stringtranslate.com

ЛАММПС

Крупномасштабный атомно-молекулярный массово-параллельный симулятор ( LAMMPS ) — это программа молекулярной динамики от Sandia National Laboratories . [1] LAMMPS использует интерфейс передачи сообщений (MPI) для параллельной связи и является бесплатным программным обеспечением с открытым исходным кодом , распространяемым на условиях GNU General Public License . [1]

Первоначально LAMMPS был разработан в рамках Соглашения о совместных исследованиях и разработках между двумя лабораториями Министерства энергетики США и тремя другими лабораториями фирм частного сектора. [1] По состоянию на 2016 год он поддерживается и распространяется исследователями из Национальных лабораторий Сандии и Университета Темпл . [1]

Функции

Для повышения эффективности вычислений LAMMPS использует списки соседей ( списки Верле ) для отслеживания близлежащих частиц. Списки оптимизированы для систем с частицами, отталкивающимися на коротких расстояниях, поэтому локальная плотность частиц никогда не становится слишком большой. [2]

На параллельных компьютерах LAMMPS использует методы пространственной декомпозиции для разделения области моделирования на небольшие трехмерные поддомены, один из которых назначается каждому процессору. Процессоры передают и хранят информацию о призрачных атомах для атомов, граничащих с их подобластью. LAMMPS наиболее эффективен (в смысле параллельных вычислений) для систем, частицы которых заполняют трехмерный прямоугольный ящик с примерно одинаковой плотностью. LAMMPS поддерживает множество ускорителей, включая GPU ( CUDA , OpenCL, HIP, SYCL), Intel Xeon Phi и OpenMP, благодаря интеграции с Trilinos .

LAMMPS также позволяет ускорить объединенную спиновую и молекулярную динамику. [3]

LAMMPS также связан со многими инструментами и механизмами анализа. [4] [5] [6] LAMMPS также можно использовать в сочетании с калькуляторами свободной энергии, такими как PLUMED и Colvar. [7] [8]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ abcd «Симулятор молекулярной динамики LAMMPS». Сандианские национальные лаборатории . Проверено 13 июля 2022 г.
  2. ^ Плимптон, С. (1 мая 1993 г.). «Быстрые параллельные алгоритмы ближней молекулярной динамики». дои : 10.2172/10176421. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  3. ^ Транчида, Жюльен Ги; Вуд, Митчелл; Мур, Стэн Джеральд (01 сентября 2018 г.). «Связанная магнитно-спиновая динамика и молекулярная динамика в массивно-параллельной системе: итоговый отчет LDRD». дои : 10.2172/1493836. ОСТИ  1493836. S2CID  127973739. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  4. ^ Стуковский, Александр (15 декабря 2009 г.). «Визуализация и анализ данных атомистического моделирования с помощью OVITO – открытого инструмента визуализации». Моделирование и симуляция в материаловедении и инженерии . 18 (1): 015012. doi : 10.1088/0965-0393/18/1/015012. ISSN  0965-0393. S2CID  42073422.
  5. ^ Госвами, Рохит; Госвами, Амрита; Сингх, Джаянт К. (2019). «dSEAMS: анализ отложенного структурного выяснения для молекулярного моделирования». Журнал химической информации и моделирования . arXiv : 1909.09830 . doi : 10.1021/acs.jcim.0c00031.s001.
  6. ^ МакГиббон, Роберт Т; Бошан, Кайл А; Швантес, Кристиан Р.; Ван, Ли-Пин; Эрнандес, Карлос X; Харриган, Мэтью П.; Лейн, Томас Дж; Суэйлс, Джейсон М; Панде, Виджай С (9 сентября 2014 г.). «MDTraj: современная открытая библиотека для анализа траекторий молекулярной динамики». Биофизический журнал . 109 (8): 1528–32. bioRxiv 10.1101/008896 . дои : 10.1016/j.bpj.2015.08.015. ПМЦ 4623899 . ПМИД  26488642.  
  7. ^ Трибелло, Гарет А.; Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Камиллони, Карло; Бюсси, Джованни (01 февраля 2014 г.). «ПЕРЬЯ 2: Новые перья для старой птицы». Компьютерная физика. Коммуникации . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . дои : 10.1016/j.cpc.2013.09.018. ISSN  0010-4655. S2CID  17904052.
  8. ^ Фиорин, Джакомо; Кляйн, Майкл Л.; Энен, Жером (декабрь 2013 г.). «Использование коллективных переменных для моделирования молекулярной динамики». Молекулярная физика . 111 (22–23): 3345–3362. дои : 10.1080/00268976.2013.813594 . ISSN  0026-8976.

Внешние ссылки

  • в
  • т
  • е