Европейская сеть молекулярной биологии ( EMBnet ) — это международная научная сеть и группа по интересам, которая стремится улучшить услуги в области биоинформатики путем объединения биоинформатических экспертиз и возможностей. [1] В 2011 году EMBnet имела 37 узлов, расположенных в 32 странах. Узлы включают университетские кафедры, связанные с биоинформатикой , научно-исследовательские институты и национальных поставщиков услуг.
Основная задача большинства узлов EMBnet — предоставить своему национальному научному сообществу доступ к банкам данных по биоинформатике , специализированному программному обеспечению и достаточным вычислительным ресурсам и экспертизе. EMBnet также работает в области обучения биоинформатике и разработки программного обеспечения . Примерами программного обеспечения, созданного членами EMBnet, являются: EMBOSS , wEMBOSS, [2] UTOPIA .
EMBnet представляет широкую группу пользователей и тесно сотрудничает с производителями баз данных, такими как Европейский институт биоинформатики EMBL (EBI), Швейцарский институт биоинформатики ( Swiss-Prot ), Мюнхенский информационный центр по белковым последовательностям (MIPS), с целью предоставления единообразного покрытия услуг по всей Европе . EMBnet зарегистрирован в Нидерландах как общественный фонд ( Stichting ).
С момента своего создания в 1988 году EMBnet превратилась из неформальной сети лиц, ответственных за ведение биологических баз данных , в единственную всемирную организацию, объединяющую профессионалов в области биоинформатики для совместной работы в целях обслуживания расширяющихся областей генетики и молекулярной биологии . Несмотря на то, что EMBnet в основном состоит из академических узлов, она приобретает важное дополнительное измерение от своих промышленных членов. Успех EMBnet привлекает все большее число организаций за пределами Европы .
EMBnet имеет проверенную инфраструктуру для организации учебных курсов, предоставления технической помощи и содействия своим членам в эффективном взаимодействии и реагировании на быстро меняющиеся потребности биологических исследований таким образом, как это не под силу ни одному отдельно взятому институту.
В 2005 году организация создала дополнительные типы узлов, чтобы разрешить более одного члена на страну. Новое наименование категории — «ассоциированный узел».
EMBnet управляется ежегодными общими собраниями (ЕОС) и координируется исполнительным советом (ИС), который курирует деятельность трех проектных комитетов:
EMBnet имел первый сервер Gopher и World Wide Web в биологии (CSC BioBox)
EMBnet был первым, кто предложил решения для ежедневного обновления баз данных с использованием Интернета (NDT), распределенных вычислений (HASSLE) и эффективного просмотра и связывания баз данных (Sequence Retrieval System, SRS).
Проект Ping был создан как средство получения непрерывной информации об эффективности сетей по всей Европе .
EMBnet стремится предоставлять пользователям новейшие программные алгоритмы бесплатно (Extended GCG или EGCG [3] ) и продолжает разрабатывать современное общедоступное программное обеспечение ( EMBOSS ).
EMBER [ постоянная мертвая ссылка ] : европейский мультимедийный образовательный ресурс по биоинформатике. EMBER был финансируемым Европейским Союзом (ЕС) проектом, направленным на разработку набора мультимедийных образовательных инструментов по биоинформатике [4] . EMBER включает в себя автономный интерактивный веб-учебник по биоинформатике и эквивалентный автономный курс на CD-ROM .
Сообщество EMBnet участвовало в создании рецензируемого журнала Briefings in Bioinformatics (BiB). BiB также получил образовательный грант от EMBnet.
Глобальная организация по обучению, образованию и подготовке в области биоинформатики (GOBLET) была создана как некоммерческий фонд на ежегодной встрече EMBnet в 2012 году. [5] [6]
Начиная с 1994 года и до 2009 года EMBnet публиковал EMBnet.news . [7] Его основной целью было доносить информацию и сообщать о последних новостях и событиях в сети до сообщества пользователей.
Основанный в 2010 году как преемник EMBnet.news (с непрерывной нумерацией томов), EMBnet.journal является рецензируемым научным журналом открытого доступа , публикующим оригинальные исследовательские и технические статьи по биоинформатике . [8] [9] Журнал содержит два основных раздела: один для научных статей, обзоров и технических заметок, а другой для нерецензируемых комментариев, репортажей, руководств пользователя, обучающей информации и новостей. EMBnet.journal также публикует труды конференций и тезисы заседаний в качестве приложений.