С периода Сэнгоку до периода Адзути-Момояма провинцией Ямато правил Цуцуи Дзюнкэй , служивший под началом Оды Нобунаги , но после смерти Дзюнкэя Тоётоми Хидэёси , взявший под контроль страну, отправил преемника Дзюнкэя Цуцуи Садацугу в Ига. Он передал территорию Уэно и отдал Ямато своему младшему брату Хидэнаге вместо него. Хидэнага дал своему вассалу Хонде Тосихисе 15 000 коку Такатори, и Тосихиса работал над улучшением и расширением [1] замка Такатори . Хонда Тосимаса, сменивший Тосихису, служил Хидэёси после смерти Хидэнаги, но в [2] битве при Сэкигахара он встал на сторону восточной армии и храбро сражался против западной армии, которая атаковала Ямато, и был награжден 20 000 иен за свою военную службу. Сумма была увеличена до 5000 коку (по другой теории, она составляла 30 000 коку). Также клан Хонда Овари не имеет кровного родства с кланом Хонда, включая Хонду Тадакацу и Хонду Масанобу .
Хонда Масатаке, сын Хонды Тосимасы, который стал его преемником, был искусным игроком в го и вышел победителем в матче Го Хонинбо в 1610 году. Он также продемонстрировал свою военную доблесть, служа на стороне Токугава во время [4] осады Осаки и активно участвуя в реставрации и строительстве замка Осаки и Великой пагоды на горе Коя. К сожалению, он скончался, не оставив наследника в 1637 году, что привело к угасанию клана Хонда на значительный период времени. Затем управление замком было поручено Куваяме Ичигену (владение Ямато-Синдзё) и Коиде Ёсичике (владение Тамба Сонобэ). После упадка мужской линии клана Уэмура при Уэмуре Иэтаке, все три феодала к концу периода Эдо были усыновлены из других семей. Среди них Уэмура Иэясу, 13-й лорд домена, достиг выдающихся успехов в охране вод около Осаки и подавлении восстания Тэнтю-гуми. Он также играл активную роль в защите Киото. Однако под влиянием Танисандзана клан Уэмура испытывал большое уважение к королю и, следовательно, поддерживал правительственную армию во время войны Босин , охраняя императорский дворец в Киото . Впоследствии, в сотрудничестве с Одой Нагаёси, лордом Ямато Сибамура, они подавили территорию бывшего сёгуната в Ямато. Последний даймё, Уэмура Иэхиро, стал тиханом из-за восстановления права собственности на землю Мэйдзи в июне 1869 года. В 1871 году, когда домен был упразднен и были созданы префектуры, он ушел с поста губернатора домена, что привело к роспуску домена Такатори. После этого Такатори был включен в префектуру Нара через префектуру Такатори.