Майкл Кристофер Вендл

Майкл Кристофер Вендл — математик и биомедицинский инженер, который работал над теорией секвенирования ДНК , ^[3] охватывая и сопоставляя проблемы в области вероятности, теоретической механики жидкости, и был соавтором Phred . ^[4] Он был ученым в проекте «Геном человека» и занимался биоинформатикой и биостатистикой в ​​области рака. Вендл имеет этнические немецкие корни и является сыном аэрокосмического инженера Михаэля Дж. Вендла . ^[5]

Научно-исследовательская работа

Теоретическая механика жидкости

Проблема потока с низким числом Рейнольдса в зазоре между двумя бесконечными цилиндрами, так называемый поток Куэтта , была решена в 1845 году Стоксом . ^[6] Вендл сообщил об обобщении этого решения для цилиндров конечной длины, ^{[2] [7],} которое фактически может быть построено для экспериментальной работы в 1999 году в виде ряда модифицированных функций Бесселя и . Он также рассмотрел множество других вращательных устройств с низким числом Рейнольдса и устройств со сдвиговым приводом, включая общую форму задачи нестационарного потока диска, для которой профиль скорости равен: ^[8] ${\displaystyle I_{1}}$ ${\displaystyle K_{1}}$

${\displaystyle u(r,z,t)=\Re \left(e^{i\sigma t}\left[{\frac {r\cdot \sinh(1+i)\beta z}{\sinh(1+i)\beta \phi }}\right]+{\frac {2}{\phi }}\sum _{j=1}^{\infty }{\frac {(-1)^{j}\cdot \alpha _{j}^{2}\cdot \sin(\alpha _{j}z)\cdot I_{1}\left({\sqrt {iR\sigma +\alpha _{j}^{2}}}r\right)}{(iR\sigma +\alpha _{j}^{2})\cdot I_{1}\left({\sqrt {iR\sigma +\alpha _{j}^{2}}}\right)}}\right)}$

где , , , и являются физическими параметрами, являются собственными значениями, а являются координатами. Этот результат объединил ранее опубликованные специальные случаи для стационарного потока, бесконечных дисков и т. д. ^[8] ${\displaystyle \sigma }$ ${\displaystyle R}$ ${\displaystyle \beta }$ ${\displaystyle \phi }$ ${\displaystyle \alpha _{j}}$ ${\displaystyle (r,z,t)}$

Задачи покрытия и сопоставления в теории вероятностей

Вендл исследовал ряд задач сопоставления и покрытия в комбинаторной вероятности, особенно в том, что эти задачи применяются к молекулярной биологии. Он определил распределение количества совпадений пар целочисленных мультимножеств в терминах полиномов Белла ^[9] , проблема, напрямую связанная с физическим картированием ДНК . До этого исследователи использовали ряд специальных квантификаторов, таких как оценка Салстона , которая идеализировала испытания сопоставления как независимые. Его результат для предложения о днях рождения нескольких групп ^[10] решает различные связанные «задачи столкновений», например, некоторые типы поиска P2P . ^[11] Он также исследовал ряд одномерных задач покрытия (см. обзор Сирила Домба ^[12] ), обобщая базовую конфигурацию до форм, имеющих отношение к молекулярной биологии. ^{[13] [14]} Его исследование покрытия редких вариантов ДНК с Ричардом К. Уилсоном ^[15] сыграло роль в разработке проекта «1000 геномов» . ^[16]

Биоинформатика и биостатистика

Вендл был соавтором Phred , широко используемого анализатора следов ДНК, который преобразовывал необработанный выходной поток ранних машин для секвенирования ДНК в строки последовательностей. ^{[17] [18]} Он внес большой вклад в биостатистический анализ исследований рака ^{[19] [20]} и в базу инструментов биоинформатики, ^[21] часто сотрудничая с Ли Дин , Элейн Мардис и Ричардом К. Уилсоном .

Личная жизнь

Вендл по происхождению этнический немец, родом из региона Банат бывшей Австро-Венгерской империи , и он сын аэрокосмического инженера Михаэля Дж. Вендла . ^[5] Он женат на бывшей Памеле Бьеркнесс из Чикаго ^[22]

Внешние ссылки

• Майкл Кристофер Вендл в проекте «Генеалогия математики»
• Публикации Майкла Кристофера Вендля, проиндексированные Google Scholar
• Майкл Вендл в базе данных Engineering Tree

Ссылки

1. «Майкл Вендл — проект генеалогии математики».
2. Bordag LA et al. (2005) Interaction of a Rotation motion and an axial flow in small geometries for a Taylor–Couette problem , J. Fluids and Structures 20 (5), 621–641. Авторы напрямую комментируют решение Вендля, появившееся так долго после классической проблемы, обсуждаемой Стоксом в 1845 году: «Также немного удивительно, что точное аналитическое решение для азимутальной составляющей профиля потока Тейлора–Куэтта с граничными условиями на крышках цилиндров было получено совсем недавно в работе Вендля (1999). Его результаты раскрывают сильное влияние крышек на профили потока».
3. Дорман, Н (2006) Длинная и короткая история , BioTechniques 41 (4), стр. 367.
4. Ewing, B., Hillier, L. , Wendl, MC, и Green, P. (1998) Base-calling of automatic sequencer traces using phred. I. Оценка точности. Genome Research 8 (3), 175–185. PMID  9521921 полная статья
5. П. Хуммель и Н. Фьюри: «Sackelhausen im Banat», том 3, опубликовано Heimatsortsgemeinschaft Sackelhausen, Reutlingen FRG, 2007, страницы 2236-2237.
6. GG Stokes (1845) ``О теориях внутреннего трения движущихся жидкостей и равновесия и движения упругих твердых тел, в Mathematical and Physical Papers, стр. 102-104, Кембридж, Великобритания: Cambridge University Press, 1880.
7. Wendl MC (1999) Общее решение для профиля течения Куэтта , Physical Review E 60 (5), 6192–6194.
8. Wendl MC (2001) Математический анализ коаксиальных дисковых ячеистых устройств сдвиговой нагрузки, Обзор научных приборов 72(11), 4212-4217.
9. Wendl MC (2005) Вероятностная оценка перекрытий клонов при картировании ДНК-отпечатков пальцев с помощью априорных моделей, J. Comp. Biol. 12(3), 283-297.
10. Wendl MC (2003) Вероятность столкновения между наборами случайных величин , Stat. Prob. Lett. 64 (3), 249–254.
11. Хаутакорпи, Дж. и Шульц, Г. (2010) Исследование осуществимости произвольного поиска в структурированных одноранговых сетях , IEEE Computer Communications and Networks, Proc ICCCN, стр. 1–8.
12. Сирил Домб (1989) Покрытие случайными интервалами и одномерная континуальная перколяция , J. Stat. Phys. 55, 441-460.
13. Wendl MC (2008) Случайное покрытие нескольких одномерных конечных доменов с применением к секвенированию ДНК, SIAM J. Appl. Math. 68(3), 890-905.
14. Вендл М.К., Кота К., Вайншток Г.М. и Митрева М. (2013) Теории покрытия для метагеномного секвенирования ДНК на основе обобщения теоремы Стивенса, J. ​​Math. Biol. 67(5), 1141-1161.
15. Вендл М.К. и Уилсон Р.К. (2009) Теория обнаружения редких вариантов с помощью секвенирования ДНК, BMC Genomics 10, статья 485.
16. Альтшулер Д.М. и др. (2010) Карта вариаций генома человека, полученная с помощью секвенирования в масштабе популяции, Nature 467(7319), 1061-1073.
17. Кобольдт, Д.К. и Миллер, Р.Д. (2011) Идентификация полиморфных маркеров для генетического картирования , глава 2 в «Геномике: основные методы», John Wiley and Sons.
18. Хайсмит, У. Э. (2006) Электрофоретические методы обнаружения мутаций и секвенирования ДНК , глава 9 в «Молекулярной диагностике для клинических лаборантов», Humana Press
19. Lu C, Xie M, Wendl MC и др. (2015) Паттерны и функциональные последствия редких вариантов зародышевой линии в 12 типах рака, Nature Comm. 6, статья 10086.
20. Чен, Ф., Вендл М.С., Вычалковски М.А., Бейли М.Х., Ли И. и Дин, Л. (2015) Перемещение панраковых исследований из фундаментальных исследований в клинику, Nature Cancer 2(9), 879-890.
21. Wendl MC et al. (2011) PathScan: инструмент для определения значимости мутаций в группах предполагаемых генов рака, Bioinformatics 27(12), 1595-1602.
22. Hochzeitsglocken lauteten Fur Памела Мари и Майкл Кристофер Вендл, Eintracht 74 (13), стр. 6.