Минимальные информационные стандарты — это наборы руководств и форматов для представления данных, полученных с помощью конкретных высокопроизводительных методов. Их цель — гарантировать, что данные, полученные с помощью этих методов, могут быть легко проверены, проанализированы и интерпретированы более широким научным сообществом . В конечном счете, они облегчают передачу данных из журнальных статей (неструктурированные данные) в базы данных (структурированные данные) в форме, которая позволяет извлекать данные из нескольких наборов данных. Минимальные информационные стандарты доступны для самых разных типов экспериментов, включая микрочипы ( MIAME ), РНКсек ( MINSEQE ), метаболомику (MSI) и протеомику ( MIAPE ). [1]
Минимальные стандарты информации обычно состоят из двух частей. Во-первых, есть набор требований к отчетности, обычно представленных в виде таблицы или контрольного списка. Во-вторых, есть формат данных. Информацию об эксперименте необходимо преобразовать в соответствующий формат данных для ее отправки в соответствующую базу данных. В случае MIAME формат данных предоставляется в формате электронной таблицы (MAGE-TAB). Некоторые сообщества, которые поддерживают минимальные стандарты информации, также предоставляют инструменты, помогающие исследователям-экспериментаторам аннотировать свои данные. [1]
Индивидуальные минимальные стандарты информации вводятся сообществами междисциплинарных специалистов, сосредоточенных на проблематике конкретного метода, используемого в экспериментальной биологии. Затем стандарты предоставляют спецификации того, какая информация об экспериментах ( метаданные ) имеет решающее значение и важна для сообщения вместе с полученными данными, чтобы сделать их всеобъемлющими. [2] [3] Необходимость в этой стандартизации в значительной степени обусловлена разработкой высокопроизводительных экспериментальных методов, которые предоставляют огромные объемы данных. Разработка минимальных стандартов информации различных методов с 2008 года гармонизируется проектом «Минимальная информация о биомедицинском или биологическом исследовании» (MIBBI). [4]
MIAPPE — это открытый, поддерживаемый сообществом проект по гармонизации данных экспериментов по фенотипированию растений. MIAPPE включает в себя как концептуальный контрольный список метаданных, необходимых для адекватного описания эксперимента по фенотипированию растений.
Эти руководящие принципы, опубликованные в 2009 году, легли в основу требований многих журналов при представлении данных QPCR. К сожалению, они не соблюдаются в достаточной степени. [5]
Minimum Information About a Microarray Experiment (MIAME) [3] описывает Minimum Information About a Microarray Experiment, которая необходима для однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциального воспроизведения эксперимента, и направлена на содействие распространению данных экспериментов с микрочипами. Она была опубликована FGED Society в 2001 году и стала первым опубликованным минимальным информационным стандартом для высокопроизводительных экспериментов в области естественных наук.
MIAME содержит ряд расширений для охвата конкретных биологических доменов, включая MIAME-env, MIAME-nut и MIAME-tox, охватывающих геномику окружающей среды, геномику питания и токсогеномику соответственно.
Электрофизиология — это технология, используемая для изучения электрических свойств биологических клеток и тканей. Электрофизиология обычно включает измерения изменения напряжения или электрического тока в самых разных масштабах от отдельных белков ионного канала до целых тканей. Этот документ представляет собой отдельный модуль, как часть семейства руководящих документов по отчетности «Минимальная информация о нейробиологическом исследовании» (MINI), созданных в ходе консультаций с сообществом и постоянно доступных для общественного обсуждения. Модуль MINI представляет собой минимальную информацию, которая должна быть сообщена о наборе данных для облегчения вычислительного доступа и анализа, чтобы позволить читателю интерпретировать и критически оценивать выполненные процессы и полученные выводы, а также поддерживать их экспериментальное подтверждение. На практике модуль MINI включает контрольный список информации, которая должна быть предоставлена (например, об используемых протоколах) при описании набора данных для публикации. Полную спецификацию модуля MINI можно найти здесь. [6]
Минимальная информация об эксперименте РНК-интерференции (MIARE) — это руководство по представлению данных , в котором описывается минимальная информация, которая должна быть представлена об эксперименте РНК-интерференции для обеспечения однозначной интерпретации и воспроизведения результатов.
Достижения в области геномики и функциональной геномики позволили проводить крупномасштабные анализы функций генов и белков с помощью высокопроизводительных клеточных биологических анализов. Таким образом, клетки в культуре могут быть нарушены in vitro, а индуцированные эффекты зарегистрированы и проанализированы. Возмущения могут быть вызваны несколькими способами, например, молекулами (siRNA, экспрессионными конструкциями, небольшими химическими соединениями, лигандами для рецепторов и т. д.), через экологические стрессы (такие как температурный сдвиг, сывороточное голодание, кислородная недостаточность и т. д.) или их комбинациями. Клеточные ответы на такие возмущения анализируются с целью выявления молекулярных событий в рассматриваемых биологических процессах и понимания биологических принципов. Мы предлагаем Минимальную информацию о клеточном анализе (MIACA) для сообщения о клеточном анализе и CA-OM, модульную модель объекта клеточного анализа, для упрощения обмена данными и сопутствующей информацией, а также для сравнения и интеграции данных, которые исходят из разных, хотя и взаимодополняющих подходов, и для выяснения принципов более высокого порядка. Документы, описывающие MIACA, доступны и содержат дополнительную информацию, а также контрольный список терминов, которые следует сообщать.
Документы Minimum Information About a Proteomic Experiment описывают информацию, которая должна быть предоставлена вместе с протеомным экспериментом. В исходном документе описываются процессы и принципы, лежащие в основе разработки серии документов, специфичных для домена, которые теперь охватывают все аспекты рабочего процесса протеомики на основе MS.
Этот документ был разработан и поддерживается рабочим направлением «Молекулярное взаимодействие» HUPO-PSI (www.psidev.info) и описывает минимальную информацию об эксперименте по молекулярному взаимодействию.
«Минимальная информация о реагенте для определения аффинности белка» была разработана и поддерживается рабочей группой по молекулярному взаимодействию HUPO-PSI (www.psidev.info) совместно с HUPO Antibody Initiative и Европейским консорциумом производителей связующих веществ и направлена на то, чтобы побудить пользователей улучшить свое описание связывающих реагентов, таких как антитела, используемых в процессе идентификации белков.
The Minimum Information About a Bioactive Entity был подготовлен представителями как крупных фармацевтических компаний, так и академических кругов, которые стремятся улучшить описание обычно небольших молекул, которые связываются с определенными мишенями в живом организме и потенциально модулируют их активность. Этот документ охватывает молекулы, подобные лекарствам, а также гербициды, пестициды и пищевые добавки. Он в основном поддерживается через программу EMBL-EBI Industry (www.ebi.ac.uk/industry).
Данная спецификация разрабатывается Консорциумом по геномным стандартам.
Минимальная информация об эксперименте по проточной цитометрии (MIFlowCyt) — это стандарт, относящийся к проточной цитометрии , который устанавливает критерии для записи информации об экспериментальном обзоре, образцах, инструментах и анализе данных. [2] Он способствует последовательному аннотированию клинических, биологических и технических вопросов, связанных с экспериментом по проточной цитометрии . [2] [7] [8]
Критерии минимальной информации о филогенетическом анализе были описаны в 2006 году. [9]
Проект MIRAGE поддерживается и координируется Институтом Бейльштейна с целью разработки руководящих принципов обработки данных в исследованиях гликомики [1] [10] [11]
Минимальная информация, необходимая для аннотации моделей ( MIRIAM ) — это набор правил для курирования и аннотации количественных моделей биологических систем.
«Минимальная информация об имитационном эксперименте» ( MIASE ) — это попытка стандартизировать описание имитационных экспериментов в области системной биологии.
Стандарты представления данных по энзимологии ( STRENDA ) — это инициатива, которая специально фокусируется на разработке руководящих принципов представления (описания метаданных) результатов экспериментов по энзимологии с целью повышения качества данных по энзимологии, публикуемых в научной литературе.