stringtranslate.com

Рон Шамир

Рон Шамир ( иврит : רון שמיר; родился 29 ноября 1953 года) — израильский профессор компьютерных наук, известный своими работами в области теории графов и вычислительной биологии . Он занимает кафедру биоинформатики Рэймонда и Беверли Саклера, а также является основателем и бывшим руководителем Центра биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры в Тель-Авивском университете .

Биография

Рон Шамир родился в Иерусалиме, Израиль, в 1953 году, он был старшим сыном Варды и Рафаэля Шамиров. Сефарадская семья его отца жила в старом городе Иерусалиме более 400 лет. Родители его матери были пионерами, которые приехали из России в Израиль во время Третьей алии в начале 1920-х годов. У него есть две младшие сестры, Дафна и Гадит.

Шамир учился в гимназии Рехавия , Иерусалим , в течение 12 лет. В старших классах он был активным скаутом и занимался легкой атлетикой; среди других достижений он выиграл чемпионат Иерусалимской средней школы по толканию ядра .

Шамир начал свое обучение на степень бакалавра по математике и физике в Тель-Авивском университете (1973–1975) и закончил свое обучение в Еврейском университете в Иерусалиме (1975–1977). Позже он начал обучение на степень магистра по исследованию операций в Тель-Авивском университете под руководством Ури Йехиали, а затем присоединился к программе PhD на кафедре IEOR Калифорнийского университета в Беркли , где он учился с 1981 по 1984 год. Его докторская диссертация была написана под руководством Ричарда Карпа и Илана Адлера.

Исследовать

Ранние годы

Шамир начал свою исследовательскую [3] [4] [5] [6] карьеру в исследовании операций, изучая проблемы оптимизации, связанные с линейным программированием и симплекс- методом . Его докторская диссертация с Адлером и Карпом была посвящена анализу среднего случая симплекс- метода и показала, что определенный симплекс-вариант был квадратичным при простой модели входных данных. [7] Аналогичные результаты были получены в то же время Майклом Тоддом и Адлером и Нимродом Мегиддо . Позже он работал с Дорит С. Хохбаум над эффективными алгоритмами для структурированных задач оптимизации. [8]

Теория алгоритмических графов

В начале 1990-х годов Шамир сосредоточился на алгоритмической теории графов . Вместе со своим учеником Хаимом Капланом и Мартином Голумбиком он изучал задачи сэндвича с графами, [9] задачи завершения графов и различные задачи, связанные с интервальными графами . [10] [11] Одна из его статей по проблеме выполнимости интервалов была позже применена к изучению физического картирования ДНК ; [12] это ознаменовало его введение в область вычислительной биологии .

Биоинформатика

Шамир использовал свои знания в теории графов для разработки алгоритмов кластеризации для анализа проблем экспрессии генов . Его первая работа в этой области, совместно с Эрезом Хартувом, представила алгоритм кластеризации HCS . [13] Его алгоритм CAST, совместно с Зохаром Якхини и Амиром Бен-Дором, был опубликован в 1999 году [14] и привлек большое внимание сообщества биоинформатики; методы, описанные в статье, стали популярными для анализа геномных данных. Алгоритм кластеризации CLICK [15] с Родедом Шараном и алгоритм SAMBA с Амосом Танаем и Родедом Шараном для бикластеризации [16] широко используются.

Шамир расширил свои исследования, включив в них дополнительные аспекты биоинформатики, такие как анализ биологических сетей , [17] [18] перестройки генома , [19] поиск мотивов последовательностей , [20] [21] и регуляция транскрипции . [22] [23] Многие инструменты, разработанные в его лаборатории, доступны как часть пакета EXPANDER, [6] который обеспечивает интегрированную среду для анализа высокопроизводительных биологических данных.

В настоящее время исследования Шамира сосредоточены на интегративном анализе гетерогенных высокопроизводительных биомедицинских данных, перестройках генома при раке и регуляции генов.

ШИП

SPIKE (Signaling Pathways Integrated Knowledge Engine) — это база данных тщательно отобранных взаимодействий для конкретных путей человека. [24] SPIKE была разработана группой вычислительной биологии Шамира в сотрудничестве с группой Йосефа Шило, лауреата Премии Израиля за исследования в области системной биологии, и группой Карен Авраам , ведущего исследователя человеческой глухоты , все из Тель-Авивского университета .

Дополнительные мероприятия

Шамир был в учредительном руководящем комитете встречи RECOMB [25] , главной теоретической конференции по биоинформатике, и проработал в ней тринадцать лет. Он был одним из основателей Израильского общества биоинформатики и вычислительной биологии и был президентом общества с 2004 по 2006 год. Он является главой Центра биоинформатики Эдмонда Дж. Сафры в Тель-Авивском университете и занимает кафедру биоинформатики Рэймонда и Беверли Саклера. [26] Шамир также уделяет время образованию в области биоинформатики. Он разработал обширные лекционные заметки, которые широко используются в вычислительной геномике (алгоритмы для молекулярной биологии) и в анализе экспрессии генов, ДНК-чипах и генных сетях. Он основал совместную программу бакалавриата по биоинформатике в Тель-Авивском университете; он преподает основные курсы программы и руководил многими студентами магистратуры и докторантуры. Он также был соредактором книги «Биоинформатика для биологов» [27] совместно с Павлом Александровичем Певзнером .

Студенты

Шамир был наставником более 80 аспирантов и постдокторантов, многие из которых построили впечатляющую карьеру в академической среде и промышленности. Среди его студентов в академической среде: Хаим Каплан, Декель Цур, Далит Наор, Ицик Пеер, Родед Шаран, Амос Танай, Ади Акавия, Реут Шалги, Рани Элкон, Ротем Сорек, Ирит Гат-Викс, Михал Зив-Укельсон, Игорь Улицкий, Мукул Бансал, Мейрав Зехави, Ярон Оренштейн и Лианронг Пу.

Награды и почести

Личная жизнь

Шамир женат на Михаль Орен-Шамир. [ когда? ] У них трое сыновей: Алон, Иттай и Йоав. Они живут в Реховоте , Израиль. [ необходима цитата ]

Ссылки

  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 2017-03-20.
  2. ^ Рон Шамир в проекте «Генеалогия математики»
  3. ^ Бен-Дор, А.; Шамир, Р.; Якхини, З. (1999), «Кластеризация паттернов экспрессии генов», Журнал вычислительной биологии , 6 (3–4): 281–297, CiteSeerX 10.1.1.34.5341 , doi :10.1089/106652799318274, PMID  10582567 
  4. ^ Шаран, Р.; Марон-Кац, А.; Шамир, Р. (2000), «CLICK: алгоритм кластеризации с приложениями к анализу экспрессии генов», Интеллектуальные системы в молекулярной биологии , 19 (14): 307–316, CiteSeerX 10.1.1.126.8500 , doi :10.1093/bioinformatics/btg232, PMID  14512350 .
    • Tanay, A.; Sharan, R.; Shamir, R. (2000), «Обнаружение статистически значимых бикластеров в данных по экспрессии генов», Bioinformatics , 18 (1): S136–S144, doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136 , PMID  12169541
  5. ^ Шаран, Р.; Марон-Кац, А.; Шамир, Р. (2003), «CLICK и EXPANDER: система кластеризации и визуализации данных по экспрессии генов», Биоинформатика , 19 (14): 1787–1799, CiteSeerX 10.1.1.126.8500 , doi :10.1093/bioinformatics/btg232, PMID  14512350 
  6. ^ ab Улицкий, Игорь; Марон-Кац, Ади; Шавит, Чайка; Сагир, Дорит; Линхарт, Хаим; Элкон, Ран; Танай, Амос; Шаран, Родед; Шило, Йосеф; Шамир, Рон (2010), "Expander: от экспрессионных микроматриц к сетям и функциям", Nature Protocols , 5 (2): 303–22, doi :10.1038/nprot.2009.230, PMID  20134430, S2CID  3504270
  7. ^ Адлер, Илан; Карп, Ричард М.; Шамир, Рон (1987), «Симплексный вариант решения линейной задачи m × d за O(min(m^2, d^2)) ожидаемое число шагов поворота», Журнал сложности , 3 (4): 372–387, doi :10.1016/0885-064X(87)90007-0
  8. ^ Хохбаум, Дорит С.; Шамир, Рон (1991). «Строго полиномиальные алгоритмы для задачи планирования с высокой кратностью». Исследование операций . 39 (4): 648–653. doi :10.1287/opre.39.4.648. ISSN  0030-364X.
  9. ^ Golumbic, Martin Charles; Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1995), «Проблемы сэндвича с графами», Journal of Algorithms , 19 (3): 449–473, CiteSeerX 10.1.1.12.8158 , doi :10.1006/jagm.1995.1047 
  10. ^ Каплан, Хаим; Шамир, Рон (1996), «Проблемы ширины пути, пропускной способности и завершения для правильных интервальных графов с малыми кликами», SIAM Journal on Computing , 25 (3): 540–561, CiteSeerX 10.1.1.34.9275 , doi :10.1137/S0097539793258143 
  11. ^ Каплан, Хаим; Шамир, Рон; Тарьян, Роберт Э. (1999), «Решаемость параметризованных задач завершения на хордовых, сильно хордовых и правильных интервальных графах», SIAM Journal on Computing , 28 (5): 1906–1922, CiteSeerX 10.1.1.12.2803 , doi :10.1137/S0097539796303044 
  12. ^ Golumbic, MC; Kaplan, H.; Shamir, R. (1994), «О сложности физического картирования ДНК», Advances in Applied Mathematics , 15 (3): 251–261, doi : 10.1006/aama.1994.1009
  13. ^ Хартув, Э.; Шамир, Р. (2000), «Алгоритм кластеризации, основанный на связности графа», Information Processing Letters , 76 (4–6): 175–181, CiteSeerX 10.1.1.17.1450 , doi :10.1016/S0020-0190(00)00142-3 
  14. ^ Бен-Дор, Амир; Шамир, Рон; Якхини, Зохар (1999), «Кластеризация паттернов экспрессии генов», Журнал вычислительной биологии , 6 (3–4): 281–97, CiteSeerX 10.1.1.34.5341 , doi :10.1089/106652799318274, PMID  10582567 
  15. ^ Шаран, Р.; Шамир, Р. (2000), «CLICK: алгоритм кластеризации с приложениями к анализу экспрессии генов», Труды ISMB '00 , 8 : 307–316C, PMID  10977092
  16. ^ Танай, А.; Шаран, Р.; Шамир, Р. (2000), «Обнаружение статистически значимых бикластеров в данных по экспрессии генов», Биоинформатика , 18 (1): S136–S144, doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136 , PMID  12169541
  17. ^ Улицкий, И.; Шамир, Р. (2007), «Идентификация функциональных модулей с использованием сетевой топологии и высокопроизводительных данных», BMC Systems Biology , 1 (8): 8, doi : 10.1186/1752-0509-1-8 , PMC 1839897 , PMID  17408515 
  18. ^ Мюллер, Ф. Дж.; Уильямс, Р.; Костка, Д.; Лоран, Л.; Улицкий, И.; Лу, К.; Рао, М. С.; Шамир, Р.; Шварц, Ф. Х.; Шмидт, НО; Лоринг, Дж. Ф. (2008), «Регуляторные сети определяют фенотипические классы линий стволовых клеток человека», Nature , 455 (7211): 401–405, Bibcode : 2008Natur.455..401M, doi : 10.1038/nature07213, PMC 2637443 , PMID  18724358 
  19. ^ Каплан, Х.; Шамир, Р.; Тарьян, Р.Э. (1999), «Более быстрый и простой алгоритм сортировки знаковых перестановок по инверсиям», SIAM Journal on Computing , 29 (3): 880–892, CiteSeerX 10.1.1.43.5245 , doi : 10.1137/s0097539798334207 
  20. ^ Элкон, Р.; Линхарт, К.; Шаран, Р.; Шамир, Р.; Шилох, Й. (2003), «Полногеномная идентификация транскрипционных регуляторов, контролирующих клеточный цикл в клетках человека», Genome Research , 13 (5): 773–780, doi :10.1101/gr.947203, PMC 430898 , PMID  12727897 
  21. ^ Линхарт, К.; Гальперин, Ю.; Шамир, Р. (2008), «Транскрипционный фактор и открытие мотива микроРНК: платформа Amadeus и сборник целевых наборов метазоа», Genome Research , 18 (7): 1180–1189, doi :10.1101/gr.076117.108, PMC 2493407 , PMID  18411406 
  22. ^ Tanay, A.; Regev, A.; Shamir, R. (2005), «Сохранение и эволюционируемость в регуляторных сетях: эволюция рибосомной регуляции у дрожжей», Труды Национальной академии наук США , 102 (20): 7203–7208, Bibcode : 2005PNAS..102.7203T, doi : 10.1073/pnas.0502521102 , PMC 1091753 , PMID  15883364 
  23. ^ Belle, A.; Tanay, A.; Bitincka, L.; Shamir, R.; O'Shea, EK (2006), "Количественная оценка полупериода жизни белков в протеоме почкующихся дрожжей", Труды Национальной академии наук США , 103 (35): 13004–9, Bibcode : 2006PNAS..10313004B, doi : 10.1073/pnas.0605420103 , PMC 1550773 , PMID  16916930 
  24. ^ Paz, Arnon; Brownstein Zippora; Ber Yaara; Bialik Shani; David Eyal; Sagir Dorit; Ulitsky Igor; Elkon Ran; Kimchi Adi; Avraham Karen B; Shiloh Yosef; Shamir Ron (январь 2011 г.). "SPIKE: база данных тщательно отобранных сигнальных путей человека". Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных). Англия: D793-9. doi :10.1093/nar/gkq1167. PMC 3014840. PMID  21097778 . 
  25. ^ Руководящий комитет RECOMB, включая бывшего члена Рона Шамира. Доступ 12 января 2014 г.
  26. ^ http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_committee.htm Члены руководящего комитета Центра биоинформатики им. Эдмонда Дж. Сафры
  27. ^ Певзнер, Павел; Шамир, Рон (2011), Биоинформатика для биологов , Cambridge University Press, ISBN 9781107648876
  28. ^ Фогг, Кристина (2022). «Достижения ISCB 2022 года от старшего ученого: Рон Шамир». Биоинформатика . 38 (Приложение 1): i1–i2. doi :10.1093/bioinformatics/btac339 . PMC 9236576. PMID  35758791. Получено 04.06.2023 . 
  29. ^ Шаран, Родед; Идекер, Трей; Келли, Брайан; Шамир, Рон; Карп, Ричард М. (июль 2005 г.). «Идентификация белковых комплексов с помощью сравнительного анализа данных о взаимодействии белков дрожжей и бактерий». Журнал вычислительной биологии . 12 (6): 835–846. CiteSeerX 10.1.1.139.231 . doi :10.1089/cmb.2005.12.835. ISSN  1066-5277. PMID  16108720. 
  30. ^ Профиль члена ACM, Ассоциация вычислительной техники
  31. ^ Победители премии RECOMB. Доступ 12 января 2014 г.
  32. ^ Победители премии Ландау за 2010 год. Архивировано 08.10.2011 в Wayback Machine (иврит). Доступ 12 января 2014 г.
  33. ^ Кафедра биоинформатики Рэймонда и Беверли Саклера, финансируемая кафедрами. Доступ 12 января 2014 г.
  34. ^ Основные докладчики Intelligent System for Molecular Biology (ISMB) , ISMB . Доступно 12 января 2014 г.