stringtranslate.com

Дэвид У. Димер

Дэвид Уилсон Димер (родился 21 апреля 1939 года) — американский биолог и профессор-исследователь биомолекулярной инженерии в Калифорнийском университете в Санта-Крузе . Димер внес значительный вклад в область мембранной биофизики. Его работа привела к созданию нового метода секвенирования ДНК и более полному пониманию роли мембран в происхождении жизни .

В 1985 году он получил стипендию Гуггенхайма, которая поддерживала исследования в Австралийском национальном университете в Канберре по изучению органических соединений в метеорите Мерчисон . Он был президентом Международного общества по изучению происхождения жизни с 2013 по 2014 год. [ необходима цитата ]

Ранний период жизни

Отец Димера, также Дэвид, работал в Douglas Aircraft в Санта-Монике, Калифорния , во время и после Второй мировой войны , в то время как его мать Зена заботилась о Димере и его двух братьях, Ричарде и Джоне. В 1952 году семья переехала в Огайо , где трое братьев учились в средней школе Вестервилля. В 1957 году Димер представил свое исследование самоорганизующихся простейших на конкурс Westinghouse Science Talent Search и был среди 40 победителей, приглашенных в Вашингтон, округ Колумбия, в том году. Ему была предоставлена ​​полная стипендия в Университете Дьюка, где он получил степень бакалавра по химии в 1961 году. [1]

Исследовать

Будучи молодым профессором Калифорнийского университета в Дэвисе, Димер продолжал работать с электронной микроскопией , впервые обнаружив частицы, связанные с функциональными ферментами АТФазы в мембранах саркоплазматического ретикулума. [2] Проведя творческий отпуск в Англии в Университете Бристоля в 1971 году и с Алеком Бэнгхэмом в 1975 году, Димер заинтересовался липосомами . Беседы с Бэнгхэмом вдохновили его на исследование роли мембран в происхождении жизни, и в 1985 году Димер продемонстрировал, что углеродистый метеорит Мерчисон содержал липидоподобные соединения, которые могли собираться в мембранные везикулы. [3] Димер описал значение процессов самосборки в своей книге 2011 года « Первая жизнь» . [4] В совместной работе с Марком Акесоном, в то время аспирантом, два установленных метода для мониторинга протонной проницаемости через ионные каналы, такие как грамицидин. [5] В 1989 году, возвращаясь с научной конференции в Орегоне, Димер задумал, что можно секвенировать отдельные молекулы ДНК, используя приложенное напряжение, чтобы протянуть их по отдельности через наноскопический канал. Последовательность ДНК можно было бы отличить по специфическому модулирующему эффекту четырех оснований на ионный ток через канал. В 1993 году он и Дэн Брэнтон инициировали исследовательское сотрудничество с Джоном Касиановичем в NIST, чтобы изучить эту возможность с каналом гемолизина , и в 1996 году опубликовали первую статью, демонстрирующую, что секвенирование нанопор может быть осуществимо. [6] Джордж Чёрч из Гарварда независимо предложил похожую идею, и Чёрч, Брэнтон и Димер решили инициировать патентную заявку, которая была выдана в 1998 году. [7] Марк Акесон присоединился к исследовательской работе в 1997 году и в 1999 году опубликовал статью, показывающую, что канал гемолизина, теперь называемый нанопорой , может различать пуриновые и пиримидиновые основания в отдельных молекулах РНК. [8] В 2007 году Oxford Nanopore Technologies (ONT) лицензировала патенты, описывающие технологию [9], и в 2014 году выпустила устройство для секвенирования нанопор MinION для избранных исследователей. Первые публикации появились в 2015 году, в одной из которых MinION использовался для секвенирования ДНК E. coli с точностью 99,4% относительно установленного генома в 5,4 миллиона пар оснований. [10] Несмотря на ранний скептицизм, секвенирование нанопор теперь принято как жизнеспособный метод секвенирования третьего поколения . [11] [12] [13] [14]

Другие публикации

Димер также является соавтором научного писателя Уоллеса Кауфмана научно-фантастического романа «Охота на FOXP5: геномный таинственный роман» (Springer, 2016). Через персонажей американских университетов и казахстанской науки и политики авторы исследуют этическую сложность редактирования человеческих генов.

Ссылки

  1. ^ Димер, Д. В.; Брантон, Д. (1967). «Плоскости разрушения в двухслойной модели мембранной системы льда». Science . 158 (3801): 655–657. Bibcode :1967Sci...158..655D. doi :10.1126/science.158.3801.655. PMID  4860951. S2CID  25432205.
  2. ^ Deamer, DW; Baskin, RJ (1969). «Ультраструктура препаратов саркоплазматического ретикулума». Journal of Cell Biology . 42 (1): 296–307. CiteSeerX 10.1.1.281.3389 . doi :10.1083/jcb.42.1.296. PMC 2107567 . PMID  4182374.  
  3. ^ Deamer, DW (1985). «Пограничные структуры образованы органическими соединениями углеродистого хондрита Мерчисона». Nature . 317 (6040): 792–794. Bibcode :1985Natur.317..792D. doi :10.1038/317792a0. S2CID  4249097.
  4. ^ Димер, Дэвид (2011). Первая жизнь: открытие связей между звездами, клетками и как зародилась жизнь . Беркли, Калифорния, США: Издательство Калифорнийского университета. ISBN 9780520274457. OCLC  727950391.
  5. ^ Патент США 5795782, Чёрч, Джордж; Димер, Дэвид У.; Брантон, Дэниел; Балдарелли, Ричард; Касианович, Джон, «Характеристика отдельных полимерных молекул на основе взаимодействий мономеров и интерфейсов», выдан 18 августа 1998 г., передан президенту и научным сотрудникам Гарвардского колледжа 
  6. ^ Akeson, M.; Deamer, DW (1991). «Протонная проводимость в водной проволоке грамицидина: модель протонной проводимости в АТФазе FoF1?». Biophysical Journal . 60 (1): 101–109. doi :10.1016/s0006-3495(91)82034-3. PMC 1260042. PMID  1715764 . 
  7. ^ Касианович, Дж.; Брандин, Э.; Брантон, Д.; Димер, Д.У. (1996). «Характеристика отдельных полинуклеотидных молекул с использованием мембранного канала» (PDF) . Труды Национальной академии наук США . 93 (24): 13770–13773. Bibcode :1996PNAS...9313770K. doi : 10.1073/pnas.93.24.13770 . PMC 19421 . PMID  8943010. 
  8. ^ Akeson, M.; Branton, D.; Kasianowicz, JJ; Brandin, E.; Deamer, DW (1999). «Дискриминация в микросекундном масштабе времени между полицитидиловой кислотой, полиадениловой кислотой и полиуридиловой кислотой как гомополимерами или как сегментами в пределах отдельных молекул РНК». Biophysical Journal . 77 (6): 3227–3233. Bibcode :1999BpJ....77.3227A. doi :10.1016/s0006-3495(99)77153-5. PMC 1300593 . PMID  10585944. 
  9. ^ "Oxford Nanopore Technology" . Получено 17 декабря 2015 г.
  10. ^ Ломан, Нью-Джерси; Квик, Дж.; Симпсон, Дж.Т. (2015). «Полный бактериальный геном, собранный de novo с использованием только данных нанопорового секвенирования». Nature Methods . 12 (8): 733–735. doi :10.1038/nmeth.3444. PMID  26076426. S2CID  15053702.
  11. ^ Регаладо, Антонио; Квик, Дж.; Симпсон, Дж. Т. (2014-09-17). «Радикально новый секвенатор ДНК наконец-то попал в руки исследователей». MIT Technology Review . Получено 26.03.2019 .
  12. ^ Хейден, Антонио; Квик, Дж.; Симпсон, Дж. Т. (2015). «Секвенатор ДНК размером с пинту впечатляет первых пользователей». Nature . 521 (7550): 15–16. Bibcode :2015Natur.521...15C. doi : 10.1038/521015a . PMID  25951262.
  13. ^ Зон, Джерри; Квик, Дж.; Симпсон, Дж. Т. (2015-09-15). «Секвенирование нанопор: 20 лет спустя». Зона в С Зон: Что в тренде в исследовании нуклеиновых кислот . Получено 26.03.2019 .
  14. ^ Крол, Аарон; Квик, Дж.; Симпсон, Дж. Т. (2014-12-22). «Секвенирование нанопор здесь, чтобы остаться». Bio-IT World . Получено 26.03.2019 .

[1]

  1. ^ Охота за FOXP5: геномный таинственный роман, Уоллес Кауфман и Дэвид Димер, Springer, 2016, ISBN 978-3-319-28960-1