stringtranslate.com

Протеопедия

Proteopedia — это вики , 3D-энциклопедия белков и других молекул . [1] [2] [3] [4]

Веб-сайт

Сайт содержит страницу для всех записей в Protein Data Bank (PDB), а также страницы, которые более подробно описывают структуры белков в целом, такие как ацетилхолинэстераза , [5] гемоглобин , [6] и фотосистема II [7] с видом Jmol , который выделяет функциональные сайты и лиганды . Он использует инструмент для создания сцен, так что пользователям не нужно изучать язык сценариев JSmol для создания индивидуальных молекулярных сцен. Пользовательские сцены легко прикрепляются к «зеленым ссылкам» в описательном тексте, который отображает эти сцены в JSmol. Для доступа к сайту и 3D-информации необходим только веб-браузер; устанавливать просмотрщики не требуется.

Proteopedia стала победителем премии журнала The Scientist за лучший веб-сайт 2010 года . [8]

Условия лицензирования

Весь контент, добавленный пользователями, бесплатен и подпадает под действие GNU Free Documentation License . Proteopedia размещена в Израильском центре структурной протеомики [9] в Институте науки Вейцмана .

Ссылки

  1. ^ Hodis E, Prilusky J, Martz E, Silman I, Moult J, Sussman JL (2008). «Proteopedia — научная «вики», связывающая воедино трехмерную структуру и функцию биомакромолекул». Genome Biol . 9 (8): R121. doi : 10.1186/gb-2008-9-8-r121 . PMC  2575511. PMID  18673581 .
  2. ^ Martz E (2009). «Proteopedia.Org: научная «Вики», связывающая воедино трехмерную структуру и функцию биомакромолекул». Биополимеры . 92 (1): 76–7. doi : 10.1002/bip.21126 . PMID  19117028.
  3. ^ Hodis E, Prilusky J, Sussman JL (2010). «Proteopedia: совместный виртуальный 3D веб-ресурс для структуры и функции белков и биомолекул». Биохимия и образование в области молекулярной биологии . 38 (5): 341–2. doi :10.1002/bmb.20431. PMID  21567857.
  4. ^ Prilusky, J; Hodis, E.; Canner, D.; Decatur, WA; Oberholser, K.; Martz, E.; Berchanski, A.; Harel, M.; Sussman, JL (август 2011 г.). «Proteopedia: отчет о состоянии совместной трехмерной веб-энциклопедии белков и других биомолекул». Журнал структурной биологии . 175 (2): 244–252. doi :10.1016/j.jsb.2011.04.011. PMID  21536137.
  5. ^ «Ацетилхолинэстераза». Протеопедия.
  6. ^ «Гемоглобин». Протеопедия.
  7. ^ "Фотосистема II". Протеопедия.
  8. ^ Luiggi C (сентябрь 2010 г.). "Web Gems Представляем победителей первого ежегодного конкурса Labbies, наши призы за лучшие веб-мультимедиа от лабораторий: Победитель веб-сайта: Proteopedia". The Scientist . 24 (9): 47. Архивировано из оригинала 2011-04-12 . Получено 2010-12-15 . Очень увлекательно. Заставило меня долго смотреть и играть (и учиться) с ним. Очень информативный и хороший ресурс.
  9. ^ "Израильский центр структурной протеомики". 12 ноября 2015 г.

Внешние ссылки