Кубок Тойота Либертадорес 2006 года стал 47-м выпуском Кубка Либертадорес , ежегодного футбольного клубного турнира КОНМЕБОЛ .
В турнире приняли участие 38 команд из 11 футбольных ассоциаций, начиная с первого квалификационного раунда, сыгранного 24 января 2006 года.
«Интернасьонал» в этом сезоне одержал свою первую победу, обыграв «Сан-Паулу» со счетом 4–3 по сумме двух матчей.
Команды из столбца «Команда № 1» в первом матче играли дома.
6 победителей отборочного раунда и 26 предварительно отобранных клубов распределяются по 8 группам по 4 команды в каждой. Лучшие 2 команды в каждой группе выйдут в плей-офф Кубка Либертадорес.
При необходимости решающие факторы применяются в следующем порядке:
Команды были посеяны по порядку 1-8 (команды, занявшие первые места в каждой группе) и по порядку 9-16 (команды, занявшие вторые места в каждой группе), а матчи проходили по формуле 1-16, 2-15 и т. д.