OMA ( Orthologous MAtrix ) — это база данных ортологов, извлеченных из доступных полных геномов . [1] [2] Прогнозы ортологии OMA доступны в нескольких формах:
- Пары OMA: для заданного гена предоставляется список предсказанных ортологов у других видов .
- Группы OMA: набор генов у разных видов , все из которых являются ортологичными .
- Иерархические группы OMA: набор всех генов, которые произошли от одного предкового гена в заданном таксономическом диапазоне.
- Просмотр пар геномов OMA: список всех предсказанных ортологов между двумя видами .
Смотрите также
Ссылки
- ^ ab Altenhoff, Adrian M; Schneider Adrian; Gonnet Gaston H; Dessimoz Christophe (январь 2011 г.). "OMA 2011: вывод ортологии среди 1000 полных геномов". Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных). Англия: D289-94. doi :10.1093/nar/gkq1238. PMC 3013747. PMID 21113020 .
- ^ Altenhoff, Adrian M; Glover, Natasha M; Train, Clément-Marie; Kaleb, Klara; Warwick Vesztrocy, Alex; Dylus, David; de Farias, Tarcisio M; Zile, Karina; Stevenson, Charles; Long, Jiao; Redestig, Henning; Gonnet, Gaston H; Dessimoz, Christophe (2018). «База данных ортологий OMA в 2018 году: извлечение эволюционных связей между всеми доменами жизни через более богатые веб-интерфейсы и программные интерфейсы». Nucleic Acids Research . 46 (D1): D477–D485. doi : 10.1093 /nar/gkx1019. ISSN 0305-1048. PMC 5753216. PMID 29106550.
