stringtranslate.com

Список секвенированных геномов архей

Этот список секвенированных геномов архей содержит все известные археи , имеющие общедоступные полные последовательности генома , которые были собраны, аннотированы и помещены в общедоступные базы данных. Methanococcus jannaschii был первым археем, геном которого был секвенирован в 1996 году. [1]

В настоящее время в этом списке 39 геномов, принадлежащих видам Crenarchaeota, 105, принадлежащих Euryarchaeota, 1 геном, принадлежащий Korarchaeota и Nanoarchaeota, 3, принадлежащих Thaumarchaeota, и 1 геном, принадлежащий неклассифицированным Archaea, всего 150 геномов архей.

Кренархеота

Ацидилобалы

Десульфорококки

Сульфолобальные

Термопротеалес

Эвриархеота

Археоглоби

Галобактерии

Метанобактерии

Метанококки

Метаномикробия

Метанопири

Термококки

Термоплазматы

Неклассифицированные эвриархеоты

Корархеота

Наноархеота

Таумархеота

Ценархеальные

Нитрозопумилалес

Неклассифицированные археи

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Балт CJ, Уайт О, Олсен Г.Дж., Чжоу Л., Флейшманн Р.Д., Саттон Г.Г. и др. (август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея Methanococcus jannaschii». Наука . 273 (5278): 1058–73. Бибкод : 1996Sci...273.1058B. дои : 10.1126/science.273.5278.1058. PMID  8688087. S2CID  41481616.
  2. ^ Марданов А.В., Светличный В.А., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (август 2010 г.). «Последовательность генома кренархеона Acidilobus saccharovorans поддерживает новый порядок, Acidilobales, и предполагает важную экологическую роль в наземных кислых горячих источниках». Прикладная и экологическая микробиология . 76 (16): 5652–7. Бибкод : 2010ApEnM..76.5652M. дои : 10.1128/AEM.00599-10. ПМЦ 2918975 . ПМИД  20581186. 
  3. ^ Каварабаяси Ю., Хино Ю., Хорикава Х., Ямадзаки С., Хайкава Ю., Джин-но К. и др. (апрель 1999 г.). «Полная последовательность генома аэробного гипертермофильного кренархея Aeropyrum pernix K1». Исследование ДНК . 6 (2): 83–101, 145–52. дои : 10.1093/dnares/6.2.83 . ПМИД  10382966.
  4. ^ Равин Н.В., Марданов А.В., Белецкий А.В., Кубланов И.В., Колганова Т.В., Лебединский А.В. и др. (апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома анаэробной гипертермофильной кренархеи Desulfurococcus kamchatkensis, разлагающей белки». Журнал бактериологии . 191 (7): 2371–9. дои : 10.1128/JB.01525-08. ПМК 2655497 . ПМИД  19114480. 
  5. ^ Брюггер К., Чен Л., Старк М., Зибат А., Реддер П., Руепп А. и др. (май 2007 г.). «Геном Hyperthermus Butylicus: восстанавливающий серу, ферментирующий пептиды нейтрофильный кренархеот, растущий до 108 градусов Цельсия». Архея . 2 (2): 127–35. дои : 10.1155/2007/745987 . ПМК 2686385 . ПМИД  17350933. 
  6. ^ Подар М., Андерсон И., Макарова К.С., Элкинс Дж.Г., Иванова Н., Уолл М.А. и др. (2008). «Геномный анализ архейной системы Ignicoccus Hospitalis-Nanoarchaeum equitans». Геномная биология . 9 (11): 158 рэндов. дои : 10.1186/gb-2008-9-11-r158 . ПМК 2614490 . ПМИД  19000309. 
  7. ^ Гёкер М., Хелд Б., Лапидус А., Нолан М., Спринг С., Ясавонг М. и др. (август 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Ignisphaera agggregans (AQ1.S1)». Стандарты в геномных науках . 3 (1): 66–75. doi : 10.4056/sigs.1072907. ПМК 3035270 . ПМИД  21304693. 
  8. ^ Андерсон И., Гокер М., Нолан М., Лукас С., Хэммон Н., Дешпанде С. и др. (июль 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного хемолитоавтотрофного штамма типа Pyrolobus fumarii (1A)». Стандарты в геномных науках . 4 (3): 381–92. дои : 10.4056/sigs.2014648. ПМК 3156397 . ПМИД  21886865. 
  9. ^ Андерсон И., Вирт Р., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А., Ченг Дж. Ф. и др. (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus hellenicus P8». Стандарты в геномных науках . 5 (1): 12–20. doi : 10.4056/sig.2054696. ПМК 3236042 . ПМИД  22180806. 
  10. ^ Андерсон И.Дж., Дхармараджан Л., Родригес Дж., Хупер С., Порат И., Ульрих Л.Е. и др. (апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus marinus выявляет различия в метаболизме серы среди гетеротрофных Crenarchaeota». БМК Геномика . 10 :145. дои : 10.1186/1471-2164-10-145 . ПМЦ 2678158 . ПМИД  19341479. 
  11. ^ Спринг С., Рэйчел Р., Лапидус А., Давенпорт К., Тайс Х., Коупленд А. и др. (июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Thermosphaera agggregans (M11TL)». Стандарты в геномных науках . 2 (3): 245–59. doi : 10.4056/sig.821804. ПМК 3035292 . ПМИД  21304709. 
  12. ^ Ю XY, Лю С., Ван С.Ю., Цзян С.И., Шах С.А., Прангишвили Д. и др. (июль 2011 г.). «Геномный анализ хозяина Acidianus Hospitalis W1 для изучения жизненного цикла кренархейного вируса и плазмиды». Экстремофилы . 15 (4): 487–97. дои : 10.1007/s00792-011-0379-y. ПМК 3119797 . ПМИД  21607549. 
  13. ^ Лю LJ, Ю XY, Чжэн Х, Ван С, Цзян CY, Лю SJ (июль 2011 г.). «Полная последовательность генома Metallosphaera cuprina, археи, окисляющей сульфиды металлов, из горячего источника». Журнал бактериологии . 193 (13): 3387–8. дои : 10.1128/JB.05038-11. ПМЦ 3133273 . ПМИД  21551305. 
  14. ^ Ауэрник К.С., Маезато Ю., Блюм П.Х., Келли Р.М. (февраль 2008 г.). «Последовательность генома мобилизующей металлы и чрезвычайно термоацидофильной археи Metallosphaera sedula дает представление о метаболизме, связанном с биовыщелачиванием». Прикладная и экологическая микробиология . 74 (3): 682–92. Бибкод : 2008ApEnM..74..682A. дои :10.1128/АЕМ.02019-07. ПМК 2227735 . ПМИД  18083856. 
  15. ^ Чен Л., Брюггер К., Сковгаард М., Реддер П., Ше К., Тораринссон Э. и др. (июль 2005 г.). «Геном Sulfolobus acidocaldarius, модельного организма Crenarchaeota». Журнал бактериологии . 187 (14): 4992–9. дои : 10.1128/JB.187.14.4992-4999.2005. ПМК 1169522 . ПМИД  15995215. 
  16. ^ Аб Го Л., Брюггер К., Лю С., Шах С.А., Чжэн Х., Чжу Ю. и др. (апрель 2011 г.). «Анализ генома исландских штаммов Sulfolobus Islandicus, модельных организмов для генетических исследований и исследований взаимодействия вируса с хозяином». Журнал бактериологии . 193 (7): 1672–80. дои : 10.1128/JB.01487-10. ПМК 3067641 . ПМИД  21278296. 
  17. ^ abcdefg Рено М.Л., Хелд Н.Л., Филдс С.Дж., Берк П.В., Уитакер Р.Дж. (май 2009 г.). «Биогеография пангенома Sulfolobus Islandicus». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 106 (21): 8605–10. Бибкод : 2009PNAS..106.8605R. дои : 10.1073/pnas.0808945106 . ПМК 2689034 . ПМИД  19435847. 
  18. ^ Жобер С., Даниу С., Оберто Дж., Кортес Д., Бизе А., Крупович М. и др. (Апрель 2013). «Геномика и генетика Sulfolobus Islandicus LAL14/1, модельного гипертермофильного архея». Открытая биология . 3 (4): 130010. doi :10.1098/rsob.130010. ПМЦ 3718332 . ПМИД  23594878. 
  19. ^ Ше К., Сингх Р.К., Конфалоньери Ф., Живанович Ю., Аллард Г., Авайез М.Дж. и др. (июль 2001 г.). «Полный геном кренархеона Sulfolobus solfataricus P2». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (14): 7835–40. Бибкод : 2001PNAS...98.7835S. дои : 10.1073/pnas.141222098 . ПМК 35428 . ПМИД  11427726. 
  20. ^ Каварабаяси Ю., Хино Ю., Хорикава Х., Джин-но К., Такахаши М., Секине М. и др. (август 2001 г.). «Полная последовательность генома аэробного термоацидофильного кренархея, штамм Sulfolobus tokodaii7». Исследование ДНК . 8 (4): 123–40. дои : 10.1093/dnares/8.4.123 . ПМИД  11572479.
  21. ^ Фитц-Гиббон ​​С.Т., Ладнер Х., Ким У.Дж., Стеттер К.О., Саймон М.И., Миллер Дж.Х. (январь 2002 г.). «Последовательность генома гипертермофильной кренархеи Pyrobaculum aerophilum». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (2): 984–9. Бибкод : 2002PNAS...99..984F. дои : 10.1073/pnas.241636498 . ПМК 117417 . ПМИД  11792869. 
  22. ^ abcd "ЗОЛОТО".
  23. ^ Андерсон I, Родригес Дж., Сусанти Д., Порат I, Райх С., Ульрих Л.Е. и др. (апрель 2008 г.). «Последовательность генома Thermofilum pendens демонстрирует исключительную потерю путей биосинтеза без редукции генома». Журнал бактериологии . 190 (8): 2957–65. дои : 10.1128/JB.01949-07. ПМЦ 2293246 . ПМИД  18263724. 
  24. ^ Сиберс Б., Запарти М., Раддац Г., Тьяден Б., Альберс С.В., Белл С.Д. и др. (2011). «Полная последовательность генома Thermoproteus tenax: физиологически универсального представителя Crenarchaeota». ПЛОС ОДИН . 6 (10): e24222. Бибкод : 2011PLoSO...624222S. дои : 10.1371/journal.pone.0024222 . ПМК 3189178 . ПМИД  22003381. 
  25. ^ Марданов А.В., Гумеров В.М., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (июнь 2011 г.). «Полная последовательность генома термоацидофильного кренархеона Thermoproteus uzoniensis 768-20». Журнал бактериологии . 193 (12): 3156–7. дои : 10.1128/JB.00409-11. ПМК 3133184 . ПМИД  21478349. 
  26. ^ Мавроматис К., Сикорски Дж., Пабст Е., Тешима Х., Лапидус А., Лукас С. и др. (сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Vulcanisaeta distributa (IC-017)». Стандарты в геномных науках . 3 (2): 117–25. doi : 10.4056/sig.1113067. ПМК 3035369 . ПМИД  21304741. 
  27. ^ Гумеров В.М., Марданов А.В., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (май 2011 г.). «Полная последовательность генома штамма 768-28 Vulcanisaeta moutnovskia, нового представителя гипертермофильного кренархейного рода Vulcanisaeta». Журнал бактериологии . 193 (9): 2355–6. дои : 10.1128/JB.00237-11. ПМК 3133093 . ПМИД  21398550. 
  28. ^ Кленк Х.П., Клейтон Р.А., Томб Дж.Ф., Уайт О., Нельсон К.Э., Кетчум К.А. и др. (ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильной сульфатредуцирующей археи Archaeoglobus fulgidus». Природа . 390 (6658): 364–70. Бибкод : 1997Natur.390..364K. дои : 10.1038/37052 . ПМИД  9389475.
  29. ^ фон Ян М., Лапидус А., Дель Рио Т.Г., Коупленд А., Тайс Х., Ченг Дж.Ф. и др. (июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Archaeoglobus profundus (AV18)». Стандарты в геномных науках . 2 (3): 327–46. doi : 10.4056/sig.942153. ПМК 3035285 . ПМИД  21304717. 
  30. ^ Андерсон И., Риссо С., Холмс Д., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А. и др. (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Ferroglobus placidus AEDII12DO». Стандарты в геномных науках . 5 (1): 50–60. doi : 10.4056/sig.2225018. ПМК 3236036 . ПМИД  22180810. 
  31. ^ Ро С.В., Нам Ю.Д., Нам Ш., Чхве Ш., Пак Х.С., Бэ Дж.В. (сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Halalkalicoccus jeotgali B3 (T), чрезвычайно галофильного архея». Журнал бактериологии . 192 (17): 4528–9. дои : 10.1128/JB.00663-10. ПМЦ 2937367 . ПМИД  20601480. 
  32. ^ Лю Х, Ву З, Ли М, Чжан Ф, Чжэн Х, Хань Дж и др. (ноябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Haloarcula hispanica, модельного Haloarchaeon для изучения генетики, метаболизма и взаимодействия вируса с хозяином». Журнал бактериологии . 193 (21): 6086–7. дои : 10.1128/JB.05953-11. ПМК 3194904 . ПМИД  21994921. 
  33. ^ Балига Н.С., Бонно Р., Фаччиотти М.Т., Пан М., Глусман Г., Дойч Э.В. и др. (ноябрь 2004 г.). «Последовательность генома Haloarcula marismortui: галофильного архея из Мертвого моря». Геномные исследования . 14 (11): 2221–34. дои : 10.1101/гр.2700304. ПМК 525680 . ПМИД  15520287. 
  34. ^ Пфайффер Ф., Шустер С.С., Бройхер А., Фальб М., Палм П., Родевальд К. и др. (апрель 2008 г.). «Эволюция в лаборатории: геном штамма R1 Halobacterium salinarum по сравнению с геномом штамма NRC-1». Геномика . 91 (4): 335–46. дои : 10.1016/j.ygeno.2008.01.001 . ПМИД  18313895.
  35. ^ Нг В.В., Кеннеди С.П., Махайрас Г.Г., Берквист Б., Пан М., Шукла HD и др. (октябрь 2000 г.). «Последовательность генома видов Halobacterium NRC-1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (22): 12176–81. Бибкод : 2000PNAS...9712176N. дои : 10.1073/pnas.190337797 . ПМК 17314 . ПМИД  11016950. 
  36. ^ Цзян X, Ван С., Ченг Х, Хо Ю, Чжан Х, Чжу Х и др. (декабрь 2011 г.). «Последовательность генома Halobiforma lacisalsi AJ5, чрезвычайно галофильного архея, несущего ген bop». Журнал бактериологии . 193 (24): 7023–4. дои : 10.1128/JB.06282-11. ПМЦ 3232858 . ПМИД  22123770. 
  37. ^ Хартман А.Л., Норайс С., Бэджер Дж.Х., Дельмас С., Холденби С., Мадупу Р. и др. (март 2010 г.). Фридберг I (ред.). «Полная последовательность генома Haloferax volcanii DS2, модельного архея». ПЛОС ОДИН . 5 (3): е9605. Бибкод : 2010PLoSO...5.9605H. дои : 10.1371/journal.pone.0009605 . ПМК 2841640 . ПМИД  20333302. 
  38. ^ Малфатти С., Тиндалл Б.Дж., Шнайдер С., Фенрих Р., Лапидус А., Лабутти К. и др. (сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halogeometricum borinquense (PR3)». Стандарты в геномных науках . 1 (2): 150–9. дои : 10.4056/sig.23264. ПМК 3035229 . ПМИД  21304651. 
  39. ^ Тиндалл Б.Дж., Шнайдер С., Лапидус А., Коупленд А., Главина Дель Рио Т., Нолан М. и др. (ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halomicrobium mukohataei (arg-2)». Стандарты в геномных науках . 1 (3): 270–7. дои : 10.4056/sig.42644. ПМК 3035239 . ПМИД  21304667. 
  40. ^ Дьялл-Смит М.Л., Пфайффер Ф., Кли К., Палм П., Гросс К., Шустер СК и др. (2011). «Haloquadratum walsbyi: ограниченное разнообразие в глобальном пруду». ПЛОС ОДИН . 6 (6): e20968. Бибкод : 2011PLoSO...620968D. дои : 10.1371/journal.pone.0020968 . ПМК 3119063 . ПМИД  21701686. 
  41. ^ Болуис Х., Палм П., Венде А., Фальб М., Рампп М., Родригес-Валера Ф. и др. (июль 2006 г.). «Геном квадратного архея Haloquadratum walsbyi: жизнь в пределах активности воды». БМК Геномика . 7 : 169. дои : 10.1186/1471-2164-7-169 . ПМЦ 1544339 . ПМИД  16820047. 
  42. ^ Антунес А, Алам I, Бажич В.Б., Стингл Ю (сентябрь 2011 г.). «Последовательность генома Halorhabdus tiamatea, первого архея, выделенного из глубоководного бескислородного соленого озера». Журнал бактериологии . 193 (17): 4553–4. дои : 10.1128/JB.05462-11. ПМК 3165509 . ПМИД  21705593. 
  43. ^ Андерсон И., Тиндалл Б.Дж., Помренке Х., Гокер М., Лапидус А., Нолан М. и др. (ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома типового штамма Halorhabdus utahensis (AX-2)». Стандарты в геномных науках . 1 (3): 218–25. дои : 10.4056/sig.31864. ПМК 3035240 . ПМИД  21304660. 
  44. ^ Сондерс Э., Тиндалл Б.Дж., Фенрих Р., Лапидус А., Коупленд А., Дель Рио Т.Г. и др. (февраль 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Haloterrigena turkmenica (4k)». Стандарты в геномных науках . 2 (1): 107–16. doi : 10.4056/sig.681272. ПМК 3035258 . ПМИД  21304683. 
  45. ^ Гу Ю.А., Роуч Дж., Глусман Г., Балига Н.С., Дойч К., Пан М. и др. (январь 2004 г.). «Низкочастотное секвенирование для сравнительной геномики микробов». БМК Геномика . 5 (1): 3. дои : 10.1186/1471-2164-5-3 . ПМК 331400 . ПМИД  14718067. 
  46. ^ Фальб М., Пфайффер Ф., Палм П., Родевальд К., Хикманн В., Титтор Дж., Остерхельт Д. (октябрь 2005 г.). «Жизнь с двумя крайностями: выводы из последовательности генома Natronomonas pharaonis». Геномные исследования . 15 (10): 1336–43. дои : 10.1101/гр.3952905. ПМК 1240075 . ПМИД  16169924. 
  47. ^ Смит Д.Р., Дусетт-Стамм Л.А., Делогери С., Ли Х., Дюбуа Дж., Олдридж Т. и др. (ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома Methanobacterium thermoautotropicum deltaH: функциональный анализ и сравнительная геномика». Журнал бактериологии . 179 (22): 7135–55. дои : 10.1128/jb.179.22.7135-7155.1997. ПМК 179657 . ПМИД  9371463. 
  48. ^ Лихи С.С., Келли В.Дж., Альтерманн Э., Ронимус Р.С., Йоман С.Дж., Пачеко Д.М. и др. (январь 2010 г.). «Последовательность генома метаногена рубца Methanobrevibacter ruminantium открывает новые возможности контроля выбросов метана у жвачных животных». ПЛОС ОДИН . 5 (1): e8926. Бибкод : 2010PLoSO...5.8926L. дои : 10.1371/journal.pone.0008926 . ПМЦ 2812497 . ПМИД  20126622. 
  49. ^ Сэмюэл Б.С., Хансен Э.Э., Манчестер Дж.К., Коутиньо П.М., Хенриссат Б., Фултон Р. и др. (июнь 2007 г.). «Геномная и метаболическая адаптация Methanobrevibacter smithii к кишечнику человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (25): 10643–8. Бибкод : 2007PNAS..10410643S. дои : 10.1073/pnas.0704189104 . ПМК 1890564 . ПМИД  17563350. 
  50. ^ abcdefghijklmnopqrst Хансен Э.Э., Лозупоне К.А., Рей Ф.Е., Ву М., Гуруга Дж.Л., Нарра А. и др. (март 2011 г.). «Пангеном доминирующего архея, связанного с кишечником человека, Methanobrevibacter smithii, изученный на близнецах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (Приложение 1): 4599–606. Бибкод : 2011PNAS..108.4599H. дои : 10.1073/pnas.1000071108 . ПМК 3063581 . ПМИД  21317366. 
  51. ^ Фрике В.Ф., Зеедорф Х., Хенне А., Крюер М., Лизеганг Х., Хеддерих Р. и др. (январь 2006 г.). «Последовательность генома Methanosphaera stadtmanae показывает, почему этот человеческий кишечный архей ограничен метанолом и H2 для образования метана и синтеза АТФ». Журнал бактериологии . 188 (2): 642–58. дои : 10.1128/JB.188.2.642-658.2006. ПМЦ 1347301 . ПМИД  16385054. 
  52. ^ Лизеганг Х., Кастер А.К., Визер А., Гёнрих М., Воллхерр А., Зеедорф Х. и др. (ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Methanothermobacter marburgensis, модельного организма метаноархея». Журнал бактериологии . 192 (21): 5850–1. дои : 10.1128/JB.00844-10. ПМЦ 2953689 . ПМИД  20802048. 
  53. ^ Андерсон И., Джао О.Д., Мисра М., Чертков О., Нолан М., Лукас С. и др. (ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanothermusfervidus (V24S)». Стандарты в геномных науках . 3 (3): 315–24. дои : 10.4056/sig.1283367. ПМЦ 3035299 . ПМИД  21304736. 
  54. ^ Балт CJ, Уайт О, Олсен Г.Дж., Чжоу Л., Флейшманн Р.Д., Саттон Г.Г. и др. (август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея Methanococcus jannaschii». Наука . 273 (5278): 1058–73. Бибкод : 1996Sci...273.1058B. дои : 10.1126/science.273.5278.1058. PMID  8688087. S2CID  41481616.
  55. ^ Хендриксон Э.Л., Каул Р., Чжоу Ю., Бови Д., Чепмен П., Чунг Дж. и др. (октябрь 2004 г.). «Полная последовательность генома генетически управляемого гидрогенотрофного метаногена Methanococcus maripaludis». Журнал бактериологии . 186 (20): 6956–69. дои : 10.1128/JB.186.20.6956-6969.2004. ПМК 522202 . ПМИД  15466049. 
  56. ^ Ван X, Гринфилд П., Ли Д., Хендри П., Волк Х., Сазерленд Т.Д. (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома некультивируемого штамма Methanococcus maripaludis, извлеченная в ходе метагеномного исследования жидкостей нефтяных пластов». Журнал бактериологии . 193 (19): 5595. doi :10.1128/JB.05835-11. ПМК 3187424 . ПМИД  21914896. 
  57. ^ "Candidatus Metanoregula boonei 6A8" . http://genome.jgi-psf.org/metbo/metbo.info.html
  58. ^ Эркель С., Кубе М., Рейнхардт Р., Лисак В. (июль 2006 г.). «Геном архей рисового кластера I - основных производителей метана в ризосфере риса». Наука . 313 (5785): 370–2. Бибкод : 2006Sci...313..370E. дои : 10.1126/science.1127062. PMID  16857943. S2CID  42808519.
  59. ^ Сакаи С., Имачи Х., Ханада С., Охаши А., Харада Х., Камагата Ю. (апрель 2008 г.). «Methanocella paludicola gen. nov., sp. nov., архея, производящая метан, первый изолят линии 'Rice Cluster I' и предложение нового порядка архей Methanocellales ord. nov». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Часть 4): 929–36. дои : 10.1099/ijs.0.65571-0 . ПМИД  18398197.
  60. ^ Сакаи С., Такаки Ю., Симамура С., Секине М., Тадзима Т., Косуги Х. и др. (2011). «Последовательность генома мезофильного гидрогенотрофного метаногена Methanocella paludicola, первого культивируемого представителя отряда Methanocellales». ПЛОС ОДИН . 6 (7): e22898. Бибкод : 2011PLoSO...622898S. дои : 10.1371/journal.pone.0022898 . ПМК 3146512 . ПМИД  21829548. 
  61. ^ Лю З, Лу Ю (май 2012 г.). «Полная последовательность генома термофильного метаногена Methanocella conradii HZ254, выделенного из почвы рисового поля Китая». Журнал бактериологии . 194 (9): 2398–9. дои : 10.1128/JB.00207-12. ПМК 3347084 . ПМИД  22493204. 
  62. ^ Аллен М.А., Лауро Ф.М., Уильямс Т.Дж., Бург Д., Сиддики К.С., Де Франциски Д. и др. (сентябрь 2009 г.). «Последовательность генома психрофильной археи Methanococcoides burtonii: роль эволюции генома в адаптации к холоду». Журнал ISME . 3 (9): 1012–35. дои : 10.1038/ismej.2009.45 . ПМИД  19404327.
  63. ^ Андерсон И.Дж., Сеправска-Лупа М., Гольцман Э., Лапидус А., Коупленд А., Главина Дель Рио Т. и др. (сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма Z Methanocorpusculum labreanum». Стандарты в геномных науках . 1 (2): 197–203. дои : 10.4056/sig.35575. ПМК 3035222 . ПМИД  21304657. 
  64. ^ Андерсон И.Дж., Сеправска-Лупа М., Лапидус А., Нолан М., Коупленд А., Главина Дель Рио Т. и др. (сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома Methanoculleus marisnigri Romesser et al. 1981, типовой штамм JR1». Стандарты в геномных науках . 1 (2): 189–96. дои : 10.4056/sig.32535. ПМК 3035220 . ПМИД  21304656. 
  65. ^ "Информация - Methanohalobium evestigatum Z-7303" . Архивировано из оригинала 30 июня 2015 г. Проверено 8 марта 2012 г.
  66. ^ Спринг С., Шойнер С., Лапидус А., Лукас С., Главина Дель Рио Т., Тайс Х. и др. (декабрь 2010 г.). «Последовательность генома Methanohalophilus mahii SLP (T) выявляет различия в энергетическом метаболизме среди представителей Methanosarcinaceae, населяющих пресноводную и соленую среду». Архея . 2010 : 690737. doi : 10.1155/2010/690737 . ПМК 3017947 . ПМИД  21234345. 
  67. ^ Барбер Р.Д., Чжан Л., Харнак М., Олсон М.В., Каул Р., Ингрэм-Смит С., Смит К.С. (июль 2011 г.). «Полная последовательность генома Methanosaeta concilii, специалиста по ацетикластическому метаногенезу». Журнал бактериологии . 193 (14): 3668–9. дои : 10.1128/JB.05031-11. ПМЦ 3133334 . ПМИД  21571998. 
  68. ^ Брамбилла Э., Джао О.Д., Далиго Х., Лапидус А., Лукас С., Хаммон Н. и др. (октябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanoplanus Petroearius (SEBR 4847)». Стандарты в геномных науках . 3 (2): 203–11. doi : 10.4056/sigs.1183143 (неактивен 31 января 2024 г.). ПМК 3035365 . ПМИД  21304750. {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на январь 2024 г. ( ссылка )
  69. ^ Галаган Дж. Э., Нусбаум С., Рой А., Эндрицци М.Г., Макдональд П., ФитцХью В. и др. (апрель 2002 г.). «Геном M. acetivorans демонстрирует обширное метаболическое и физиологическое разнообразие». Геномные исследования . 12 (4): 532–42. дои : 10.1101/гр.223902. ПМК 187521 . ПМИД  11932238. 
  70. ^ Мэдер Д.Л., Андерсон И., Бреттин Т.С., Брюс Д.К., Гилна П., Хан К.С. и др. (ноябрь 2006 г.). «Геном Methanosarcina barkeri: сравнительный анализ с Methanosarcina acetivorans и Methanosarcina mazei выявляет обширные перестройки в геномах метаносарцинов». Журнал бактериологии . 188 (22): 7922–31. дои : 10.1128/JB.00810-06. ПМЦ 1636319 . ПМИД  16980466. 
  71. ^ Деппенмайер Ю, Иоганн А., Харч Т., Меркл Р., Шмитц Р.А., Мартинес-Ариас Р. и др. (июль 2002 г.). «Геном Methanosarcina mazei: доказательства латерального переноса генов между бактериями и архей». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 4 (4): 453–61. ПМИД  12125824.
  72. ^ Слесарев А.И., Межевая КВ, Макарова КС, Полушин НН, Щербинина ОВ, Шахова ВВ и др. (апрель 2002 г.). «Полный геном гипертермофила Methanopyrus kandleri AV19 и монофилия архейных метаногенов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (7): 4644–9. Бибкод : 2002PNAS...99.4644S. дои : 10.1073/pnas.032671499 . ПМЦ 123701 . ПМИД  11930014. 
  73. ^ Гаспин С., Кавайе Дж., Эраузо Дж., Бачеллери Дж. П. (апрель 2000 г.). «Архейные гомологи метилирования эукариот управляют малыми ядрышковыми РНК: уроки геномов Pyrococcus». Журнал молекулярной биологии . 297 (4): 895–906. дои : 10.1006/jmbi.2000.3593. ПМИД  10736225.
  74. ^ Мэдер Д.Л., Вайс Р.Б., Данн Д.М., Черри Дж.Л., Гонсалес Дж.М., ДиРуджеро Дж., Робб Ф.Т. (август 1999 г.). «Расхождение гипертермофильных архей Pyrococcus Furiosus и P. Horikoshii, выведенное на основе полных геномных последовательностей». Генетика . 152 (4): 1299–305. дои : 10.1093/генетика/152.4.1299. ПМЦ 1460691 . ПМИД  10430560. 
  75. ^ Каварабаяси Ю., Савада М., Хорикава Х., Хайкава Ю., Хино Ю., Ямамото С. и др. (апрель 1998 г.). «Полная последовательность и генная организация генома гипертермофильной архебактерии Pyrococcus horikoshii OT3». Исследование ДНК . 5 (2): 55–76. дои : 10.1093/dnares/5.2.55 . ПМИД  9679194.
  76. ↑ Джун X, Лупэн Л., Минджуань X, Огер П., Фэнпин W, Джеббар М., Сян X (август 2011 г.). «Полная последовательность генома облигатного пьезофильного гипертермофильного архея Pyrococcus yayanosii CH1». Журнал бактериологии . 193 (16): 4297–8. дои : 10.1128/JB.05345-11. ПМК 3147706 . ПМИД  21705594. 
  77. ^ Ваннье П., Мартейнссон В.Т., Фридьонссон О.Г., Огер П., Джеббар М. (март 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильных, пьезофильных, гетеротрофных и карбоксидотрофных архей Thermococcus barophilus MP». Журнал бактериологии . 193 (6): 1481–2. дои : 10.1128/JB.01490-10. ПМК 3067617 . ПМИД  21217005. 
  78. ^ Живанович Ю., Арменго Дж., Лагорс А., Леплат С., Герен П., Дутертр М. и др. (2009). «Анализ генома и полногеномная протеомика Thermococcus gammatolerans, самого радиорезистентного организма, известного среди архей». Геномная биология . 10 (6): 70 рандов. дои : 10.1186/gb-2009-10-6-r70 . ПМК 2718504 . ПМИД  19558674. 
  79. ^ Фукуи Т., Атоми Х., Канаи Т., Мацуми Р., Фудзивара С., Иманака Т. (март 2005 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильной археи Thermococcus kodakaraensis KOD1 и сравнение с геномами Pyrococcus». Геномные исследования . 15 (3): 352–63. дои : 10.1101/гр.3003105. ПМЦ 551561 . ПМИД  15710748. 
  80. ^ Ли Х.С., Кан С.Г., Бэ С.С., Лим Дж.К., Чо Ю., Ким Ю.Дж. и др. (ноябрь 2008 г.). «Полная последовательность генома Thermococcus onnurineus NA1 демонстрирует смешанный гетеротрофный и карбоксидотрофный метаболизм». Журнал бактериологии . 190 (22): 7491–9. дои : 10.1128/JB.00746-08. ПМК 2576655 . ПМИД  18790866. 
  81. ^ Марданов А.В., Равин Н.В., Светличный В.А., Белецкий А.В., Мирошниченко М.Л., Бонч-Осмоловская Е.А., Скрябин К.Г. (июль 2009 г.). «Метаболическая универсальность и местное происхождение археи Thermococcus sibiricus, выделенной из сибирского нефтяного резервуара, как показал анализ генома». Прикладная и экологическая микробиология . 75 (13): 4580–8. Бибкод : 2009ApEnM..75.4580M. дои : 10.1128/AEM.00718-09. ПМК 2704819 . ПМИД  19447963. 
  82. ^ Ван X, Гао Z, Сюй X, Жуань Л (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома штамма 4557 Thermococcus sp., гипертермофильного архея, выделенного из глубоководной гидротермальной зоны». Журнал бактериологии . 193 (19): 5544–5. дои : 10.1128/JB.05851-11. ПМК 3187469 . ПМИД  21914870. 
  83. ^ Огер П., Соколова Т.Г., Кожевникова Д.А., Черных Н.А., Бартлетт Д.Х., Бонч-Осмоловская Е.А., Лебединский А.В. (декабрь 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного археи Thermococcus sp. штамма AM4, способного к органотрофному росту и росту за счет гидрогеногенного или сульфидогенного окисления оксида углерода». Журнал бактериологии . 193 (24): 7019–20. дои : 10.1128/JB.06259-11. ПМЦ 3232831 . ПМИД  22123768. 
  84. ^ Аллен Э.Э., Тайсон Г.В., Уитакер Р.Дж., Деттер Дж.К., Ричардсон П.М., Банфилд Дж.Ф. (февраль 2007 г.). «Динамика генома в естественной популяции архей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (6): 1883–8. Бибкод : 2007PNAS..104.1883A. дои : 10.1073/pnas.0604851104 . ПМК 1794283 . ПМИД  17267615. 
  85. ^ Фюттерер О, Ангелов А, Лизеганг Х, Готшалк Г, Шлепер С, Шеперс Б и др. (июнь 2004 г.). «Последовательность генома Picrophilus torridus и ее значение для жизни при pH 0». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (24): 9091–6. Бибкод : 2004PNAS..101.9091F. дои : 10.1073/pnas.0401356101 . ПМК 428478 . ПМИД  15184674. 
  86. ^ Руепп А., Грамл В., Сантос-Мартинес М.Л., Коретке К.К., Волкер С., Мьюс Х.В. и др. (сентябрь 2000 г.). «Последовательность генома термоацидофильного мусорщика Thermoplasma acidophilum». Природа . 407 (6803): 508–13. Бибкод : 2000Natur.407..508R. дои : 10.1038/35035069 . ПМИД  11029001.
  87. ^ Кавасима Т., Амано Н., Койке Х., Макино С., Хигучи С., Кавасима-Охья Ю. и др. (декабрь 2000 г.). «Адаптация архей к более высоким температурам, выявленная по геномной последовательности Thermoplasma volcanium». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (26): 14257–62. Бибкод : 2000PNAS...9714257K. дои : 10.1073/pnas.97.26.14257 . ЧВК 18905 . ПМИД  11121031. 
  88. ^ Элкинс Дж.Г., Подар М., Грэм Д.Е., Макарова К.С., Вольф Ю., Рандау Л. и др. (июнь 2008 г.). «Геном корархей открывает понимание эволюции архей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (23): 8102–7. Бибкод : 2008PNAS..105.8102E. дои : 10.1073/pnas.0801980105 . ПМК 2430366 . ПМИД  18535141. 
  89. ^ Уотерс Э., Хон М.Дж., Ахель И., Грэм Д.Э., Адамс М.Д., Барнстед М. и др. (октябрь 2003 г.). «Геном Nanoarchaeum equitans: понимание ранней эволюции архей и производного паразитизма». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (22): 12984–8. Бибкод : 2003PNAS..10012984W. дои : 10.1073/pnas.1735403100 . ПМК 240731 . ПМИД  14566062. 
  90. ^ Халлам С.Дж., Константинидис К.Т., Патнэм Н., Шлепер С., Ватанабэ Ю., Сугахара Дж. и др. (ноябрь 2006 г.). «Геномный анализ некультивируемого морского кренархеота Cenarchaeum symbiosum». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (48): 18296–301. Бибкод : 2006PNAS..10318296H. дои : 10.1073/pnas.0608549103 . ПМЦ 1643844 . ПМИД  17114289. 
  91. ^ Блейни ПК, Мозье AC, Потанина А, Фрэнсис CA, Quake SR (февраль 2011 г.). «Геном археи, окисляющей аммиак, с низкой соленостью, определенный с помощью одноклеточного и метагеномного анализа». ПЛОС ОДИН . 6 (2): e16626. Бибкод : 2011PLoSO...616626B. дои : 10.1371/journal.pone.0016626 . ПМК 3043068 . ПМИД  21364937. 
  92. ^ Уокер CB, де ла Торре JR, Клотц М.Г., Уракава Х., Пинель Н., Арп DJ и др. (май 2010 г.). «Геном Nitrosopumilus maritimus раскрывает уникальные механизмы нитрификации и автотрофии у глобально распространенных морских кренархей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (19): 8818–23. Бибкод : 2010PNAS..107.8818W. дои : 10.1073/pnas.0913533107 . ПМЦ 2889351 . ПМИД  20421470. 

Внешние ссылки