stringtranslate.com

Михаил Грибсков

Михаил Грибсков (слева) на конференции ISMB в 2012 году.

Майкл Грибсков — профессор биологических наук и компьютерных наук в Университете Пердью . В 1979 году Грибсков окончил Университет штата Орегон , получив степень бакалавра наук с отличием по биохимии и биофизике. Позже, в 1985 году, он получил докторскую степень по молекулярной биологии в Университете Висконсин-Мэдисон . [1]

Он занимал пост президента Международного общества вычислительной биологии [2] , а на странице его факультета указано, что он является председателем Научного совета по надзору и консультированию по информационным ресурсам белков , а также входит в редколлегии журналов Bioinformatics , Journal of Computational Biology and Chemistry и Journal of Molecular Microbiology & Biotechnology [1] .

Анализ профиля

Грибсков, вместе с Дэвидом Эйзенбергом и Эндрю Маклахланом, представили метод анализа профиля в 1987 году; это метод обнаружения отдаленно связанных белков путем сравнения последовательностей. Профиль представляет собой матрицу оценки, специфичную для позиции , и он создается из группы последовательностей, ранее выровненных (зонд). Сходство любой другой последовательности (цели) (одной или более чем одной) с зондом можно проверить, сравнив цель с файлом с помощью динамического программирования . Этот алгоритм состоит из двух шагов. Первый шаг - это генерация профиля с помощью программного обеспечения PROFWARE, которое использует существующее выравнивание (зонд) на основе сходства последовательностей или соответствующей трехмерной структуры для генерации профиля. Второй шаг - это сравнение профиля с базой данных последовательностей или одной последовательностью. На этом шаге на основе сгенерированного профиля целевая последовательность или группа последовательностей могут быть выровнены с помощью PROFINAL, динамическое программирование используется при выравнивании. [3]

Ссылки

  1. ^ ab Профиль факультета Университета Пердью Архивировано 2011-12-03 в Wayback Machine
  2. ^ История ISCB
  3. ^ Грибсков, М.; Маклахлан, А.Д.; Эйзенберг, Д. (июль 1987 г.). «Анализ профиля: обнаружение отдаленно связанных белков». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 84 (13): 4355–8. Bibcode : 1987PNAS...84.4355G. doi : 10.1073 /pnas.84.13.4355 . PMC  305087. PMID  3474607.