] Все собрания с 2010 года и ранее проводились под названием «Общество MGED».