stringtranslate.com

Масатоши Ней

Масатоси Нэй (根井正利, Нэй Масатоси , 2 января 1931 — 18 мая 2023) — американский биолог-эволюционист японского происхождения .

Профессиональная жизнь

Масатоси Нэй родился в 1931 году в префектуре Миядзаки на острове Кюсю , Япония.

Он получил степень бакалавра наук в Университете Миядзаки в 1953 году и опубликовал свою первую статью по математике селекции растений в том же году. [1] В 1959 году он получил докторскую степень в Киотском университете по количественной генетике для улучшения сельскохозяйственных культур. [1]

В течение следующего десятилетия Ней работал в Японии, в том числе в качестве научного сотрудника Национального института радиологических наук, прежде чем эмигрировать в Соединенные Штаты в 1969 году. [1]

С 1969 по 1972 год Ней был доцентом и профессором биологии в Университете Брауна, а с 1972 по 1990 год — профессором популяционной генетики в Центре демографической и популяционной генетики Научного центра здравоохранения Техасского университета в Хьюстоне (UTHealth).

Позднее он был профессором биологии имени Эвана Пью в Университете штата Пенсильвания и директором Института молекулярной эволюционной генетики, работая там с 1990 по 2015 год.

С 2015 года Ней работал на кафедре биологии в Университете Темпл в качестве приглашенного профессора кафедры Лоры Х. Карнелл.

Действуя в одиночку или работая со своими учениками, он непрерывно развивал статистические методы изучения молекулярной эволюции с учетом открытий в молекулярной биологии . Он также разработал концепции эволюционной теории и выдвинул теорию эволюции, вызванной мутациями . [1]

Вместе с Уолтером Фитчем Ней стал соучредителем журнала «Молекулярная биология и эволюция» в 1983 году и Общества молекулярной биологии и эволюции в 1993 году. [2]

Работа в области популяционной генетики

Теоретические исследования

Ней был первым, кто математически показал, что при наличии взаимодействия генов естественный отбор всегда имеет тенденцию усиливать интенсивность сцепления между генетическими локусами или поддерживать те же самые отношения сцепления. [3] Затем он заметил, что среднее значение рекомбинации на геном, как правило, ниже у высших организмов, чем у низших, и приписал это наблюдение своей теории модификации сцепления. [4] Недавние молекулярные данные указывают на то, что многие наборы взаимодействующих генов, такие как гены Hox, гены иммуноглобулинов и гены гистонов, часто существовали как кластеры генов в течение длительного эволюционного времени. Это наблюдение также можно объяснить его теорией модификации сцепления. Он также показал, что, в отличие от аргумента RA Fisher , вредные мутации могут довольно быстро накапливаться на Y-хромосоме или дублировать гены в конечных популяциях. [5] [6]

В 1969 году, учитывая скорость замены аминокислот, дупликации генов и инактивации генов, он предсказал, что высшие организмы содержат большое количество дублирующихся генов и нефункциональных генов (теперь называемых псевдогенами ). [7] Это предсказание оказалось верным, когда в 1980-х и 1990-х годах было обнаружено множество мультигенных семейств и псевдогенов.

Его заметным вкладом в начале 1970-х годов стало предложение новой меры генетического расстояния (расстояние Нея) между популяциями и ее использование для изучения эволюционных взаимоотношений популяций или близкородственных видов. [8] Позднее он разработал другую меру расстояния, названную D A , которая подходит для нахождения топологии филогенетического дерева популяций. [9] Он также разработал статистику измерения степени дифференциации популяции для любых типов систем спаривания с использованием меры G ST . [10] В 1975 году он и его коллеги представили математическую формулировку эффектов бутылочного горлышка популяции и прояснили генетический смысл эффектов бутылочного горлышка. [11] В 1979 году он предложил статистическую меру, названную нуклеотидным разнообразием , [12] которая в настоящее время широко используется для измерения степени нуклеотидного полиморфизма. Он также разработал несколько различных моделей видообразования и пришел к выводу, что репродуктивная изоляция между видами происходит как пассивный процесс накопления мутаций межвидовой несовместимости [13] [14]

Полиморфизм белков и нейтральная теория

В начале 1960-х и 1970-х годов существовали большие споры по поводу механизма эволюции белков и поддержания полиморфизма белков. Ней и его коллеги разработали различные статистические методы для проверки нейтральной теории молекулярной эволюции с использованием данных полиморфизма. Их анализ распределения частот аллелей, взаимосвязи между средней гетерозиготностью и дивергенцией белков между видами и т. д. показал, что большую часть полиморфизма белков можно объяснить нейтральной теорией. [15] [16] Единственным исключением были локусы главного комплекса гистосовместимости (MHC), которые показывают необычайно высокую степень полиморфизма. По этим причинам он принял нейтральную теорию эволюции. [16] [17]

Эволюция человека

Используя свою теорию генетического расстояния, он и А. К. Ройчаудхури показали, что генетическая изменчивость между европейцами, азиатами и африканцами составляет всего около 11 процентов от общей генетической изменчивости человеческой популяции. Затем они подсчитали, что европейцы и азиаты разошлись около 55 000 лет назад, а эти две популяции разошлись с африканцами около 115 000 лет назад. [18] [19] Этот вывод был поддержан многими более поздними исследованиями с использованием большего количества генов и популяций, и оценки, по-видимому, все еще примерно верны. Это открытие можно считать ранним указанием на теорию происхождения человека из Африки . [ необходима цитата ]

Молекулярная филогенетика

Около 1980 года Ней и его студенты начали исследование вывода филогенетических деревьев на основе данных о расстоянии. В 1985 году они разработали статистический метод для проверки точности филогенетического дерева путем изучения статистической значимости длин внутренних ветвей. Затем они разработали методы присоединения соседей и минимальной эволюции вывода дерева. [20] [21] Они также разработали статистические методы для оценки эволюционного времени из молекулярных филогений. В сотрудничестве с Судхиром Кумаром и Коитиро Тамурой он разработал широко используемый пакет компьютерных программ для филогенетического анализа под названием MEGA . [22]

Локусы MHC и положительный дарвиновский отбор

Группа Нея изобрела простой статистический метод для обнаружения положительного дарвиновского отбора путем сравнения числа синонимичных нуклеотидных замен и несинонимичных нуклеотидных замен. [23] Применив этот метод, они показали, что исключительно высокая степень полиморфизма последовательностей в локусах MHC вызвана сверхдоминантным отбором. [24] Хотя позже были разработаны различные статистические методы для этого теста, их оригинальные методы все еще широко используются. [25]

Новые эволюционные концепции

Ней и его ученики изучали эволюционные закономерности большого количества мультигенных семейств и показали, что они, как правило, развиваются по модели процесса рождения-смерти . [26] В некоторых семействах генов этот процесс происходит очень быстро, вызван случайными событиями дупликации и удаления генов и генерирует геномный дрейф числа копий генов. Ней долгое время придерживался мнения, что движущей силой эволюции являются мутации, включая любые типы изменений ДНК (нуклеотидные изменения, хромосомные изменения и дупликация генома), и что естественный отбор — это в первую очередь сила, устраняющая менее приспособленные генотипы (т. е. теория эволюции, вызванной мутациями). [16] [25] Он провел статистический анализ эволюции генов, контролирующих фенотипические признаки, такие как иммунитет и обонятельное восприятие, и получил доказательства, подтверждающие эту теорию. [25]

Личная жизнь

Масатоси Ней родился в 1931 году в Японии, и его пожизненный интерес к биологии и генетике, возможно, коренится в его воспитании на ферме, в семье фермеров. [1] После получения степени бакалавра и доктора наук в Японии, Ней эмигрировал в Соединенные Штаты в 1969 году. [1] Ней был женат, имел двух детей и двух внуков, любил слушать классическую музыку и заниматься топиарием. [1] В 2014 году Ней перенес инсульт и переехал в Нью-Джерси после выхода на пенсию из Университета штата Пенсильвания. [1] Ней умер в Морристауне, штат Нью-Джерси, 18 мая 2023 года в возрасте 92 лет. [27] [28] [1]

Избранные награды и почести

Книги

Ссылки

  1. ^ abcdefghi Кумар, Судхир; Годобори, Такаши (1 июня 2023 г.). «Некролог: Масатоши Ней (1931–2023)». Молекулярная биология и эволюция . 40 (6): msad149. дои : 10.1093/MOLBEV/MSAD149. ПМЦ  10306398 .
  2. Nei, Masatoshi (1 июня 2014 г.). «Мои воспоминания об Уолтере Фитче (1929-2011) и начале молекулярной биологии и эволюции». Молекулярная биология и эволюция . 31 (6): 1329–1332. doi :10.1093/molbev/msu133. PMC 4032136. PMID  24723418 . 
  3. ^ Ней, Масатоши (1967). «Модификация интенсивности сцепления естественным отбором». Генетика . 57 (3): 625–641. doi :10.1093/genetics/57.3.625. PMC 1211753. PMID  5583732 . 
  4. ^ Ней, Масатоши (1968). «Эволюционное изменение интенсивности сцепления». Nature . 218 (5147): 1160–1161. Bibcode :1968Natur.218.1160N. doi :10.1038/2181160a0. PMID  5656638. S2CID  4166761.
  5. ^ Ней, М. (1970). «Накопление нефункциональных генов на защищенных хромосомах». Am. Nat . 104 (938): 311–322. doi :10.1086/282665. S2CID  85138712.
  6. ^ Ней, М.; Ройчудри, АК (1973). «Вероятность фиксации нефункциональных генов в дублирующихся локусах». Являюсь. Нат . 107 (955): 362–372. дои : 10.1086/282840. S2CID  84684761.
  7. ^ Ней, М (1969). «Дупликация генов и замена нуклеотидов в эволюции». Nature . 221 (5175): 40–42. Bibcode :1969Natur.221...40N. doi :10.1038/221040a0. PMID  5782607. S2CID  4180639.
  8. ^ Ней, М. (1972). «Генетическое расстояние между популяциями». Am. Nat . 106 (949): 283–292. doi :10.1086/282771. S2CID  55212907.
  9. ^ Nei, M.; Tajima, F.; Tateno, Y. (1983). «Точность предполагаемых филогенетических деревьев на основе молекулярных данных. II. Данные о частоте генов». J. Mol. Evol . 19 (2): 153–170. doi :10.1007/bf02300753. PMID  6571220. S2CID  19567426.
  10. ^ Ней, М. (1973). «Анализ разнообразия генов в подразделенных популяциях». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 70 (12): 3321–3323. Bibcode : 1973PNAS...70.3321N. doi : 10.1073 /pnas.70.12.3321 . PMC 427228. PMID  4519626. 
  11. ^ Ней, М.; Маруяма, Т.; Чакраборти, Р. (1975). «Эффект бутылочного горлышка и генетическая изменчивость в популяциях». Эволюция . 29 (1): 1–10. doi : 10.1111/j.1558-5646.1975.tb00807.x . PMID  28563291.
  12. ^ Ней, Масатоши; Ли, Вэнь-Сюн (1979). «Математическая модель для изучения генетической изменчивости с точки зрения эндонуклеаз рестрикции». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 76 (10): 5269–5273. Bibcode :1979PNAS...76.5269N. doi : 10.1073/pnas.76.10.5269 . PMC 413122 . PMID  291943. 
  13. ^ Nei, MT Maruyama; Wu, CI (1983). «Модели эволюции репродуктивной изоляции». Genetics . 103 (3): 557–579. doi :10.1093/genetics/103.3.557. PMC 1202040 . PMID  6840540. 
  14. ^ Ней, М.; Нодзава, М. (2011). «Роли мутации и отбора в видообразовании: от Гуго де Фриза до современной геномной эры». Genome Biol Evol . 3 : 812–829. doi : 10.1093/gbe/evr028 . PMC 3227404. PMID  21903731 . 
  15. ^ Ней, М. (1983) Генетический полиморфизм и роль мутаций в эволюции (ред. М. Ней и П. К. Коэн) Эволюция генов и белков. Sinauer Assoc., Сандерленд, Массачусетс, стр. 165-190.
  16. ^ abc Nei, M. (1987) Молекулярная эволюционная генетика. Columbia University Press, Нью-Йорк.
  17. ^ Li, WH; Gojobori, T.; Nei, M. (1981). «Псевдогены как парадигма нейтральной эволюции». Nature . 292 (5820): 237–239. Bibcode :1981Natur.292..237L. doi :10.1038/292237a0. PMID  7254315. S2CID  23519275.
  18. ^ Ней, М.; Ройчаудхури, АК (1974). «Генные вариации внутри и между тремя основными расами человека: европеоидами, негроидами и монголоидами». Am. J. Hum. Genet . 26 (4): 421–443. PMC 1762596. PMID  4841634 . 
  19. ^ Ней, М.; Ройчаудхури, АК (1982). «Генетическая связь и эволюция человеческих рас». Evol. Biol . 14 : 1–59.
  20. ^ Сайто, Н.; Ней, М. (1987). «Метод объединения соседей: новый метод реконструкции филогенетических деревьев». Mol. Biol. Evol . 4 (4): 406–425. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454 . PMID  3447015.
  21. ^ Ржецкий, А.; Ней, М. (1993). «Теоретическое обоснование метода минимальной эволюции филогенетического вывода». Mol. Biol. Evol . 10 (5): 1073–1095. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040056 . PMID  8412650.
  22. ^ Кумар, С., К. Тамура и М. Ней (1993) MEGA: Молекулярно-эволюционный генетический анализ. Версия 1.02, Университет штата Пенсильвания, Университетский Парк, Пенсильвания.
  23. ^ Nei, M.; Gojobori, T. (1986). «Простые методы оценки числа синонимичных и несинонимичных нуклеотидных замен». Mol. Biol. Evol . 3 (5): 418–426. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040410 . PMID  3444411.
  24. ^ Хьюз, АЛ; Ней, М. (1988). «Паттерн замены нуклеотидов в локусах главного комплекса гистосовместимости класса I выявляет сверхдоминантный отбор». Nature . 335 (6186): 167–170. Bibcode :1988Natur.335..167H. doi :10.1038/335167a0. PMID  3412472. S2CID  4352981.
  25. ^ abc Nei, M. (2013) Эволюция, управляемая мутациями. Oxford University Press, Оксфорд.
  26. ^ Ней, М. и А. П. Руни (2005) Согласованная эволюция и эволюция рождения и смерти мультигенных семей.
  27. ^ "Масатоси Ней, лауреат премии Киото в области эволюционной генетики, умер в возрасте 92 лет". Университет Темпл . 19 мая 2023 г. Получено 19 мая 2023 г.
  28. ^ Масатоши Ней
  29. ^ "Профессор Ней назван лауреатом премии Джона Скотта". Университет Темпл . Получено 11 января 2022 г.
  30. ^ «Лауреаты Киотской премии 2013 | Масатоши Нэй» . Киотская премия. 2013.

Внешние ссылки