stringtranslate.com

ChemSpider

ChemSpider is a freely accessible online database of chemicals owned by the Royal Society of Chemistry.[3][4][5][6][7] It contains information on more than 100 million molecules from over 270 data sources, each of them receiving a unique identifier called ChemSpider Identifier.

Sources

The database sources include:[8]

Professional databases

Crowdsourcing

The ChemSpider database can be updated with user contributions including chemical structure deposition, spectra deposition and user curation. This is a crowdsourcing approach to develop an online chemistry database. Crowdsourced based curation of the data has produced a dictionary of chemical names associated with chemical structures that has been used in text-mining applications of the biomedical and chemical literature.[10]

However, database rights are not waived and a data dump is not available; in fact, the FAQ even states that only limited downloads are allowed:[11] therefore the right to fork is not guaranteed and the project can not be considered free/open.

Features

Searching

A number of available search modules are provided:

Разметка документа по химии

База данных ChemSpider использовалась в сочетании с интеллектуальным анализом текста в качестве основы для разметки химических документов . ChemMantis, [14] Интегрированная система химической разметки и преобразования номенклатуры использует алгоритмы для идентификации и извлечения химических названий из документов и веб-страниц, а также преобразует химические названия в химические структуры с использованием алгоритмов преобразования имен в структуру и поиска по словарю в ChemSpider. база данных. Результатом является интегрированная система документов по химии и поиска информации с помощью ChemSpider в более чем 150 источниках данных.

Синтетические страницы

SyntheticPages — это бесплатная интерактивная база данных процедур синтетической химии, управляемая Королевским химическим обществом . [15] Пользователи представляют синтетические процедуры, которые они провели сами, для публикации на сайте. Эти процедуры могут быть оригинальными разработками, но чаще всего они основаны на реакциях литературы. При необходимости даются ссылки на оригинальную опубликованную процедуру. Перед публикацией они проверяются научным редактором. Страницы не проходят формального рецензирования, как статьи в научных журналах , но комментарии могут оставлять авторизованные пользователи. Комментарии также модерируются научными редакторами. Цель состоит в том, чтобы собрать практический опыт проведения полезного химического синтеза в лаборатории. В то время как экспериментальные методы, опубликованные в обычном академическом журнале, перечислены формально и кратко, процедуры в ChemSpider SyntheticPages даны с более практическими подробностями. Неформальность приветствуется. Комментарии авторов также включены. Другие публикации с сопоставимым количеством деталей включают Organic Syntheses и Inorganic Syntheses . Сайт SyntheticPages был первоначально создан профессорами Кевином Букером-Милберном ( Бристольский университет ), Стивеном Кэддиком ( Университетский колледж Лондона ), Питером Скоттом ( Университет Уорика ) и Максом Хаммондом. В феврале 2010 года было объявлено о слиянии [16] с поисковой системой химической структуры ChemSpider Королевского химического общества и образовании ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).

Другие услуги

Ряд услуг доступен онлайн. К ним относятся преобразование химических названий в химические структуры , генерация строк SMILES и InChI , а также прогнозирование многих физико-химических параметров и интеграция с веб-сервисом, позволяющим прогнозировать ЯМР .

История

ChemSpider был приобретен Королевским химическим обществом (RSC) в мае 2009 года. [17] До приобретения RSC ChemSpider контролировалась частной корпорацией ChemZoo Inc. Система была впервые запущена в марте 2007 года в бета-версии. форме и перешел к выпуску в марте 2008 года.

Открыть ФАКТЫ

ChemSpider служил хранилищем химических соединений в рамках проекта Open PHACTS , инициативы в области инновационных лекарственных средств . Открытые PHACTS разработаны в соответствии с открытыми стандартами, с открытым доступом и подходом семантической сети для устранения узких мест в разработке низкомолекулярных лекарств - разрозненных источников информации, отсутствия стандартов и информационной перегрузки. [18]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Ван Ноорден, Р. (2012). «Сеть химических данных расширяется». Природа . 483 (7391): 524. Бибкод :2012Natur.483..524В. дои : 10.1038/483524a . ПМИД  22460877.
  2. ^ «Блог ChemSpider » Архив блога » ChemSpider принимает лицензии Creative Commons . www.chemspider.com . Архивировано из оригинала 02 апреля 2015 г. Проверено 21 марта 2014 г.
  3. ^ Энтони Джон Уильямс (январь – февраль 2008 г.). «ChemSpider и его расширяющаяся сеть: создание структурно-ориентированного сообщества для химиков». Химия Интернэшнл . 30 (1).
  4. ^ Уильямс, AJ (2008). «Общественные базы данных химических соединений». Текущее мнение об открытии и разработке лекарств . 11 (3): 393–404. ПМИД  18428094.
  5. ^ Брамфилд, Г. (2008). «Химики плетут паутину данных». Природа . 453 (7192): 139. Бибкод : 2008Natur.453..139B. дои : 10.1038/453139а . ПМИД  18464701.
  6. ^ Уильямс, AJ (2011). «Chemspider: платформа для краудсорсингового сотрудничества для обработки данных, полученных из общедоступных баз данных соединений». Совместные вычислительные технологии для биомедицинских исследований . стр. 363–386. дои : 10.1002/9781118026038.ch22. ISBN 9781118026038.
  7. ^ Пенс, HE; Уильямс, А. (2010). «ChemSpider: Интернет-ресурс по химической информации». Журнал химического образования . 87 (11): 1123. Бибкод :2010ЖЧЭд..87.1123П. дои : 10.1021/ed100697w.
  8. ^ «Источники данных». Химический паук . Проверено 16 мая 2019 г.
  9. ^ «Блог ChemSpider» Архив блога » Браузер DSSTox Агентства по охране окружающей среды США подключается к ChemSpider» . Химический Паук. 23 августа 2008 г. Архивировано из оригинала 7 ноября 2017 г. . Проверено 7 ноября 2017 г.
  10. ^ Хеттне, К.М.; Уильямс, Эй Джей; Ван Маллиген, EM; Кляйнянс, Дж.; Ткаченко В.; Корс, Дж. А. (2010). «Автоматическое и ручное управление химическим словарем из нескольких источников: влияние на интеллектуальный анализ текста». Журнал хеминформатики . 2 (1): 3. дои : 10.1186/1758-2946-2-3 . ПМЦ 2848622 . ПМИД  20331846. 
  11. ^ «Блог ChemSpider » Архив блога » Кто хотел бы иметь всю базу данных ChemSpider?». www.chemspider.com . Архивировано из оригинала 24 сентября 2015 г. Проверено 18 апреля 2014 г.
  12. ^ «ChemSpider в App Store». Магазин приложений .
  13. ^ «ChemSpider Mobile — приложения для Android в Google Play» . play.google.com .
  14. ^ Добро пожаловать ChemMantis в ChemZoo и призыв к участию в сообществе, 23 октября 2008 г., А. Уильямс, сообщение в блоге. Архивировано 24 сентября 2015 г. на Wayback Machine.
  15. ^ "ChemSpider SyntheticPages" . Королевское химическое общество . Проверено 26 июня 2012 г.
  16. ^ «ChemSpider и SyntheticPages поддерживают синтетическую химию» . Издательство РСК . Королевское химическое общество. 05.02.2010. Архивировано из оригинала 26 июля 2012 года . Проверено 26 июня 2012 г.
  17. ^ «RSC приобретает ChemSpider» . Королевское химическое общество. 11 мая 2009 года . Проверено 11 мая 2009 г.
  18. ^ Уильямс, AJ ; Харланд, Л.; Грот, П.; Петтифер, С .; Чичестер, К.; Уиллигхаген, Эль; Эвело, Коннектикут; Бломберг, Н.; Экер, Г .; Гобл, К. ; Монс, Б. (2012). «Открытые ФАКТЫ: семантическая совместимость для открытия лекарств». Открытие наркотиков сегодня . 17 (21–22): 1188–1198. дои : 10.1016/j.drudis.2012.05.016 . ПМИД  22683805.