stringtranslate.com

Усиленный полиморфизм длины фрагментов

Пример данных AFLP с прибора капиллярного электрофореза

Полиморфизм длин амплифицированных фрагментов ( AFLP-PCR или AFLP ) — это инструмент на основе ПЦР, используемый в генетических исследованиях, дактилоскопии ДНК и в практике генной инженерии . Разработанный в начале 1990 - х годов компанией KeyGene, [1] AFLP использует ферменты рестрикции для расщепления геномной ДНК с последующим лигированием адаптеров к липким концам рестрикционных фрагментов . Затем подмножество рестрикционных фрагментов отбирается для амплификации. Этот отбор достигается за счет использования праймеров, комплементарных адаптерной последовательности, последовательности сайта рестрикции и нескольких нуклеотидов внутри фрагментов сайта рестрикции (как подробно описано ниже). Амплифицированные фрагменты разделяют и визуализируют при денатурации с помощью электрофореза в агарозном геле либо с помощью авторадиографии , либо методом флуоресценции , либо с помощью автоматических инструментов капиллярного секвенирования.

Хотя AFLP не следует использовать в качестве аббревиатуры, его обычно называют «полиморфизмом длины амплифицированного фрагмента». Однако полученные данные оцениваются не как полиморфизмы длины, а как полиморфизмы присутствия-отсутствия. [2]

AFLP -PCR — высокочувствительный метод обнаружения полиморфизмов ДНК . Этот метод был первоначально описан Восом и Забо в 1993 году. [3] [2] Подробно процедура этого метода разделена на три этапа:

  1. Переваривание всей клеточной ДНК одним или несколькими рестрикционными ферментами и лигирование специфичных для половины сайта адаптеров рестрикции со всеми фрагментами рестрикции.
  2. Селективная амплификация некоторых из этих фрагментов с помощью двух праймеров для ПЦР, которые имеют соответствующие последовательности, специфичные для адаптера и сайта рестрикции.
  3. Электрофоретическое разделение ампликонов на гелевой матрице с последующей визуализацией рисунка полос.

Приложения

Анализ филогении AFLP с использованием дендрограммы

Технология AFLP позволяет одновременно обнаруживать различные полиморфизмы в разных регионах генома. Он также очень чувствителен и воспроизводим. В результате AFLP стал широко использоваться для идентификации генетических вариаций штаммов или близкородственных видов растений, грибов, животных и бактерий. Технология AFLP использовалась в криминальных тестах и ​​тестах на отцовство, а также для определения небольших различий внутри популяций, а также в исследованиях сцепления для создания карт для анализа локуса количественных признаков (QTL).

У AFLP есть много преимуществ по сравнению с другими маркерными технологиями, включая случайно амплифицированную полиморфную ДНК ( RAPD ), полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) и микросателлиты . AFLP не только имеет более высокую воспроизводимость, разрешение и чувствительность на уровне всего генома по сравнению с другими методами [4] , но также обладает способностью амплифицировать от 50 до 100 фрагментов одновременно. Кроме того, для амплификации не требуется никакой предварительной информации о последовательности (Meudt & Clarke 2007). [5] В результате AFLP стал чрезвычайно полезным при изучении таксонов, включая бактерии, грибы и растения, где многое еще неизвестно о геномном составе различных организмов.

Технология AFLP защищена патентами и патентными заявками компании Keygene NV. AFLP является зарегистрированной торговой маркой компании Keygene NV.

Рекомендации

  1. ^ "Keygene.com" . Проверено 10 февраля 2013 г.
  2. ^ аб Вос П., Хогерс Р., Бликер М. и др. (ноябрь 1995 г.). «AFLP: новый метод снятия отпечатков пальцев ДНК». Нуклеиновые кислоты Рез . 23 (21): 4407–14. дои : 10.1093/нар/23.21.4407. ПМК 307397 . ПМИД  7501463. 
  3. ^ Забо, М. и П. Вос. 1993. Селективная амплификация рестрикционных фрагментов: общий метод снятия отпечатков пальцев ДНК. Европейское патентное ведомство, публикация 0 534 858 А1, бюллетень 93/13.
  4. ^ Мюллер Ю.Г., Вольфенбаргер LL (октябрь 1999 г.). «Генотипирование AFLP и дактилоскопия». Тенденции Экол. Эвол . 14 (10): 389–394. CiteSeerX 10.1.1.115.2957 . дои : 10.1016/S0169-5347(99)01659-6. ПМИД  10481200. 
  5. ^ Meudt HM, Clarke AC (март 2007 г.). «Почти забытая или новейшая практика? Приложения AFLP, анализ и достижения». Тенденции растениеводства . 12 (3): 106–17. doi :10.1016/j.tplants.2007.02.001. ПМИД  17303467.

Внешние ссылки

Программное обеспечение для анализа данных AFLP

Бесплатное ПО для анализа данных AFLP

Онлайн-программы для моделирования AFLP-PCR

  1. ^ «Внимание всем пользователям GelCompar II» . 8 мая 2018 г.