stringtranslate.com

Эукариотическая малая рибосомальная субъединица (40S)

Эукариотическая малая рибосомальная субъединица ( 40S ) является меньшей субъединицей эукариотических 80S рибосом , а другим основным компонентом является большая рибосомальная субъединица (60S) . Названия «40S» и «60S» происходят из соглашения, согласно которому рибосомные частицы обозначаются в соответствии с их коэффициентами седиментации в единицах Сведберга . Она структурно и функционально связана с 30S субъединицей 70S прокариотических рибосом . [1] [2] [3] [4] [5] Однако субъединица 40S намного больше, чем прокариотическая 30S субъединица, и содержит много дополнительных белковых сегментов, а также сегментов расширения рРНК.

Функция

Субъединица 40S содержит декодирующий центр, который контролирует комплементарность тРНК и мРНК при трансляции белка. Это крупнейший компонент нескольких комплексов инициации трансляции, включая комплексы преинициации 43S и 48S (PIC), связанный несколькими эукариотическими факторами инициации , включая eIF1 , eIF1A и eIF3 . [6] Рибосомальная субъединица 40S также прочно связана с IRES HCV, образуя бинарный комплекс, опосредованный взаимодействиями белок-мРНК и рРНК-мРНК. [7] Более подробную информацию можно найти в статьях о рибосоме , эукариотической рибосоме (80S) и статье о трансляции белка .

Общая структура

Форму малой субъединицы можно разделить на два больших сегмента: голову и тело. Характерные черты тела включают левую и правую ноги, плечо и платформу. Голова имеет заостренный выступ, напоминающий клюв птицы. мРНК связывается в щели между головой и телом, и есть три сайта связывания для тРНК , A-сайт, P-сайт и E-сайт (подробнее см. статью о трансляции белков ). Ядро субъединицы 40S образовано рибосомной РНК 18S (сокращенно 18S рРНК), которая гомологична прокариотической 16S рРНК . Это ядро ​​рРНК украшено десятками белков. На рисунке «Кристаллическая структура эукариотической рибосомной субъединицы 40S из T. thermophila » ядро ​​рибосомной РНК представлено в виде серой трубки, а сегменты расширения показаны красным. Белки, гомологи которых есть у эукариот, архей и бактерий, показаны синими лентами. Белки, общие только для эукариот и архей, показаны оранжевыми лентами, а белки, специфичные для эукариот, показаны красными лентами.

Кристаллическая структура эукариотической рибосомальной субъединицы 40S из T. thermophila
  • визуализация кристаллической структуры
    Субъединица 40S , вид со стороны интерфейса субъединицы, идентификатор PDB 2XZM
  • визуализация кристаллической структуры
    Субъединица 40S , вид со стороны, открытой растворителю, идентификатор PDB 2XZM

40S рибосомальные белки

Таблица «40S рибосомальные белки» показывает отдельные белковые складки субъединицы 40S, окрашенные в зависимости от сохранения. Белки, гомологи которых имеются у эукариот, архей и бактерий (EAB), показаны синими лентами. Белки, общие только для эукариот и архей (EA), показаны оранжевыми лентами, а белки, специфичные для эукариот (E), показаны красными лентами. Специфичные для эукариот расширения консервативных белков, варьирующиеся от нескольких остатков или петель до очень длинных альфа-спиралей и дополнительных доменов, выделены красным цветом. [2] Подробности см. в статье об эукариотической рибосоме . Исторически для рибосомальных белков использовались разные номенклатуры. Например, белки нумеровались в соответствии с их миграционными свойствами в экспериментах по гель-электрофорезу. Поэтому разные названия могут относиться к гомологичным белкам из разных организмов, в то время как одинаковые названия не обязательно обозначают гомологичные белки. Таблица «40S рибосомальные белки» содержит перекрестные ссылки на названия человеческих рибосомальных белков с дрожжевыми, бактериальными и архейными гомологами. [8] Дополнительную информацию можно найти в базе данных генов рибосомальных белков (RPG). [8]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ 40S+Ribosomal+Subunits в рубриках медицинских предметов Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)
  2. ^ ab Rabl, J; Leibundgut, M; Ataide, SF; Haag, A; Ban, N (февраль 2011 г.). «Кристаллическая структура эукариотической 40S рибосомальной субъединицы в комплексе с фактором инициации 1». Science . 331 (6018): 730–736. Bibcode :2011Sci...331..730R. doi :10.1126/science.1198308. hdl : 20.500.11850/153130 . PMID  21205638. S2CID  24771575.
  3. ^ Бен-Шем, А; Гарро; де Лубресс, Н; Мельников, С; Дженнер, Л; Юсупова, Г; Юсупов, М (декабрь 2011 г.). «Структура эукариотической рибосомы при разрешении 3,0 Å». Science . 334 (6062): 1524–1529. Bibcode :2011Sci...334.1524B. doi : 10.1126/science.1212642 . PMID  22096102. S2CID  9099683.
  4. ^ Уимберли, Британская Колумбия; Бродерсен, Делавэр; Клемонс, В.М. младший; Морган-Уоррен, Р.Дж.; Картер, AP; Фонрейн, К; Хартч, Т; Рамакришнан, В. (сентябрь 2000 г.). «Структура рибосомальной субъединицы 30S». Природа . 407 (6802): 327–339. Бибкод : 2000Natur.407..327W. дои : 10.1038/35030006. PMID  11014182. S2CID  4419944.
  5. ^ Schmeing, TM; Ramakrishnan, V (октябрь 2009 г.). «Что недавние структуры рибосомы выявили о механизме трансляции». Nature . 461 (7268): 1234–1242. Bibcode :2009Natur.461.1234S. doi :10.1038/nature08403. PMID  19838167. S2CID  4398636.
  6. ^ Aitken, Colin E.; Lorsch, Jon R. (2012). «Механистический обзор инициации трансляции у эукариот». Nat. Struct. Mol. Biol . 19 (6): 568–576. doi :10.1038/nsmb.2303. PMID  22664984. S2CID  9201095.
  7. ^ Lytle JR, Wu L, Robertson HD (август 2002 г.). «Домены на внутреннем участке входа рибосомы вируса гепатита С для связывания субъединицы 40s». РНК . 8 (8): 1045–1055. doi :10.1017/S1355838202029965. PMC 1370315 . PMID  12212848. 
  8. ^ abc Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: база данных генов рибосомальных белков". Nucleic Acids Res . 32 (выпуск базы данных): D168–70. doi :10.1093/nar/gkh004. PMC 308739. PMID  14681386 . 
  9. ^ Структура «T. thermophila», белки из структур большой субъединицы PDBS 417, 4A19 и малой субъединицы PDB 2XZM
  10. ^ Номенклатура согласно базе данных генов рибосомальных белков применяется к H. sapiens и T. thermophila.
  11. ^ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragon, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquin; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). «Новая система наименования рибосомальных белков». Current Opinion in Structural Biology . 24. Elsevier BV: 165–169. doi :10.1016/j.sbi.2014.01.002. hdl : 11603/14279 . ISSN  0959-440X. PMC 4358319 . PMID  24524803. 
  12. ^ EAB означает сохраняющийся у эукариот, архей и бактерий, EA означает сохраняющийся у эукариот и архей, а E означает белок, специфичный для эукариот.
  13. ^ Традиционно рибосомальные белки именовались в соответствии с их кажущейся молекулярной массой в гель-электрофорезе, что привело к различным названиям гомологичных белков из разных организмов. RPG предлагает единую номенклатуру для генов рибосомальных белков на основе гомологии.

Внешние ссылки