stringtranslate.com

Аманда М. Халс-Кемп

Аманда М. Халс-Кемп — вычислительный биолог из Министерства сельского хозяйства США — Службы сельскохозяйственных исследований . Она работает в Исследовательском подразделении геномики и биоинформатики и находится в кампусе Университета штата Северная Каролина в Роли, Северная Каролина .

Ранний период жизни

Аманда Халс-Кемп выросла в Харрисонбурге, штат Вирджиния . [1] Она получила степень бакалавра наук в области биологии и биотехнологии животных в Университете Невады, Рино , в 2010 году. [1] [2] Халс-Кемп получила докторскую степень в 2015 году в междисциплинарной аспирантуре по генетике Техасского университета A&M , где ее научным руководителем был доктор Дэвид Стелли. [2] [3] [4] В лаборатории Стелли она координировала разработку массива CottonSNP63K, первого в своем роде для хлопка. [5] [6] Массив CottonSNP63K уже использовался для повышения эффективности характеристики ресурсов зародышевой плазмы и для выявления экономически важных генов. [1] Она и доктор Стелли также основали Международный консорциум по чипам SNP для хлопка. [6] Она завершила постдокторское исследование в Центре биотехнологии семян Калифорнийского университета в Дэвисе , где сосредоточилась на биоинформатике, развитии ресурсов и интеграции геномики и биотехнологических инструментов для улучшения селекции овощей и других культур. [3] [2] В центре она помогала в генетическом анализе перца, хлопка, томатов, кофе и шпината. [7]

Карьера

Халс-Кемп работает вычислительным биологом на стыке геномики, биотехнологии и селекции сельскохозяйственных культур. [3] Она работает в Департаменте сельского хозяйства США – Службе сельскохозяйственных исследований в Исследовательском подразделении геномики и биоинформатики. [3] В настоящее время ее исследовательская деятельность сосредоточена на использовании биоинформатики для улучшения программ селекции ARS как у растений, так и у животных. [3] Она является доцентом Министерства сельского хозяйства США в Департаменте растениеводства и почвоведения в Университете штата Северная Каролина . [8] Она сотрудничала в проекте «Геном кофе», целью которого является секвенирование Coffea arabica и изучение межсортового разнообразия. [9] Она была частью команды, стоящей за первым секвенированием генома C. arabica . [10]

Награды и публикации

Будучи аспирантом Техасского университета A&M, она получила Мемориальную премию Этель Эшворт-Цуцуи за исследования в 2014 году [11] , премию Выдающегося аспиранта Техасского университета A&M, Премию декана за выдающиеся достижения в области аспирантских исследований [1] [6] и Премию Б. Б. Сингха за диссертацию по растениеводству [12] .

Халс-Кемп является соавтором следующих публикаций:

Она была ведущим автором следующих публикаций:

Ссылки

  1. ^ abcd Техасский университет A&M (сентябрь 2015 г.). "Бюллетень по селекции растений Техасского университета A&M. Объявление о получении Аманды Халс-Кемп степени доктора философии". (PDF) . TEXAS A&M PLANT BREEDING BULLETIN . Получено 14 февраля 2020 г. .
  2. ^ abc Kaki Carl (2017-12-01). "Знакомьтесь, Аманда Халс-Кемп". Университет штата Северная Каролина . Получено 2020-02-14 .
  3. ^ abcde "Аманда Халс-Кемп". ars.usda.gov . Получено 2020-02-14 .
  4. ^ Bautista, Carol Vargas (8 ноября 2017 г.). «Бывшие студенты». Генетика в Техасском университете A&M . Получено 14 февраля 2020 г.
  5. ^ "Проект CottonSNP63K". cottongen.org . Получено 14.02.2020 .
  6. ^ abc Texas A&M University Department of Soil and Crop Sciences (май 2015 г.). "Поздравления" (PDF) . Повестка дня AGGIE . Получено 14 февраля 2020 г.
  7. ^ Центр биотехнологии семян Калифорнийского университета в Дэвисе (2017). "Годовой отчет Центра биотехнологии семян (UC Davis)" (PDF) . Годовой отчет 2017 . Получено 14 февраля 2020 .
  8. ^ "Аманда Халс-Кемп". Университет штата Северная Каролина . Получено 2020-02-14 .
  9. ^ "Люди". coffeegenome.ucdavis.edu . Получено 2020-02-14 .
  10. ^ "Геном кофе арабика секвенирован: совпадает с рождением индустрии специального кофе, выращиваемого в Калифорнии". ScienceDaily . 2017-01-13 . Получено 2020-02-14 .
  11. ^ Science, Texas A&M University-. "Science Outreach | Texas A&M University | College Station, TX". outreach.science.tamu.edu . Получено 14.02.2020 .
  12. ^ Бет Людекер (19.01.2016). "Премии департамента почвоведения и растениеводства 2015 года". soilcrop.tamu.edu . Получено 14.02.2020 .
  13. ^ Yang, Ence; Hulse, Amanda M.; Cai, James J. (2012). «Эволюционный анализ расхождения последовательностей и разнообразия дубликатов генов в Aspergillus fumigatus». Evolutionary Bioinformatics . 8 : 623–44. doi : 10.4137/ebo.s10372. ISSN  1176-9343. PMC 3510868. PMID 23225993  . 
  14. ^ Page, Justin T.; Huynh, Mark D.; Liechty, Zach S.; Grupp, Kara; Stelly, David; Hulse, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Deynze, Allen Van; Wendel, Jonathan F.; Udall, Joshua A. (2013-10-01). "Взгляд на эволюцию диплоидов и полиплоидов хлопка с помощью повторного секвенирования всего генома". G3: Genes, Genomes, Genetics . 3 (10): 1809–1818. doi :10.1534/g3.113.007229. ISSN  2160-1836. PMC 3789805. PMID 23979935  . 
  15. ^ Гомес-Райя, Луис; Халс, Аманда М.; Тейн, Дэвид; Раув, Венди М. (2013-08-06). «Фазирование гаплотипа после совместной оценки рекомбинации и неравновесия по сцеплению в размножающихся популяциях». Журнал «Наука о животных и биотехнология» . 4 (1): 30. doi : 10.1186/2049-1891-4-30 . ISSN  2049-1891. PMC 3765333. PMID 23916349  . 
  16. ^ Чжан, Тяньчжэнь; Ху, Янь; Цзян, Вэнькай; Фан, Лэй; Гуань, Сюэйин; Чэнь, Цзедань; Чжан, Цзиньбо; Саски, Кристофер А.; Шеффлер, Брайан Э.; Стелли, Дэвид М.; Халс-Кемп, Аманда М. (2015). «Секвенирование аллотетраплоидного хлопка (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) предоставляет ресурс для улучшения волокна». Nature Biotechnology . 33 (5): 531–537. doi : 10.1038/nbt.3207 . ISSN  1546-1696. PMID  25893781.
  17. ^ Халс-Кемп, Аманда М.; Ашрафи, Хамид; Стоффель, Кевин; Чжэн, Сютин; Саски, Кристофер А.; Шеффлер, Брайан Э.; Фанг, Дэвид Д.; Чен, З. Джеффри; Дейнзе, Аллен Ван; Стелли, Дэвид М. (2015-06-01). "Извлечение SNP на основе последовательности BAC-конца в аллотетраплоидном хлопке (Gossypium) с использованием данных повторного секвенирования, филогенетических выводов и перспектив для генетического картирования". G3: Гены, геномы, генетика . 5 (6): 1095–1105. doi :10.1534/g3.115.017749. ISSN  2160-1836. PMC 4478540 . PMID  25858960. 
  18. ^ Page, Justin T.; Liechty, Zach S.; Alexander, Rich H.; Clemons, Kimberly; Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Deynze, Allen Van; Stelly, David M.; Udall, Joshua A. (2016-05-11). "Эволюция последовательности ДНК и редкая гомологичная конверсия в тетраплоидном хлопке". PLOS Genetics . 12 (5): e1006012. doi : 10.1371/journal.pgen.1006012 . ISSN  1553-7404. PMC 4864293. PMID  27168520 . 
  19. ^ Page, Justin T.; Liechty, Zach S.; Alexander, Rich H.; Clemons, Kimberly; Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Deynze, Allen Van; Stelly, David M.; Udall, Joshua A. (2016-07-22). "Исправление: эволюция последовательности ДНК и редкая гомологичная конверсия в тетраплоидном хлопке". PLOS Genetics . 12 (7): e1006206. doi : 10.1371/journal.pgen.1006206 . ISSN  1553-7404. PMC 4957745. PMID 27447832  . 
  20. ^ Хинце, Лори Л.; Халс-Кемп, Аманда М.; Уилсон, Иэн В.; Чжу, Цянь-Хао; Ллевеллин, Дэнни Дж.; Тейлор, Джен М.; Сприггс, Эндрю; Фанг, Дэвид Д.; Уллоа, Маурисио; Берк, Джон Дж.; Гибанд, Марк (3 февраля 2017 г.). «Анализ разнообразия зародышевой плазмы хлопка (Gossypium hirsutum L.) с использованием массива CottonSNP63K». Биология растений BMC . 17 (1): 37. дои : 10.1186/s12870-017-0981-y . ISSN  1471-2229. ПМК 5291959 . ПМИД  28158969. 
  21. ^ Saski, Christopher A.; Scheffler, Brian E.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Liu, Bo; Song, Qingxin; Ando, ​​Atsumi; Stelly, David M.; Scheffler, Jodi A.; Grimwood, Jane; Jones, Don C.; Peterson, Daniel G. (10.11.2017). "Физические структуры, закрепленные на субгеноме, генома аллотетраплоидного хлопчатника Upland (Gossypium hirsutum L.) и подход к референтным сборкам полиплоидов". Scientific Reports . 7 (1): 15274. Bibcode : 2017NatSR...715274S. doi : 10.1038/s41598-017-14885-w. ISSN  2045-2322. PMC 5681701. PMID  29127298 . 
  22. ^ Spalink, Daniel; Stoffel, Kevin; Walden, Genevieve K.; Hulse-Kemp, Amanda M.; Hill, Theresa A.; Van Deynze, Allen; Bohs, Lynn (2018). «Сравнительная транскриптомика и геномные паттерны несоответствия у Capsiceae (Solanaceae)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 126 : 293–302. Bibcode : 2018MolPE.126..293S. doi : 10.1016/j.ympev.2018.04.030 . ISSN  1055-7903. PMID  29702214. S2CID  13701098.
  23. ^ Тумер, Ондулла Т.; Халс-Кемп, Аманда М.; Дин, Лиза Л.; Бойкин, Дебора Л.; Малейрос, Рамон; Андерсон, Кеннет Э. (2019). «Кормление кур-несушек арахисом с высоким содержанием олеиновой кислоты улучшает цвет яичного желтка и содержание олеиновой жирной кислоты в яйцах». Poultry Science . 98 (4): 1732–1748. doi : 10.3382/ps/pey531 . ISSN  1525-3171. PMID  30535420.
  24. ^ Ульоа, Маурисио; Де Сантьяго, Луис М.; Халс-Кемп, Аманда М.; Стелли, Дэвид М.; Берк, Джон Дж. (01.01.2020). «Улучшение хлопка сорта Upland для повышения устойчивости к засухе, производительности и качества волокна: сравнительная оценка и генетическое исследование». Молекулярная генетика и геномика . 295 (1): 155–176. doi :10.1007/s00438-019-01611-6. ISSN  1617-4623. PMID  31620883. S2CID  204707151.
  25. ^ Халс, Аманда М.; Кай, Джеймс Дж. (2013-01-01). «Генетические варианты способствуют изменчивости экспрессии генов у людей». Генетика . 193 (1): 95–108. doi :10.1534/genetics.112.146779. ISSN  0016-6731. PMC 3527258. PMID 23150607  . 
  26. ^ Hulse-Kemp, Amanda M.; Ashrafi, Hamid; Zheng, Xiuting; Wang, Fei; Hoegenauer, Kevin A.; Maeda, Andrea BV; Yang, S. Samuel; Stoffel, Kevin; Matvienko, Marta; Clemons, Kimberly; Udall, Joshua A. (2014-10-30). "Разработка и картирование генов, ассоциированных с межвидовыми SNP, для усилий по интрогрессивной селекции хлопка (Gossypium hirsutum L.)". BMC Genomics . 15 (1): 945. doi : 10.1186/1471-2164-15-945 . ISSN  1471-2164. PMC 4298081 . PMID  25359292. 
  27. ^ Халс-Кемп, Аманда М.; Лемм, Яна; Плиске, Йорг; Ашрафи, Хамид; Буйарапу, Рамеш; Фанг, Дэвид Д.; Фрелиховски, Джеймс; Гибанд, Марк; Хейг, Стив; Хинце, Лори Л.; Кочан, Келли Дж. (2015-06-01). «Разработка массива 63K SNP для хлопка и высокоплотное картирование внутривидовых и межвидовых популяций Gossypium spp». G3: Гены, геномы, генетика . 5 (6): 1187–1209. doi :10.1534/g3.115.018416. ISSN  2160-1836. PMC 4478548. PMID  25908569 . 
  28. ^ Халс-Кемп, Аманда М.; Ашрафи, Хамид; Плиске, Йорг; Лемм, Яна; Стоффель, Кевин; Хилл, Тереза; Люерсен, Хартмут; Петиягода, Чарит Л.; Лоули, Синди Т.; Ганал, Мартин В.; Ван Дейнзе, Аллен (27 июля 2016 г.). «HapMap приводит к инфиниумному массиву Capsicum annuum SNP: новому инструменту для селекции перца». Исследования в области садоводства . 3 (1): 16036. Бибкод : 2016HorR....316036H. дои : 10.1038/hortres.2016.36. ISSN  2052-7276. ПМЦ 4962762 . ПМИД  27602231. 
  29. ^ Халс-Кемп, Аманда М.; Махешвари, Шамони; Стоффель, Кевин; Хилл, Тереза ​​А.; Джаффе, Дэвид; Уильямс, Стивен Р.; Вайзенфельд, Нил; Рамакришнан, Шривидья; Кумар, Виджай; Шах, Прейас; Шац, Майкл К. (12.01.2018). "Сборка эталонного качества генома Capsicum annuum размером 3,5 Гб из библиотеки с одним связанным считыванием". Horticulture Research . 5 (1): 4. Bibcode :2018HorR....5....4H. doi :10.1038/s41438-017-0011-0. ISSN  2052-7276. PMC 5798813 . PMID  29423234.