Trans -Proteomic Pipeline ( TPP ) — это программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа данных в протеомике, разработанное в Институте системной биологии (ISB) группой Руди Эберсольда в Сиэтлском протеомном центре. TPP включает PeptideProphet, [2] ProteinProphet, [3] ASAPRatio, XPRESS и Libra.
Компоненты программного обеспечения
Назначение и проверка вероятности
PeptideProphet выполняет статистическую проверку совпадений пептидных спектров (PSM) с использованием результатов поисковых систем, оценивая частоту ложных обнаружений (FDR) на уровне PSM. [4] Первоначальный PeptideProphet использовал подгонку гауссовского распределения для правильной идентификации и подгонку гамма-распределения для неправильной идентификации. Более поздняя модификация программы позволила использовать подход «цель-приманка», используя либо модель смеси переменных компонентов, либо полупараметрическую модель смеси. [5] В PeptideProphet указание тега-приманки будет использовать модель смеси переменных компонентов, а выбор непараметрической модели будет использовать полупараметрическую модель смеси.
ProteinProphet идентифицирует белки на основе результатов PeptideProphet. [6]
Mayu выполняет статистическую проверку идентификации белка, оценивая частоту ложных срабатываний (FDR) на уровне белка. [7]
Обработка спектральной библиотеки
Инструмент SpectraST способен генерировать спектральные библиотеки и выполнять поиск наборов данных с использованием этих библиотек. [8]
Смотрите также
Ссылки
- ^ Доступен релиз TPP 5.0.0
- ^ Программное обеспечение:PeptideProphet - SPCTools
- ^ Программное обеспечение:ProteinProphet - SPCTools
- ^ Келлер, А; Несвижский, А; Колкер, Э; Эберсолд, Р. (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификаций пептидов, выполненных с помощью МС/МС и поиска в базе данных». Anal Chem . 74 (20): 5383–5392. doi :10.1021/ac025747h. PMID 12403597.
- ^ Чой, Хёнвон; Гош, Дебашис; Несвижский, Алексей И. (2008). "Статистическая проверка идентификаций пептидов в крупномасштабной протеомике с использованием стратегии поиска базы данных мишеней-приманок и гибкого моделирования смесей" (PDF) . Журнал исследований протеома . 7 (1): 286–292. doi :10.1021/pr7006818. ISSN 1535-3893. PMID 18078310.
- ^ Несвижский А.И., Келлер А., Колкер Э., Эберсолд Р. (2003) «Статистическая модель для идентификации белков методом тандемной масс-спектрометрии». Anal Chem 75:4646-58
- ^ Reiter, L.; Claassen, M.; Schrimpf, SP.; Jovanovic, M.; Schmidt, A.; Buhmann, JM.; Hengartner, MO.; Aebersold, R. (ноябрь 2009 г.). «Частота ложных открытий при идентификации белков для очень больших наборов данных протеомики, полученных с помощью тандемной масс-спектрометрии». Mol Cell Proteomics . 8 (11): 2405–17. doi : 10.1074/mcp.M900317-MCP200 . PMC 2773710 . PMID 19608599.
- ^ Программное обеспечение:SpectraST - SPCTools
