stringtranslate.com

Филокод

Международный кодекс филогенетической номенклатуры , сокращенно известный как Филокод , представляет собой формальный набор правил, регулирующих филогенетическую номенклатуру . Его текущая версия специально разработана для регулирования наименования клад , оставляя управление названиями видов на усмотрение кодов номенклатуры на основе рангов ( ICN , ICNCP , ICNP , ICZN , ICVCN ).

PhyloCode связан с Международным обществом филогенетической номенклатуры (ISPN). [1] Сопутствующий том Phylonyms содержит 300 названий таксонов под PhyloCode , которые служат примерами для тех, кто не знаком с кодом. [2] RegNum — это связанная онлайн-база данных зарегистрированных названий кладов. [3]

ФилоКодекс регулирует филогенетическую номенклатуру, предоставляя правила для решения того, какие ассоциации названий и определений считаются установленными, [4] какие из них будут считаться омонимами [5] или синонимами, [ 6] и какой из набора синонимов или омонимов будет считаться считается принятым (обычно тот, который зарегистрирован первым; см. ниже). Филокод регулирует наименование только клад [7] , а не парафилетических или полифилетических групп , и позволяет использовать только образцы , виды и апоморфии в качестве спецификаторов (якорей). [8]

Филогенетическая номенклатура

В отличие от номенклатурных кодов на основе рангов ( ICN , ICZN , ICNB ), PhyloCode не требует использования рангов , хотя и допускает их использование. [9] [10] Коды на основе рангов определяют таксоны с использованием ранга (например , род , семейство и т. д.) и, во многих случаях, типового экземпляра или типового субтаксона . Точное содержание таксона, кроме типа, не определяется ранговыми кодами.

Напротив, в филогенетической номенклатуре содержание таксонов разграничивается с использованием определения, основанного на филогении (т. е. происхождения и происхождения) и использующего спецификаторы (например, виды, образцы, апоморфии) для обозначения реальных организмов . Формула определения указывает на предка. Таким образом, определяемый таксон — это этот предок и все его потомки. Таким образом, содержание филогенетически определенного таксона опирается на филогенетическую гипотезу.

Ниже приведены примеры типов филогенетического определения (заглавные буквы обозначают спецификаторы): [11]

Возможны и другие типы определений, принимая во внимание не только филогенетические отношения и апоморфии организмов, но также то, существуют ли родственные организмы или нет .

В следующей таблице приведены примеры филогенетических определений клад, которые также имеют ранги в традиционной номенклатуре. Когда все спецификаторы в определении на основе узлов являются существующими экземплярами или видами, как в следующем определении млекопитающих, определяется группа кроны . (Традиционное определение млекопитающих менее строгое и включает некоторые ископаемые группы за пределами группы кроны.) [12]

Версии

PhyloCode претерпел несколько изменений. По состоянию на ноябрь 2023 года актуальная версия — 6, выпущенная на сайте 8 июня 2020 года.

Организация

Как и другие номенклатурные кодексы, правила Филокода организованы в виде статей, которые, в свою очередь, организованы в виде глав. Каждая статья также может содержать примечания, примеры и рекомендации.

Оглавление

Регистрационная база данных

После реализации PhyloCode будет связан с регистрационной базой данных под названием RegNum, в которой будут храниться все имена и определения клад, которые будут считаться приемлемыми. [13] Есть надежда, что это предоставит общедоступный инструмент для связи названий клад с определениями, которые затем можно будет связать с наборами подтаксонов или образцов через базы данных филогенетических деревьев (такие как TreeBASE ).

Однако, как планируется в настоящее время, наиболее важным использованием RegNum будет решение о том, какой из ряда синонимов или омонимов будет считаться принятым: тот, который имеет наименьший регистрационный номер, за исключением случаев сохранения.

История

(Сокращено из предисловия к PhyloCode . [14] ).

PhyloCode вырос из семинара в Гарвардском университете в августе 1998 года, на котором были приняты решения о его масштабах и содержании. Многие участники семинара, а также несколько других людей, которые впоследствии присоединились к проекту, выступали в качестве консультативной группы. В апреле 2000 года проект был опубликован в Интернете , и у научного сообщества были запрошены комментарии.

Второй семинар прошел в Йельском университете в июле 2002 года, на котором были внесены некоторые изменения в правила и рекомендации PhyloCode . Время от времени вносились и другие изменения.

В Первом международном совещании по филогенетической номенклатуре, которое проходило с 6 по 9 июля 2004 г. в Париже , Франция , приняли участие около 70 биологов -систематиков и эволюционистов из 11 стран. [15] Это была первая открытая многодневная конференция, полностью посвященная филогенетической номенклатуре, и она предоставила место для открытия новой ассоциации, Международного общества филогенетической номенклатуры (ISPN). Члены ISPN избирают Комитет по филогенетической номенклатуре (CPN), который взял на себя роль консультативной группы, курировавшей ранние этапы разработки Филокода.

Второе Международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 28 июня 2006 г. по 2 июля 2006 г. в Йельском университете ( Нью-Хейвен , Коннектикут , США). [16]

Третье Международное совещание по филогенетической номенклатуре проходило с 21 по 22 июля 2008 г. в Университете Далхаузи ( Галифакс , Новая Шотландия , Канада). [17]

PhyloCode вступил в силу с публикацией сопутствующего тома Phylonyms в 2020 году. [18]

Влияния

Теоретическая основа Филокода была разработана в серии статей де Кейро и Готье , [19] [20] [21] , что было предвосхищено более ранними предположениями о том, что название таксона может быть определено путем ссылки на часть филогенетического дерева . . [22] [23]

Везде, где это было возможно, авторы PhyloCode использовали проект BioCode [24] , который пытался объединить ранговый подход в единый код, в качестве модели. Таким образом, организация Филокода , некоторая его терминология и формулировки некоторых правил заимствованы из Биокода . Другие правила выводятся из одного или нескольких ранговых кодов, в частности ботанических [25] [26] [27] и зоологических [28] [29] кодов. Однако многие правила Филокода не имеют аналогов ни в одном кодексе, основанном на таксономических рангах, из-за фундаментальных различий в дефиниционных основах альтернативных систем. Обратите внимание, что Филокод не регулирует названия видов, правила доступности, типизации и т. д. которых по-прежнему регулируются необходимым традиционным Кодексом номенклатуры.

Будущее

Филокод вызывает споры и вызвал резкую критику со стороны некоторых систематиков. [30] Несмотря на то, что PhyloCode был открыт несколько десятилетий назад, число сторонников широкого внедрения PhyloCode все еще невелико, а публикация литературы по PhyloCode застопорилась в середине 2010-х годов, [31] прежде чем ускориться после публикации Phylonyms в 2020 году и запуска Бюллетеня филогенетической номенклатуры, который представляет собой журнал, посвященный публикации номенклатурных актов (особенно определений названий таксонов), действительных в соответствии с Филокодом . [32] [33] Чтобы быть действительными в соответствии с PhyloCode, названия таксонов и связанные с ними определения должны быть зарегистрированы в базе данных RegNum.

Список опубликованной критики PhyloCode можно найти на веб-сайте ISPN, как и список опровержений.

Рекомендации

  1. ^ "Международное общество филогенетической номенклатуры (веб-сайт)" . Phylonames.org . Проверено 7 июля 2010 г.
  2. ^ Лорин, М.; Брайант, Х.Н. (2009). «Третье заседание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Зоологика Скрипта . 38 (3): 333–337. дои : 10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x. S2CID  221171579.
  3. ^ "РегНум". Музей Флориды . Проверено 4 апреля 2019 г. .
  4. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Глава II. Публикация». Огайо.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  5. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - статья 13: Омонимия». ohiou.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  6. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b, статья 14: Синонимия». Огайо.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  7. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Правило 1.1» . Огайо.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  8. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Статья 11. Спецификаторы и уточняющие положения» . Огайо.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  9. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Статья 3. Иерархия и ранг» . Огайо.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  10. ^ Однако обратите внимание, что PhyloCode не позволяет названию таксона изменяться при изменении его ранга, в то время как коды на основе ранга требуют этого, по крайней мере, для некоторых названий.
  11. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Статья 9. Общие требования к установлению кладовых названий» . Огайо.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  12. ^ Андерсон, Джейсон С. (2002). «Использование известных имен в филогенетической номенклатуре: ответ Лорину». Систематическая биология . 51 (5): 822–827. дои : 10.1080/10635150290102447 . ПМИД  12396594.
  13. ^ «Филокод: статья 8» .
  14. ^ «Международный кодекс филогенетической номенклатуры, версия 4b - Предисловие» . Огайо.edu . Проверено 7 июля 2010 г.
  15. ^ Лорин, М.; П.Д. Кантино (2004). «Первое международное совещание по филогенетической номенклатуре: отчет». Зоол. Скр . 33 (5): 475–479. дои : 10.1111/j.0300-3256.2004.00176.x. S2CID  86552807.
  16. ^ Лорин, М.; П.Д. Кантино (2007). «Второе заседание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Зоол. Скр . 36 : 109–117. дои : 10.1111/j.1463-6409.2006.00268.x. S2CID  222198538.
  17. ^ Лорин, М.; Брайант, HN (май 2009 г.). «Третье заседание Международного общества филогенетической номенклатуры: отчет». Зоологика Скрипта . 38 (3): 333–337. дои : 10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x. S2CID  221171579.
  18. ^ де Кейроз. К., Кантино. П.Д., Готье. JA ред. (2020). Филонимы: дополнение к Филокоду . CRC Press Бока-Ратон, Флорида
  19. ^ де Кейроз, К.; Ж. Готье (1990). «Филогения как центральный принцип систематики: филогенетические определения названий таксонов». Сист. Зоол . Общество биологов-систематиков. 39 (4): 307–322. дои : 10.2307/2992353. JSTOR  2992353.
  20. ^ де Кейроз, К.; Ж. Готье (1992). «Филогенетическая систематика». Анну. Преподобный Экол. Сист . 23 : 449–480. doi : 10.1146/annurev.es.23.110192.002313.
  21. ^ де Кейроз, К.; Ж. Готье (1994). «К филогенетической системе биологической номенклатуры». Тенденции Экол. Эвол . 9 (1): 27–31. дои : 10.1016/0169-5347(94)90231-3. ПМИД  21236760.
  22. ^ Гриффитс, компакт-диск Грэма. «Об основах биологической систематики». Acta biotheoretica 23, вып. 3–4 (1974): 85–131.
  23. ^ Гизелин, MT (1984). "«Определение», «характер» и другие двусмысленные термины». Syst. Zool . Общество биологов-систематиков. 33 (1): 104–110. doi : 10.2307/2413135. JSTOR  2413135.
  24. ^ Гройтер, В.; Д.Л. Хоксворт; Дж. Макнил; А. Мэйо; А. Минелли; ПГА Снит; Би Джей Тиндалл; П. Трехан; П. Таббс (1998). «Проект Биокода (1997 г.): перспективные международные правила научных названий организмов». Таксон . Международная ассоциация таксономии растений (IAPT). 47 (1): 127–150. дои : 10.2307/1224030. JSTOR  1224030.
  25. ^ Гройтер, В.; Ф. Р. Барри; Его Величество Бурдет; В.Г. Чалонер; В. Демулен; Д.Л. Хоксворт; премьер-министр Йоргенсен; Дж. Макнил; Д.Х. Николсон; ПК Сильва; П. Трехан (1994). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Токийский кодекс) . Koeltz Scientific Books, Кенигштайн, Германия. ISBN 1-878762-66-4.
  26. ^ Гройтер, В.; Ф. Р. Барри; Его Величество Бурдет; В. Демулен; Т. С. Филгейрас; Д.Л. Хоксворт; Дж. Макнил; Д.Х. Николсон; ПК Сильва; Дж. Э. Ског; П. Трехан; Нью-Джерси Терланд (2000). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Кодекс Сент-Луиса) . Koeltz Scientific Books, Кенигштайн, Германия.
  27. ^ Макнил, Дж.; Ф. Р. Барри; Его Величество Бурдет; В. Демулен; Д.Л. Хоксворт; К. Мархольд; Д.Х. Николсон; Дж. Прадо; ПК Сильва; Дж. Э. Ског; Дж. Х. Виерсема; Нью-Джерси Терланд (2006). Международный кодекс ботанической номенклатуры (Венский кодекс) . Гантнер, Руггель, Лихтенштейн. ISBN 3-906166-48-1.
  28. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1985). Международный кодекс зоологической номенклатуры (3-е изд.). Международный фонд зоологической номенклатуры. ISBN 0-85301-006-4.
  29. ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1999). Международный кодекс зоологической номенклатуры (4-е изд.). Международный фонд зоологической номенклатуры. ISBN 0-85301-006-4.
  30. ^ Никсон, Кевин С.; Карпентер, Джеймс М.; Стивенсон, Деннис В. (2003). «Филокод имеет фатальные недостатки, и «линнеевскую» систему можно легко исправить». Ботаническое обозрение . 69 (1): 111–120. doi :10.1663/0006-8101(2003)069[0111:TPIFFA]2.0.CO;2 . Проверено 12 февраля 2024 г.
  31. ^ Брауэр, Эндрю В.З. (2020). «Мертв по прибытии: посмертная оценка «филогенетической номенклатуры», более 20 лет спустя». Кладистика . 36 (6): 627–637. дои : 10.1111/cla.12432 . S2CID  224927279 . Проверено 19 августа 2021 г.
  32. ^ Кейруш, Кевин Де; Кантино, Филип Д.; Готье, Жак А. (27 мая 2020 г.). Филонимы: дополнение к Филокоду. ISBN 9781138332935.
  33. ↑ Лорен, Мишель (3 августа 2023 г.). Появление PhyloCode: продолжающаяся эволюция биологической номенклатуры. ЦРК Пресс. ISBN 978-1-003-09282-7.

Литература

Внешние ссылки