MEGARes — это вручную подобранная база данных устойчивости к антибиотикам , которая включает ранее опубликованные последовательности устойчивости к антимикробным препаратам, а также расширяется за счет опубликованных последовательностей для детерминант устойчивости к металлам и биоцидам. В MEGARes 3.0 узлы ациклической иерархической онтологии включают четыре типа антимикробных соединений, 59 классов, 223 механизма устойчивости и 1448 групп генов, которые классифицируют 8733 набора генов. [1] [2] [3] Это работает совместно с биоинформационным конвейером AMR++ (версия 3.0) для классификации последовательностей резистома непосредственно из FASTA. [ требуется ссылка ]
База данных фокусируется на анализе крупномасштабных наборов данных экологических последовательностей со структурой аннотаций, которая позволяет разрабатывать высокопроизводительные ациклические классификаторы и иерархический статистический анализ больших данных. Аннотации MEGARes состоят из трех иерархических уровней при рассмотрении генов AMR: класс препарата, механизм и группа. Всеобъемлющее содержимое MEGARes было составлено из всех опубликованных последовательностей, включая различные другие базы данных: Resfinder, ARG-ANNOT, Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) и архив бета-лактамаз Национального центра биотехнологической информации (NCBI) Lahey Clinic. [ необходима цитата ]
MEGARes позволяет пользователям анализировать устойчивость к противомикробным препаратам на уровне популяции, аналогично анализу микробиома, из последовательности FASTA. Кроме того, пользователи могут получить доступ к AMR++, биоинформатическому конвейеру для анализа резистома метагеномных наборов данных, который может быть интегрирован с базой данных MEGARes. [ необходима цитата ]