Первоначально Суд Африканского союза планировался как «главный судебный орган» Африканского союза ( Протокол Суда Африканского союза , статья 2.2) с полномочиями выносить решения по спорам о толковании договоров АС. Однако Суд так и не появился, поскольку Африканский союз решил, что он должен быть объединен с Африканским судом по правам человека и народов, чтобы сформировать новый суд: Африканский суд по правам человека (ACJHR). В основе этого решения лежала обеспокоенность растущим числом учреждений АС, которые АС не мог себе позволить содержать. [1]
Протокол о создании Суда был принят в 2003 году и вступил в силу в 2009 году. Однако он был заменен протоколом о создании Африканского суда по правам человека.
Протокол об объединении был принят на 11-м саммите Африканского союза в июле 2008 года. Объединенный суд будет базироваться в Аруше, Танзания .