stringtranslate.com

Целлозавр


Cellosaurus — это онлайн- база знаний о клеточных линиях , которая пытается документировать все клеточные линии, используемые в биомедицинских исследованиях . [1] Данные предоставлены Швейцарским институтом биоинформатики (SIB). Это основной ресурс данных ELIXIR [2] [3], а также признанный ресурс IRDiRC. [4] Это ресурс для клеточных линий на Портале идентификации ресурсов. [5] По состоянию на декабрь 2022 года он содержит информацию о более чем 144 000 клеточных линиях. [6]

В сферу его применения входят иммортализованные клеточные линии , естественно бессмертные клеточные линии (пример: эмбриональные стволовые клетки ) и клеточные линии с ограниченным сроком жизни, если они широко распространены и используются. Cellosaurus предоставляет множество тщательно отобранной информации; для каждой клеточной линии указаны рекомендуемое название, синонимы и вид происхождения. Другие типы информации включают стандартизированную терминологию заболеваний (для клеточных линий рака или генетических заболеваний ), трансформант, используемый для иммортализации клеточной линии, трансфицированные или нокаутированные гены, микросателлитную нестабильность , время удвоения , пол и возраст донора (пациента или животного). , важные варианты последовательностей, веб-ссылки, ссылки на публикации и перекрестные ссылки почти на 100 различных баз данных, онтологий, коллекций ячеек и других соответствующих ресурсов. [1] [7]

Поскольку многие клеточные линии, используемые в исследованиях, были неправильно идентифицированы или загрязнены , Cellosaurus отслеживает проблемные клеточные линии, включая все те, которые перечислены в таблицах Международного комитета по аутентификации клеточных линий (ICLAC) [8] . Для человека , а также некоторых клеточных линий собак он предоставляет информацию о профиле коротких тандемных повторов (STR). С июля 2018 года клеточные линии целлозавра представлены как элементы в Викиданных . [1] В марте 2020 года Cellosaurus создал страницу, содержащую информацию о клеточных линиях, имеющих отношение к SARS-CoV-2, в ответ на пандемию COVID-19 . [9]

Энциклопедия Cellosaurus широко признана авторитетным источником информации о клеточных линиях, предоставляющим уникальные идентификаторы [10] [11] и источником тщательно подобранной информации. [12] [13] [14]

Рекомендации

  1. ^ abc Байрох Амос (2018). «Целлозавр, ресурс знаний о клеточных линиях». Журнал биомолекулярных методов . 29 ([Epub перед печатью): 1–14. дои : 10.7171/jbt.18-2902-002. ПМК  5945021 . ПМИД  29805321.
  2. ^ Дубар, Эльза. «Целлозавр и Рея присоединяются к портфолио ELIXIR Core Data Resources». www.sib.swiss . Проверено 19 октября 2021 г.
  3. ^ «Rhea, Reactome и Cellosaurus приобретают знак высочайшего качества ELIXIR для баз данных» . ЭЛИКСИР . 24 декабря 2020 г. Проверено 19 октября 2021 г.
  4. ^ «Новый ресурс, признанный IRDiRC: Целлозавр» . irdirc.org . Проверено 2 ноября 2021 г.
  5. ^ «RRID | Поиск в сотовых линиях» .
  6. ^ "Эксази - Целлозавр" . web.expasy.org . Проверено 19 октября 2021 г.
  7. ^ «Описание целлозавра - ресурс знаний о клеточных линиях» . web.expasy.org . Проверено 13 апреля 2020 г.
  8. ^ «База данных перекрестно загрязненных или ошибочно идентифицированных клеточных линий» (PDF) . Архивировано (PDF) из оригинала 20 декабря 2016 г.
  9. ^ «Целлозавр - актуальная информация о SARS-CoV-2» . www.cellosaurus.org . Проверено 1 сентября 2022 г.
  10. ^ «RRIDs: Как мы сюда попали и куда идем?». электронная жизнь . 11 мая 2017 г. Проверено 19 октября 2021 г.
  11. ^ Гролл, Хельга; Роджерс, Питер А., ред. (01.11.2018). «Письмо о решении: количество проблемных клеточных линий ниже в статьях, в которых используются RRID для идентификации клеточных линий». дои : 10.7554/elife.41676.020 . S2CID  239787612. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  12. ^ Хорбах, Серж ПЖМ; Хальфман, Виллем (12 октября 2017 г.). «Призраки HeLa: как неправильная идентификация клеточных линий загрязняет научную литературу». ПЛОС ОДИН . 12 (10): e0186281. Бибкод : 2017PLoSO..1286281H. дои : 10.1371/journal.pone.0186281 . ISSN  1932-6203. ПМЦ 5638414 . ПМИД  29023500. 
  13. ^ Онг, Эдисон; Сарнтивиджай, Сирарат; Юпп, Саймон; Паркинсон, Хелен; Хэ, Юнцюнь (декабрь 2017 г.). «Сравнение, выравнивание и синхронизация информации о клеточных линиях между CLO и EFO». БМК Биоинформатика . 18 (S17): 557. doi : 10.1186/s12859-017-1979-z . ISSN  1471-2105. ПМК 5763470 . ПМИД  29322915. 
  14. ^ Хаттори, Эми; Ояма, Риеко; Кондо, Тадаши (13 февраля 2019 г.). «Систематический обзор текущего состояния клеточных линий саркомы человека». Клетки . 8 (2): 157. doi : 10.3390/cells8020157 . ISSN  2073-4409. ПМК 6406745 . ПМИД  30781855. 

Внешние ссылки