Метод расщепленной амплифицированной полиморфной последовательности ( CAPS ) — это метод в молекулярной биологии для анализа генетических маркеров . Он является расширением метода полиморфизма длины рестрикционных фрагментов (RFLP), использующего полимеразную цепную реакцию (ПЦР) для более быстрого анализа результатов.
Как и RFLP, CAPS работает по принципу, согласно которому генетические различия между индивидуумами могут создавать или отменять сайты рестрикции эндонуклеаз рестрикции , и что эти различия могут быть обнаружены в результирующей длине фрагмента ДНК после расщепления.
В методе CAPS амплификация ПЦР направлена через измененный сайт рестрикции, и продукты расщепляются рестриктазой. При фракционировании электрофорезом в агарозном или полиакриламидном геле расщеплённые продукты ПЦР дадут легко различимые узоры полос. В качестве альтернативы амплифицированный сегмент можно проанализировать с помощью зондов аллель-специфических олигонуклеотидов (ASO), процесс, который часто можно выполнить с помощью простого дот-блота .