stringtranslate.com

РНК DsrA

DsrA РНК является некодирующей РНК , которая регулирует как транскрипцию , преодолевая транскрипционное молчание нуклеоид-ассоциированным белком H-NS , [1] так и трансляцию , способствуя эффективной трансляции стрессового сигма-фактора, RpoS . [2] [3] Эти два вида активности DsrA могут быть разделены мутацией: первая из трех петель-стеблей 85- нуклеотидной РНК необходима для трансляции RpoS, но не для действия против H-NS, в то время как вторая петля-стебель необходима для анти-сайленсинга и менее критична для трансляции RpoS. Третья петля-стебель, которая ведет себя как терминатор транскрипции, может быть заменена терминатором транскрипции trp без потери какой-либо функции DsrA. Последовательность первой петли-стебля DsrA комплементарна восходящей лидерной части матричной РНК RpoS, что позволяет предположить, что спаривание DsrA с сообщением RpoS может быть важным для регуляции трансляции. Структуры DsrA и комплекса DsrA/rpoS были изучены с помощью ЯМР . Исследование пришло к выводу, что sRNA содержит динамическое конформационное равновесие для своего второго стебля-петли, что может быть важным механизмом для DsrA, регулирующим трансляции его множественных целевых мРНК. [4]

Имеются данные о том, что РНК DsrA может самоорганизовываться в наноструктуры посредством антисмысловых взаимодействий трех самокомплементарных областей. [5] [6]

Цели DsrA

Имеются экспериментальные данные, позволяющие предположить, что DsrA взаимодействует с генами, кодирующими белок, hns, [7] [8] [9] rbsD, [7] argR , [7] ilvI [7] и rpoS [10] [11] [12] [13] посредством антисмыслового механизма.

DsrA сворачивается в структуру с тремя шпильками . Вторая из них ( нуклеотиды 23–60) связывается с Hfq . [14]

Ссылки

  1. ^ Sledjeski, D; Gottesman S (1995). «Малая РНК действует как антисайленсер H-NS-сайленсированного гена rcsA Escherichia coli». Proc Natl Acad Sci USA . 92 (6): 2003–2007. Bibcode : 1995PNAS...92.2003S. doi : 10.1073 /pnas.92.6.2003 . PMC  42411. PMID  7534408.
  2. ^ Majdalani, N; Cunning C; Sledjeski D; Elliott T; Gottesman S (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью анти-антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции». Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12462–12467. Bibcode :1998PNAS...9512462M. doi : 10.1073/pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID  9770508. 
  3. ^ Gottesman, S (2005). «Микросы для микробов: некодирующие регуляторные РНК в бактериях». Trends Genet . 21 (7): 399–404. CiteSeerX 10.1.1.391.8944 . doi :10.1016/j.tig.2005.05.008. PMID  15913835. 
  4. ^ У, Пэнчжи; Лю, Сяодань; Ян, Линна; Сан, Итун; Гун, Цинго; У, Цзихуэй; Ши, Юньюй (2017-09-19). «Важная конформационная пластичность мРНК DsrA для адаптации множественной регуляции». Nucleic Acids Research . 45 (16): 9625–9639. doi :10.1093/nar/gkx570. ISSN  1362-4962. PMC 5766208. PMID 28934467  . 
  5. ^ Cayrol B, Nogues C, Dawid A, Sagi I, Silberzan P, Isambert H (2009). «Наноструктура, изготовленная из бактериальной некодирующей РНК». J Am Chem Soc . 131 (47): 17270–17276. doi :10.1021/ja906076e. PMID  19821568.
  6. ^ Кэрол Б, Женгено Ф, Лакост Дж, Бузи Ф, Ле Деру Дж, Пьетреман О, Ле Кам Е, Ренье П, Лавель С, Арлуисон В (2009). «Автосборка малой некодирующей РНК E. coli DsrA: молекулярные характеристики и функциональные последствия». РНК Биол . 6 (4): 434–445. дои : 10.4161/rna.6.4.8949 . ПМИД  19535898.
  7. ^ abcd Lease RA, Cusick ME, Belfort M (1998). "Риборегуляция в Escherichia coli: РНК DsrA действует посредством взаимодействий РНК:РНК в нескольких локусах". Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12456–12461. Bibcode :1998PNAS...9512456L. doi : 10.1073/pnas.95.21.12456 . PMC 22852 . PMID  9770507. 
  8. ^ Urban JH, Vogel J (2007). «Трансляционный контроль и распознавание целей малыми РНК Escherichia coli in vivo». Nucleic Acids Res . 35 (3): 1018–1037. doi :10.1093/nar/gkl1040. PMC 1807950. PMID  17264113 . 
  9. ^ Lease RA Belfort M (2000). «Транс-действующая РНК как переключатель управления в Escherichia coli: DsrA модулирует функцию, формируя альтернативные структуры». Proc Natl Acad Sci USA . 97 (18): 9919–9924. Bibcode :2000PNAS...97.9919L. doi : 10.1073/pnas.170281497 . PMC 27626 . PMID  10954740. 
  10. ^ Majdalani N, Cunning C, Sledjeski D, Elliott T, Gottesman S (1998). «DsrA РНК регулирует трансляцию сообщения RpoS с помощью анти-антисмыслового механизма, независимо от его действия в качестве антисайленсера транскрипции». Proc Natl Acad Sci USA . 95 (21): 12462–12467. Bibcode :1998PNAS...9512462M. doi : 10.1073/pnas.95.21.12462 . PMC 22853 . PMID  9770508. 
  11. ^ Majdalani N, Chen S, Murrow J, St John K, Gottesman S (2001). «Регулирование RpoS новой малой РНК: характеристика RprA». Mol Microbiol . 39 (5): 1382–1394. doi : 10.1111/j.1365-2958.2001.02329.x . PMID  11251852.
  12. ^ Sledjeski DD, Gupta A, Gottesman S (1996). «Малая РНК, DsrA, необходима для низкотемпературной экспрессии RpoS во время экспоненциального роста Escherichia coli». EMBO J . 15 (15): 3993–4000. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00773.x. PMC 452119 . PMID  8670904. 
  13. ^ Sledjeski DD, Whitman C, Zhang A (2001). «Hfq необходим для регуляции нетранслируемой РНК DsrA». J Bacteriol . 183 (6): 1997–2005. doi : 10.1128/JB.183.6.1997-2005.2001. PMC 95095. PMID  11222598. 
  14. ^ Brescia, CC; Mikulecky, PJ; Feig, AL; Sledjeski, DD (январь 2003 г.). «Идентификация сайта связывания Hfq на РНК DsrA: связывание Hfq без изменения вторичной структуры DsrA». РНК . 9 (1): 33–43. doi :10.1261/rna.2570803. PMC 1370368 . PMID  12554874. 

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки