Джон Кристиан, герцог Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург (датский: Hans Christian af Slesvig-Holsten-Sønderborg , 26 апреля 1607 — 30 июня 1653) был герцогом Шлезвиг-Гольштейн-Зондербург с 1627 года до своей смерти в 1653 году.
Джон Кристиан был старшим сыном Александра, герцога Шлезвиг-Гольштейн-Зондербургского, и Доротеи, дочери Джона Гюнтера I, графа Шварцбург-Зондерсхаузена . Его отец назначил его своим преемником. Однако после смерти отца управление герцогством взяла на себя его мать, и Джон Кристиан был вынужден выплачивать ежегодную компенсацию за своих братьев. Это ввергло герцогство в большие долги. Он умер в Сённерборге в 1653 году, и ему наследовал его сын Кристиан Адольф I. [ 1]
Иоганн Кристиан женился на Анне Ольденбургской и Дельменхорстской 4 ноября 1634 года. У них были следующие дети: