stringtranslate.com

Ричард М. Дурбин

Ричард Майкл Дурбин FRS [17] (род. 1960) [15] — британский компьютерный биолог [18] [19] [2] и профессор генетики Аль-Кинди в Кембриджском университете . [20] [21] [22] [23] Он также является младшим преподавателем в Wellcome Sanger Institute , где ранее был старшим руководителем группы. [24] [25] [26] [27]

Образование

Дурбин получил образование в школе Холл в Хэмпстеде и средней школе в Лондоне . [15] После участия в Международной математической олимпиаде 1978/9 года [28] он продолжил обучение в Кембриджском университете, который окончил в 1982 году [29] со степенью с отличием второй степени в Кембриджском математическом трипосе . После окончания учебы он продолжил обучение на докторскую степень [3] в колледже Святого Иоанна в Кембридже [15] , изучая развитие и организацию нервной системы Caenorhabditis elegans, одновременно работая в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) в Кембридже под руководством Джон Грэм Уайт . [3]

Карьера и исследования

Ранняя работа Дурбина включала разработку основного программного обеспечения для одного из первых детекторов рентгеновской кристаллографии [30] и конфокального микроскопа MRC Biorad , а также вклад в нейронное моделирование. [31] [32]

Затем он руководил информатикой проекта генома Caenorhabditis elegans [33] и вместе с Жаном Тьерри-Мигом разработал базу данных геномов AceDB , которая превратилась в веб-ресурс WormBase . После этого он сыграл важную роль в сборе данных и интерпретации последовательности генома человека. [34]

Он разработал множество методов вычислительного анализа последовательностей . [35] [36] К ним относятся поиск генов (например, GeneWise) с Юэном Бирни [37] и модели Hidden Markov для выравнивания и сопоставления белков и нуклеиновых кислот (например, HMMER ) с Шоном Эдди и Грэмом Митчисоном. Некоторые из этих работ описаны в стандартном учебнике « Анализ биологических последовательностей», написанном в соавторстве с Шоном Эдди , Андерсом Крогом и Грэмом Митчисоном [16] . Используя эти методы, Дурбин работал с коллегами над созданием ряда важных ресурсов геномных данных, включая базу данных семейств белков Pfam , [38] базу данных геномов Ensembl , [39] и базу данных семейств генов TreeFam . [9]

Совсем недавно Дурбин вернулся к секвенированию и разработал подходы к секвенированию популяционного генома с низким охватом, применённые сначала к дрожжам [40] [41] , и стал одним из лидеров в применении новой технологии секвенирования для изучения вариаций генома человека. [42] [43] В настоящее время Дурбин является одним из руководителей международного проекта «1000 геномов» , призванного охарактеризовать вариации до 1% частоты аллелей как основу генетики человека.

Награды и почести

Дурбин был одним из лауреатов Премии Малларда Королевского общества в 1994 году (за работу над конфокальным микроскопом ), выиграл премию лорда Ллойда Килгерранского Фонда науки и технологий в 2004 году и был избран членом Королевского общества. (FRS) в 2004 г. [17] и член Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) в 2009 г. Королевское общество наградило Дурбина медалью Габора в 2017 г. за его вклад в вычислительную биологию. [44] В 2023 году он получил Международную премию по биологии за работу по биологии геномов.

Свидетельство об избрании Дурбина в Королевское общество гласит:

Дурбин известен своим мощным вкладом в вычислительную биологию. В частности, он сыграл ведущую роль в создании новой области биоинформатики. Это позволяет обрабатывать биологические данные в беспрецедентных масштабах, обеспечивая процветание геномики. Он руководил анализом генома C. elegans и вместе с Тьерри-Мигом разработал программное обеспечение для баз данных AceDB . В международном геномном проекте он руководил анализом генов, кодирующих белки. Он представил ключевые вычислительные инструменты для программного обеспечения и обработки данных. Его база данных Pfam позволила идентифицировать домены в новых последовательностях белков ; он использовал скрытые модели Маркова, подход к которым он в целом привнес строгость и которые привели к моделям ковариации для последовательности РНК . [45]

Личная жизнь

Дурбин является сыном Джеймса Дурбина и женат на Джули Арингер , ученой из Института Гердона . У них двое детей. [15]

Рекомендации

  1. ^ «EMBO приветствует в качестве своих членов 66 ведущих ученых-биологов» . biochemist.org .
  2. ^ ab Публикации Ричарда М. Дурбина, проиндексированные Google Scholar
  3. ^ abc Дурбин, Ричард (1987). Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans. cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  499178924. EThOS  uk.bl.ethos.233920.
  4. ^ Бирни, Юэн (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике. cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  894597337. EThOS  uk.bl.ethos.621653.
  5. ^ Эдди, СР; Митчисон, Дж; Дурбин, Р. (1995). «Максимальная дискриминация скрытых марковских моделей консенсуса последовательностей». Журнал вычислительной биологии . 2 (1): 9–23. дои : 10.1089/cmb.1995.2.9. ПМИД  7497123.
  6. ^ Эдди, СР; Дурбин, Р. (1994). «Анализ последовательности РНК с использованием ковариационных моделей». Исследования нуклеиновых кислот . 22 (11): 2079–88. дои : 10.1093/нар/22.11.2079. ПМК 308124 . ПМИД  8029015. 
  7. ^ Ли, Х .; Дурбин, Р. (2009). «Быстрое и точное выравнивание короткого чтения с помощью преобразования Берроуза – Уиллера». Биоинформатика . 25 (14): 1754–1760. doi : 10.1093/биоинформатика/btp324. ПМК 2705234 . ПМИД  19451168. 
  8. ^ Ли, Х .; Руан, Дж.; Дурбин, Р. (2008). «Картирование коротких прочтений секвенирования ДНК и вызов вариантов с использованием показателей качества картирования». Геномные исследования . 18 (11): 1851–1858. дои : 10.1101/гр.078212.108. ПМК 2577856 . ПМИД  18714091. 
  9. ^ Аб Ли, Х .; Коглан, А.; Руан, Дж.; Коин, ЖЖ; Эрише, Дж. К.; Осмотерли, Л.; Ли, Р.; Лю, Т.; Чжан, З.; Болунд, Л.; Вонг, ГК; Чжэн, В.; Дехал, П.; Ван, Дж.; Дурбин, Р. (2006). «TreeFam: тщательно подобранная база данных филогенетических деревьев семейств генов животных». Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): Д572–Д580. дои : 10.1093/nar/gkj118. ПМЦ 1347480 . ПМИД  16381935. 
  10. ^ «Хенг Ли отдает должное родословной Дурбина в получении премии Франклина» . bio-itworld.com. Архивировано из оригинала 27 февраля 2013 года.
  11. ^ Бейтман, А .; Монета, Л.; Дурбин, Р.; Финн, доктор медицинских наук; Холлич, В.; Гриффитс-Джонс, С.; Ханна, А.; Маршалл, М.; Моксон, С.; Зоннхаммер, Эль; Стадхолм, диджей; Йейтс, К.; Эдди, СР (2004). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): 138D–1141. дои : 10.1093/nar/gkh121. ISSN  0305-1048. ПМК 308855 . ПМИД  14681378.  Значок открытого доступа
  12. ^ Бейтман, А .; Бирни, Э .; Черрути, Л.; Дурбин, Р.; Этвиллер, Л.; Эдди, С .; Гриффитс-Джонс, С.; Хау, К.; Маршалл, М.; Зоннхаммер, Эль (2002). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 276–280. дои : 10.1093/нар/30.1.276. ПМК 99071 . ПМИД  11752314. 
  13. ^ Бейтман, А; Бирни, Э; Дурбин, Р.; Эдди, СР; Хоу, КЛ; Зоннхаммер, Эль (2000). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 263–6. дои : 10.1093/нар/28.1.263. ПМЦ 102420 . ПМИД  10592242. 
  14. ^ Бейтман, А.; Бирни, Э .; Дурбин, Р.; Эдди, С .; Финн, Р.; Зоннхаммер, Э. (1999). «Pfam 3.1: 1313 множественных выравниваний и профиль HMM соответствуют большинству белков». Исследования нуклеиновых кислот . 27 (1): 260–262. дои : 10.1093/нар/27.1.260. ПМК 148151 . ПМИД  9847196. 
  15. ^ abcdef Анон (2016). «Дурбин, Ричард Майкл» . Кто есть кто (интернет-издание под ред. Oxford University Press  ). А&С Черный. дои : 10.1093/ww/9780199540884.013.U45024. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании.)
  16. ^ аб Дурбин, Ричард М.; Эдди, Шон Р .; Крог, Андерс ; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологических последовательностей: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  17. ^ ab "Сотрудник FRS профессора Ричарда Дурбина" . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 19 ноября 2015 года.
  18. ^ анон. «Дурбин, Ричард». sanger.ac.uk . Проверено 2 января 2019 г.
  19. ^ Ричард Дурбин на X
  20. ^ Ричард М. Дурбин на библиографическом сервере DBLP
  21. ^ «Почетные профессора». Репортер Кембриджского университета . CLVV (5). Кембриджский университет. 12 декабря 2014 г. Архивировано из оригинала 15 марта 2015 г.
  22. ^ Анон. «Группа Дурбин — Отделение генетики». gen.cam.ac.uk. ​Проверено 2 января 2019 г.
  23. ^ Анон (27 сентября 2017 г.). «Профессор Ричард Дурбин - кафедра генетики». gen.cam.ac.uk. ​Проверено 2 января 2019 г.
  24. ^ "Доктор Ричард Дурбин - Институт Wellcome Trust Sanger" . Архивировано из оригинала 28 февраля 2012 года.
  25. ^ Дурбин, публикации Ричарда М., индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  26. ^ Архивная коллекция Ричарда Дурбина. Запись о Ричарде Дурбине в архиве библиотеки Wellcome.
  27. ^ Публикации Ричарда М. Дурбина из Europe PubMed Central
  28. ^ Результаты Ричарда М. Дурбина на Международной математической олимпиаде
  29. ^ "The BioInformer № 1, 1997 - Интервью с доктором Ричардом Дурбином" . Архивировано из оригинала 2 октября 2011 года . Проверено 30 июля 2011 г.
  30. ^ Дурбин, РМ; Бернс, Р.; Мулаи, Дж.; Меткалф, П.; Фрейманн, Д.; Блюм, М.; Андерсон, Дж. Э.; Харрисон, Южная Каролина; Уайли, округ Колумбия (1986). «Кристаллография белков, ДНК и вирусов с помощью пропорционального счетчика с фокусированной визуализацией». Наука . 232 (4754): 1127–1132. Бибкод : 1986Sci...232.1127D. дои : 10.1126/science.3704639. ПМИД  3704639.
  31. ^ Дурбин, Р.; Уиллшоу, Д. (1987). «Аналоговый подход к задаче коммивояжера с использованием метода эластичной сети». Природа . 326 (6114): 689–691. Бибкод : 1987Natur.326..689D. дои : 10.1038/326689a0. PMID  3561510. S2CID  4321691.
  32. ^ Дурбин, Р.; Митчисон, Г. (1990). «Система уменьшения размеров для понимания кортикальных карт». Природа . 343 (6259): 644–647. Бибкод : 1990Natur.343..644D. дои : 10.1038/343644a0. PMID  2304536. S2CID  4352870.
  33. ^ с. Элеганс Секвенирование, К. (1998). «Последовательность генома нематоды C. Elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Бибкод : 1998Science...282.2012.. doi :10.1126/science.282.5396.2012. ПМИД  9851916.
  34. ^ Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фитцхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и другие. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L. дои : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. ПМИД  11237011.
  35. ^ Симпсон, Джей Ти; Дурбин, Р. (2011). «Эффективная сборка больших геномов de novo с использованием сжатых структур данных». Геномные исследования . 22 (3): 549–556. дои : 10.1101/гр.126953.111. ПМК 3290790 . ПМИД  22156294. 
  36. ^ Эйлбек, К.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Янделл, М.; Штейн, Л .; Дурбин, Р.; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательности: инструмент для унификации аннотаций генома». Геномная биология . 6 (5): Р44. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . ПМЦ 1175956 . ПМИД  15892872. 
  37. ^ Бирни, Э .; Дурбин, Р. (2000). «Использование GeneWise в эксперименте по аннотациям дрозофилы». Геномные исследования . 10 (4): 547–548. дои : 10.1101/гр.10.4.547. ПМК 310858 . ПМИД  10779496. 
  38. ^ Зоннхаммер, ELL; Эдди, СР ; Дурбин, Р. (1997). «Pfam: комплексная база данных семейств белковых доменов, основанная на выравнивании семян». Белки: структура, функции и генетика . 28 (3): 405–420. doi :10.1002/(SICI)1097-0134(199707)28:3<405::AID-PROT10>3.0.CO;2-L. PMID  9223186. S2CID  9569028.
  39. ^ Хаббард, Т .; Баркер, Д.; Бирни, Э .; Кэмерон, Г.; Чен, Ю.; Кларк, Л.; Кокс, Т.; Кафф, Дж.; Карвен, В.; Даун, Т.; Дурбин, Р.; Эйрас, Э.; Гилберт, Дж.; Хаммонд, М.; Гуминецкий, Л.; Каспшик, А.; Леваслайхо, Х.; Лейнзаад, П.; Мелсопп, К.; Монгин, Э.; Пететт, Р.; Покок, М.; Поттер, С.; Руст, А.; Шмидт, Э.; Сирл, С.; Слейтер, Г.; Смит, Дж.; Спунер, В.; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl». Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 38–41. дои : 10.1093/нар/30.1.38. ПМК 99161 . ПМИД  11752248. 
  40. ^ Лити, Г.; Картер, DM; Моисей, AM; Уорринджер, Дж.; Партс, Л.; Джеймс, ЮАР; Дэйви, РП; Робертс, Индиана; Берт, А.; Куфопану, В.; Цай, Эй Джей; Бергман, CM; Бенсассон, Д.; О'Келли, MJT; Ван Ауденарден, А.; Бартон, DBH; Бейлс, Э.; Нгуен, АН; Джонс, М.; Перепел, Массачусетс; Гудхед, И.; Симс, С.; Смит, Ф.; Бломберг, А.; Дурбин, Р.; Луи, Э.Дж. (2009). «Популяционная геномика домашних и диких дрожжей». Природа . 458 (7236): 337–341. Бибкод : 2009Natur.458..337L. дои : 10.1038/nature07743. ПМЦ 2659681 . ПМИД  19212322. 
  41. ^ Уорринджер, Дж.; Зёрго, Э.; Кубильос, ФА; Зия, А.; Гьювсланд, А.; Симпсон, Джей Ти; Форсмарк, А.; Дурбин, Р.; Омхольт, Юго-Запад; Луи, Э.Дж.; Лити, Г.; Моисей, А.; Бломберг, А. (2011). Кругляк, Леонид (ред.). «Изменение признаков дрожжей определяется историей популяции». ПЛОС Генетика . 7 (6): e1002111. дои : 10.1371/journal.pgen.1002111 . ПМК 3116910 . ПМИД  21698134. 
  42. ^ Бентли, ДР; Баласубраманян, С.; Свердлов, Х.П.; Смит, врач общей практики; Милтон, Дж.; Браун, CG; Холл, КП; Эверс, диджей; Барнс, CL; Бигнелл, HR; Бутелл, Дж. М.; Брайант, Дж.; Картер, Р.Дж.; Кира Читам, Р.; Кокс, Эй Джей; Эллис, диджей; Флэтбуш, MR; Гормли, Северная Каролина; Хамфри, SJ; Ирвинг, LJ; Карбелашвили, М.С.; Кирк, С.М.; Ли, Х.; Лю, X.; Майзингер, К.С.; Мюррей, LJ; Обрадович, Б.; Ост, Т.; Паркинсон, МЛ; и другие. (2008). «Точное секвенирование всего генома человека с использованием обратимой химии терминаторов». Природа . 456 (7218): 53–59. Бибкод : 2008Natur.456...53B. дои : 10.1038/nature07517. ПМК 2581791 . ПМИД  18987734. 
  43. ^ Ли, Х .; Дурбин, Р. (2011). «Вывод об истории человеческой популяции на основе отдельных последовательностей целого генома». Природа . 475 (7357): 493–496. дои : 10.1038/nature10231. ПМК 3154645 . ПМИД  21753753. 
  44. ^ "Медаль Габора - Медалист Габора 2017" . Королевское общество. 2017 . Проверено 10 октября 2017 г.
  45. ^ «Каталог библиотек и архивов». Лондон: Королевское общество . Проверено 14 ноября 2013 г.