stringtranslate.com

Редактор молекул

Редактор молекул — это компьютерная программа для создания и изменения представлений химических структур .

Редакторы молекул могут манипулировать представлениями химической структуры либо в моделируемом двумерном пространстве , либо в трехмерном пространстве с помощью 2D- или 3D-компьютерной графики соответственно. Двумерный вывод используется в качестве иллюстраций или для запросов к химическим базам данных . Трехмерный вывод используется для построения молекулярных моделей, обычно как часть пакетов программного обеспечения для молекулярного моделирования .

Молекулярные редакторы баз данных, такие как Leatherface, [1] RECAP, [2] и Molecule Slicer [3], позволяют автоматически изменять большое количество молекул в соответствии с такими правилами, как «депротонировать карбоновые кислоты» или «разрывать экзоциклические связи», которые может задать пользователь.

Редакторы молекул обычно поддерживают чтение и запись по крайней мере одного формата файла или нотации строки . Примерами каждого из них являются Molfile и упрощенная спецификация записи строки молекулярного ввода (SMILES) соответственно.

Файлы, созданные редакторами молекул, могут отображаться инструментами молекулярной графики .

Отдельные программы

Java-апплеты

Встраиваемые редакторы JavaScript

Смотрите также

Примечания и ссылки

  1. ^ Кенни, Питер В.; Садовски, Йенс (2005). «Модификация структуры в химических базах данных». Хемоинформатика в разработке лекарств. Методы и принципы в медицинской химии. стр. 271–285. doi :10.1002/3527603743.ch11. ISBN 9783527307531.
  2. ^ Льюэлл, Сяо Цин; Джадд, Дункан Б.; Уотсон, Стивен П.; Ханн, Майкл М. (1998). «RECAP-Retrosynthetic Combinatory Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatory Chemistry». Журнал химической информации и компьютерных наук . 38 (3): 511–522. doi :10.1021/ci970429i. PMID  9611787.
  3. ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). «Характерные физические свойства и структурные фрагменты продаваемых пероральных препаратов». Журнал медицинской химии . 47 (1): 224–232. doi :10.1021/jm030267j. PMID  14695836.
  4. ^ "Biovia Draw datasheet" (PDF) . Dassault Systemes . Получено 2023-04-25 .

Внешние ссылки