stringtranslate.com

Ординация (статистика)

Ординационный или градиентный анализ в многомерном анализе является методом, дополняющим кластеризацию данных , и используется в основном в разведочном анализе данных (а не в проверке гипотез ). В отличие от кластерного анализа, ординация упорядочивает величины в (обычно более низкоразмерном) скрытом пространстве. В пространстве ординации величины, которые находятся рядом друг с другом, имеют общие атрибуты (т. е. в некоторой степени похожи), а разнородные объекты находятся дальше друг от друга. Такие отношения между объектами на каждой из нескольких осей или скрытых переменных затем характеризуются численно и/или графически в двухмерном графике .

Первый метод ординации, анализ главных компонент , был предложен Карлом Пирсоном в 1901 году.

Методы

Методы ординации можно в целом разделить на методы, основанные на собственных векторах, алгоритмах или моделях. Многие классические методы ординации, включая анализ главных компонент, анализ соответствий (CA) и его производные ( анализ соответствий с исключенным трендом , канонический анализ соответствий и анализ избыточности ), относятся к первой группе.

Вторая группа включает в себя некоторые методы, основанные на расстоянии, такие как неметрическое многомерное шкалирование , и методы машинного обучения, такие как T-распределенное стохастическое соседнее встраивание и нелинейное снижение размерности .

Третья группа включает в себя методы ординации на основе моделей, которые можно рассматривать как многомерные расширения обобщенных линейных моделей . [1] [2] [3] [4] Методы ординации на основе моделей более гибки в своем применении, чем классические методы ординации, так что, например, можно включать случайные эффекты. [5] В отличие от вышеупомянутых двух групп, в ординации нет (неявной или явной) меры расстояния. Вместо этого необходимо указать распределение для ответов, как это типично для статистических моделей. Эти и другие предположения, такие как предполагаемое отношение среднего значения к дисперсии, могут быть проверены с использованием остаточной диагностики, в отличие от других методов ординации.

Приложения

Ординация может использоваться при анализе любого набора многомерных объектов. Она часто используется в нескольких экологических науках, в частности в экологии растительных сообществ . Она также используется в генетике и системной биологии для анализа данных микрочипов и в психометрии .

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Хуэй, Фрэнсис К.С.; Таскинен, Сара; Пледжер, Ширли; Фостер, Скотт Д.; Уортон, Дэвид И. (2015). О'Хара, Роберт Б. (ред.). «Подходы на основе моделей к неограниченной ординации». Методы в экологии и эволюции . 6 (4): 399–411. doi : 10.1111/2041-210X.12236 . ISSN  2041-210X. S2CID  62624917.
  2. ^ Уортон, Дэвид И.; Бланше, Ф. Гийом; О'Хара, Роберт Б.; Оваскайнен, Отсо; Таскинен, Сара; Уокер, Стивен К.; Хуэй, Фрэнсис К.С. (2015-12-01). «Так много переменных: совместное моделирование в экологии сообществ». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (12): 766–779. doi :10.1016/j.tree.2015.09.007. ISSN  0169-5347. PMID  26519235.
  3. ^ Йи, Томас В. (2004). «Новый метод канонической гауссовой ординации с максимальным правдоподобием». Экологические монографии . 74 (4): 685–701. doi :10.1890/03-0078. ISSN  0012-9615.
  4. ^ Хавинкель, Стейн; Керкхоф, Фредерик-Мартен; Бийненс, Люк; Это, Оливье (13 февраля 2019 г.). «Единая система для неограниченного и ограниченного упорядочения данных подсчета считываний микробиома». ПЛОС ОДИН . 14 (2): e0205474. дои : 10.1371/journal.pone.0205474 . ISSN  1932-6203. ПМК 6373939 . ПМИД  30759084. 
  5. ^ Ван дер Вин, Берт; Хуэй, Фрэнсис К.С.; Ховстад, Кнут А.; О'Хара, Роберт Б. (2023). «Параллельная ординация: одновременное неограниченное и ограниченное моделирование скрытых переменных». Методы в экологии и эволюции . 14 (2): 683–695. doi : 10.1111/2041-210X.14035 . hdl : 11250/3050891 . ISSN  2041-210X.

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки

  1. Общий
    • http://ordination.okstate.edu/ Веб-страница посвящения - Методы посвящения для экологов
    • https://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:start
    • https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-015-1744-x
  2. Конкретные методы
    • http://www.statsoft.com/textbook/stcoran.html
    • http://www.statsoft.com/textbook/stmulsca.html
    • http://www.statsoft.com/textbook/glosfra.html
    • https://link.springer.com/article/10.1007/s11192-015-1744-x Метод ранжирования статей с использованием года публикации, импакт-фактора и количества цитирований.
  3. Программное обеспечение
    • http://home. Centurytel.net/~mjm/pcordwin.htm
    • http://www.microcomputerpower.com/catalog/canoco.html
    • http://www.brodgar.com
    • http://www.VisuMap.com
    • https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vegan.pdf Пакет R для классических методов ординации
    • https://cran.r-project.org/package=seriation Пакет R для упорядочивания объектов
    • https://cran.r-project.org/web/packages/gllvm/index.html Пакет R для ординации на основе модели
    • https://cran.r-project.org/web/packages/VGAM/index.html Пакет R для ординации на основе модели
    • https://cran.r-project.org/web/packages/boral/index.html Пакет R для ординации на основе модели