Аденозинтрифосфат ( АТФ ) — это нуклеозидтрифосфат [2] , который обеспечивает энергию для управления и поддержки многих процессов в живых клетках , таких как сокращение мышц , распространение нервных импульсов и химический синтез . Найденный во всех известных формах жизни , он часто упоминается как «молекулярная единица валюты » для внутриклеточного переноса энергии . [3]
При потреблении в процессе метаболизма АТФ преобразуется либо в аденозиндифосфат (АДФ), либо в аденозинмонофосфат (АМФ). Другие процессы регенерируют АТФ. Он также является предшественником ДНК и РНК и используется в качестве кофермента . Средний взрослый человек ежедневно перерабатывает около 50 килограммов (около 100 молей ). [4]
С точки зрения биохимии АТФ классифицируется как нуклеозидтрифосфат , что указывает на то, что он состоит из трех компонентов: азотистого основания ( аденина ), сахара рибозы и трифосфата .
АТФ состоит из аденина , присоединенного атомом азота № 9 к 1' атому углерода сахара ( рибозы ), который в свою очередь присоединен к 5' атому углерода сахара к трифосфатной группе. Во многих реакциях, связанных с метаболизмом, адениновая и сахарная группы остаются неизменными, но трифосфат преобразуется в ди- и монофосфат, давая соответственно производные АДФ и АМФ . Три фосфорильные группы обозначены как альфа (α), бета (β) и, для терминального фосфата, гамма (γ). [5]
В нейтральном растворе ионизированный АТФ существует в основном в форме АТФ 4− с небольшой долей АТФ 3− . [6]
Полианионный и имеющий потенциально хелатирующую полифосфатную группу, АТФ связывает катионы металлов с высоким сродством. Константа связывания для Mg2+( 9 554 ). [7] Связывание двухвалентного катиона , почти всегда магния , сильно влияет на взаимодействие АТФ с различными белками. Из-за силы взаимодействия АТФ-Mg 2+ , АТФ существует в клетке в основном в виде комплекса с Mg2+
связаны с фосфатными кислородными центрами. [6] [8]
Второй ион магния имеет решающее значение для связывания АТФ в домене киназы. [9] Присутствие Mg 2+ регулирует активность киназы. [10] С точки зрения мира РНК интересно, что АТФ может переносить ион Mg, который катализирует полимеризацию РНК. [ необходима цитата ]
Соли АТФ можно выделить в виде бесцветных твердых веществ. [11]
АТФ стабилен в водных растворах между pH 6,8 и 7,4 (в отсутствие катализаторов). При более экстремальных уровнях pH он быстро гидролизуется до АДФ и фосфата. Живые клетки поддерживают соотношение АТФ к АДФ в точке, на десять порядков от равновесия, с концентрацией АТФ в пять раз выше, чем концентрация АДФ. [12] [13] В контексте биохимических реакций связи POP часто называют высокоэнергетическими связями . [14]
Гидролиз АТФ в АДФ и неорганический фосфат
выделяет 20,5 килоджоулей на моль (4,9 ккал/моль) энтальпии . Это может отличаться в физиологических условиях, если реагент и продукты не находятся точно в этих состояниях ионизации. [15] Значения свободной энергии, высвобождаемой при расщеплении либо фосфатной (P i ), либо пирофосфатной (PP i ) единицы из АТФ при стандартных концентрациях состояния 1 моль/л при pH 7, составляют: [16]
Эти сокращенные уравнения при pH около 7 можно записать более явно (R = аденозил ):
В цитоплазматических условиях, где соотношение АДФ/АТФ составляет 10 порядков от равновесного, ΔG составляет около −57 кДж/моль. [12]
Наряду с pH, изменение свободной энергии гидролиза АТФ также связано с концентрацией Mg 2+ , от ΔG°' = −35,7 кДж/моль при концентрации Mg 2+ , равной нулю, до ΔG°' = −31 кДж/моль при [Mg 2+ ] = 5 мМ. Более высокие концентрации Mg 2+ уменьшают свободную энергию, высвобождаемую в реакции из-за связывания ионов Mg 2+ с отрицательно заряженными атомами кислорода АТФ при pH 7. [17]
Типичная внутриклеточная концентрация АТФ может составлять 1–10 мкмоль на грамм ткани у различных эукариот. [18] Дефосфорилирование АТФ и рефосфорилирование АДФ и АМФ происходят неоднократно в ходе аэробного метаболизма. [19]
АТФ может быть произведен рядом различных клеточных процессов; три основных пути у эукариот : (1) гликолиз , (2) цикл лимонной кислоты / окислительное фосфорилирование и (3) бета-окисление . Общий процесс окисления глюкозы до углекислого газа , комбинация путей 1 и 2, известная как клеточное дыхание , производит около 30 эквивалентов АТФ из каждой молекулы глюкозы. [20]
Производство АТФ нефотосинтетическими аэробными эукариотами происходит в основном в митохондриях , которые составляют около 25% объема типичной клетки. [21]
В гликолизе глюкоза и глицерин метаболизируются в пируват . Гликолиз генерирует два эквивалента АТФ через субстратное фосфорилирование, катализируемое двумя ферментами, фосфоглицераткиназой (PGK) и пируваткиназой . Также производятся два эквивалента никотинамидадениндинуклеотида (НАДН), которые могут окисляться через цепь переноса электронов и приводить к образованию дополнительного АТФ с помощью АТФ-синтазы . Пируват, образующийся как конечный продукт гликолиза, является субстратом для цикла Кребса . [22]
Гликолиз рассматривается как состоящий из двух фаз с пятью шагами каждая. В фазе 1, «подготовительной фазе», глюкоза преобразуется в 2 d-глицеральдегид-3-фосфат (g3p). Один АТФ инвестируется в Шаг 1, а другой АТФ инвестируется в Шаг 3. Шаги 1 и 3 гликолиза называются «шагами подготовки». В фазе 2 два эквивалента g3p преобразуются в два пирувата. На Шаге 7 производятся два АТФ. Кроме того, на Шаге 10 производятся еще два эквивалента АТФ. На Шагах 7 и 10 АТФ генерируется из АДФ. В цикле гликолиза образуется сеть из двух АТФ. Путь гликолиза позже связан с циклом лимонной кислоты, который производит дополнительные эквиваленты АТФ. [ необходима цитата ]
В гликолизе гексокиназа напрямую ингибируется своим продуктом, глюкозо-6-фосфатом, а пируваткиназа ингибируется самим АТФ. Основной контрольной точкой для гликолитического пути является фосфофруктокиназа (ФФК), которая аллостерически ингибируется высокими концентрациями АТФ и активируется высокими концентрациями АМФ. Ингибирование ФФК АТФ необычно, поскольку АТФ также является субстратом в реакции, катализируемой PFK; активная форма фермента представляет собой тетрамер, который существует в двух конформациях, только одна из которых связывает второй субстрат фруктозо-6-фосфат (F6P). Белок имеет два сайта связывания для АТФ — активный сайт доступен в любой конформации белка, но связывание АТФ с сайтом ингибитора стабилизирует конформацию, которая плохо связывает F6P. [22] Ряд других малых молекул могут компенсировать вызванный АТФ сдвиг равновесной конформации и реактивировать PFK, включая циклический AMP , ионы аммония , неорганический фосфат и фруктозо-1,6- и -2,6-бифосфат. [22]
В митохондрии пируват окисляется комплексом пируватдегидрогеназы до ацетильной группы, которая полностью окисляется до углекислого газа циклом лимонной кислоты (также известным как цикл Кребса ). Каждый «оборот» цикла лимонной кислоты производит две молекулы углекислого газа, один эквивалент АТФ гуанозинтрифосфата (ГТФ) через фосфорилирование на уровне субстрата, катализируемое сукцинил-КоА-синтетазой , поскольку сукцинил-КоА превращается в сукцинат, три эквивалента НАДН и один эквивалент ФАДН 2 . НАДН и ФАДН 2 рециркулируются (в НАД + и ФАД , соответственно) путем окислительного фосфорилирования , генерируя дополнительный АТФ. Окисление НАДН приводит к синтезу 2–3 эквивалентов АТФ, а окисление одного ФАДН 2 дает от 1 до 2 эквивалентов АТФ. [20] Большая часть клеточного АТФ генерируется этим процессом. Хотя сам цикл лимонной кислоты не включает молекулярный кислород , это обязательно аэробный процесс, поскольку O 2 используется для рециркуляции NADH и FADH 2 . При отсутствии кислорода цикл лимонной кислоты прекращается. [21]
Генерация АТФ митохондрией из цитозольного NADH зависит от малат-аспартатного челнока (и в меньшей степени от глицерин-фосфатного челнока ), поскольку внутренняя митохондриальная мембрана непроницаема для NADH и NAD + . Вместо переноса сгенерированного NADH фермент малатдегидрогеназа преобразует оксалоацетат в малат , который перемещается в митохондриальный матрикс. Другая реакция, катализируемая малатдегидрогеназой, происходит в противоположном направлении, производя оксалоацетат и NADH из недавно перенесенного малата и внутреннего запаса митохондрии NAD + . Трансаминаза преобразует оксалоацетат в аспартат для транспортировки обратно через мембрану в межмембранное пространство. [21]
При окислительном фосфорилировании прохождение электронов от NADH и FADH 2 через цепь переноса электронов высвобождает энергию для перекачивания протонов из митохондриального матрикса в межмембранное пространство. Это перекачивание генерирует движущую силу протонов , которая является чистым эффектом градиента pH и градиента электрического потенциала через внутреннюю митохондриальную мембрану. Поток протонов по этому градиенту потенциала, то есть из межмембранного пространства в матрикс, дает АТФ синтазы АТФ. [23] За один оборот производится три АТФ.
Хотя потребление кислорода, по-видимому, имеет основополагающее значение для поддержания движущей силы протонов, в случае нехватки кислорода ( гипоксии ) внутриклеточный ацидоз (опосредованный повышением скорости гликолиза и гидролиза АТФ ) способствует повышению мембранного потенциала митохондрий и напрямую стимулирует синтез АТФ. [24]
Большая часть АТФ, синтезируемого в митохондриях, будет использоваться для клеточных процессов в цитозоле; таким образом, он должен быть экспортирован из своего места синтеза в митохондриальном матриксе. Движению АТФ наружу благоприятствует электрохимический потенциал мембраны, поскольку цитозоль имеет относительно положительный заряд по сравнению с относительно отрицательным матриксом. Для каждого транспортируемого АТФ требуется 1 H + . Производство одного АТФ стоит около 3 H + . Следовательно, производство и экспорт одного АТФ требует 4H +. Внутренняя мембрана содержит антипортер , транслоказу АДФ/АТФ, которая является интегральным мембранным белком, используемым для обмена вновь синтезированного АТФ в матриксе на АДФ в межмембранном пространстве. [25]
Цикл лимонной кислоты регулируется в основном доступностью ключевых субстратов, в частности соотношением НАД + к НАДН и концентрациями кальция , неорганического фосфата, АТФ, АДФ и АМФ. Цитрат — ион, давший название циклу — является ингибитором обратной связи цитратсинтазы , а также ингибирует ФФК, обеспечивая прямую связь между регуляцией цикла лимонной кислоты и гликолизом. [22]
В присутствии воздуха и различных кофакторов и ферментов жирные кислоты преобразуются в ацетил-КоА . Этот путь называется бета-окислением . Каждый цикл бета-окисления укорачивает цепь жирной кислоты на два атома углерода и производит по одному эквиваленту ацетил-КоА, НАДН и ФАДН 2. Ацетил-КоА метаболизируется циклом лимонной кислоты для генерации АТФ, в то время как НАДН и ФАДН 2 используются окислительным фосфорилированием для генерации АТФ. Десятки эквивалентов АТФ генерируются бета-окислением одной длинной ацильной цепи. [26]
При окислительном фосфорилировании ключевой контрольной точкой является реакция, катализируемая цитохром с оксидазой , которая регулируется доступностью ее субстрата – восстановленной формы цитохрома с . Количество доступного восстановленного цитохрома с напрямую связано с количеством других субстратов:
что напрямую подразумевает это уравнение:
Таким образом, высокое отношение [НАДН] к [НАД + ] или высокое отношение [АДФ] [P i ] к [АТФ] подразумевает большое количество восстановленного цитохрома с и высокий уровень активности цитохром с оксидазы. [22] Дополнительный уровень регуляции вводится скоростями транспорта АТФ и НАДН между митохондриальным матриксом и цитоплазмой. [25]
Кетоновые тела могут использоваться в качестве топлива, давая 22 молекулы АТФ и 2 молекулы ГТФ на молекулу ацетоацетата при окислении в митохондриях. Кетоновые тела транспортируются из печени в другие ткани, где ацетоацетат и бета -гидроксибутират могут быть повторно преобразованы в ацетил-КоА для получения восстановительных эквивалентов (НАДН и ФАДН 2 ) через цикл лимонной кислоты. Кетоновые тела не могут использоваться печенью в качестве топлива, поскольку в печени отсутствует фермент β-кетоацил-КоА-трансфераза, также называемая тиолазой . Ацетоацетат в низких концентрациях поглощается печенью и подвергается детоксикации через метилглиоксальный путь, который заканчивается лактатом. Ацетоацетат в высоких концентрациях поглощается клетками, отличными от тех, что находятся в печени, и поступает на другой путь через 1,2-пропандиол . Хотя этот путь следует другой серии шагов, требующих АТФ, 1,2-пропандиол может быть превращен в пируват. [27]
Ферментация — это метаболизм органических соединений в отсутствие воздуха. Он включает в себя фосфорилирование на уровне субстрата в отсутствие дыхательной цепи переноса электронов . Уравнение реакции глюкозы с образованием молочной кислоты :
Анаэробное дыхание — это дыхание при отсутствии O2. Прокариоты могут использовать различные акцепторы электронов. К ним относятся нитрат , сульфат и углекислый газ.
АТФ также может синтезироваться посредством нескольких так называемых реакций «пополнения», катализируемых семействами ферментов нуклеозиддифосфаткиназ (NDK), которые используют другие нуклеозидтрифосфаты в качестве донора высокоэнергетического фосфата, а также семейством АТФ:гуанидофосфотрансфераз . [ необходима цитата ]
В растениях АТФ синтезируется в тилакоидной мембране хлоропласта . Этот процесс называется фотофосфорилированием . «Машина» похожа на ту, что в митохондриях, за исключением того, что световая энергия используется для перекачивания протонов через мембрану для создания протондвижущей силы. Затем происходит АТФ-синтаза точно так же, как при окислительном фосфорилировании. [ 28] Часть АТФ, произведенного в хлоропластах, потребляется в цикле Кальвина , который производит триозные сахара.
Общее количество АТФ в организме человека составляет около 0,1 моль/л . [29] Большая часть АТФ перерабатывается из АДФ посредством вышеупомянутых процессов. Таким образом, в любой момент времени общее количество АТФ + АДФ остается довольно постоянным.
Энергия, используемая клетками человека у взрослого человека, требует гидролиза от 100 до 150 моль/л АТФ ежедневно, что означает, что человек обычно использует количество АТФ, равное весу его тела, в течение дня. [30] Каждый эквивалент АТФ перерабатывается 1000–1500 раз в течение одного дня ( 150 / 0,1 = 1500 ), [29] примерно со скоростью 9×10 20 молекул/с. [29]
АТФ участвует в передаче сигнала , выступая в качестве субстрата для киназ, ферментов, которые переносят фосфатные группы. Киназы являются наиболее распространенными АТФ-связывающими белками. Они имеют небольшое количество общих складок. [31] Фосфорилирование белка киназой может активировать каскад, такой как каскад митоген-активируемой протеинкиназы . [32]
АТФ также является субстратом аденилатциклазы , чаще всего в путях передачи сигнала рецептора, связанного с G-белком , и трансформируется во вторичный мессенджер , циклический АМФ, который участвует в запуске кальциевых сигналов путем высвобождения кальция из внутриклеточных запасов. [33] Эта форма передачи сигнала особенно важна для функции мозга, хотя она участвует в регуляции множества других клеточных процессов. [34]
АТФ — один из четырех мономеров, необходимых для синтеза РНК . Этот процесс осуществляется РНК-полимеразами . [35] Похожий процесс происходит при образовании ДНК, за исключением того, что АТФ сначала преобразуется в дезоксирибонуклеотид dATP. Как и многие реакции конденсации в природе, репликация ДНК и транскрипция ДНК также потребляют АТФ.
Ферменты аминоацил-тРНК-синтетазы потребляют АТФ при присоединении тРНК к аминокислотам, образуя комплексы аминоацил-тРНК. Аминоацилтрансфераза связывает АМФ-аминокислоту с тРНК. Реакция связывания протекает в два этапа:
Аминокислота связана с предпоследним нуклеотидом на 3′-конце тРНК (A в последовательности CCA) посредством сложноэфирной связи (переверните на иллюстрации).
Транспортировка химических веществ из клетки против градиента часто связана с гидролизом АТФ. Транспортировка осуществляется посредством транспортеров связывающих кассет АТФ . Геном человека кодирует 48 транспортеров ABC, которые используются для экспорта лекарств, липидов и других соединений. [36]
Клетки секретируют АТФ для связи с другими клетками в процессе, называемом пуринергической сигнализацией . АТФ служит нейротрансмиттером во многих частях нервной системы, модулирует биение ресничек, влияет на снабжение сосудов кислородом и т. д. АТФ либо секретируется непосредственно через клеточную мембрану через канальные белки [37] [38] , либо закачивается в везикулы [39] , которые затем сливаются с мембраной. Клетки обнаруживают АТФ с помощью пуринергических рецепторных белков P2X и P2Y . [40] Было показано, что АТФ является критически важной сигнальной молекулой для взаимодействия микроглии с нейронами во взрослом мозге, [41] , а также во время развития мозга. [42] Кроме того, вызванная повреждением тканей сигнализация АТФ является основным фактором быстрых изменений фенотипа микроглии. [43]
АТФ питает мышечные сокращения . [44] Мышечные сокращения регулируются сигнальными путями, хотя различные типы мышц регулируются специфическими путями и стимулами в зависимости от их конкретной функции. Однако во всех типах мышц сокращение осуществляется белками актином и миозином . [45]
АТФ изначально связан с миозином. Когда АТФаза гидролизует связанный АТФ в АДФ и неорганический фосфат , миозин располагается таким образом, что может связываться с актином. Миозин, связанный АДФ и P i, образует поперечные мостики с актином, а последующее высвобождение АДФ и P i высвобождает энергию в качестве рабочего хода. Рабочий ход заставляет актиновую нить скользить мимо миозиновой нити, укорачивая мышцу и вызывая сокращение. Затем другая молекула АТФ может связываться с миозином, высвобождая его из актина и позволяя этому процессу повторяться. [45] [46]
Недавно было высказано предположение, что АТФ действует как биологический гидротроп [47] и, как было показано, влияет на растворимость во всем протеоме. [48]
Ацетилфосфат (AcP), предшественник АТФ, может быть легко синтезирован с умеренными выходами из тиоацетата при pH 7 и 20 °C и pH 8 и 50 °C, хотя ацетилфосфат менее стабилен при более высоких температурах и щелочных условиях, чем в более прохладных и кислых или нейтральных условиях. Он не способен способствовать полимеризации рибонуклеотидов и аминокислот и способен только фосфорилировать органические соединения. Было показано, что он может способствовать агрегации и стабилизации АМФ в присутствии Na + , агрегация нуклеотидов может способствовать полимеризации выше 75 °C в отсутствие Na + . Возможно, что полимеризация, стимулируемая AcP, может происходить на минеральных поверхностях. [49] Было показано, что АДФ может фосфорилироваться до АТФ только с помощью AcP, а другие нуклеозидтрифосфаты не фосфорилируются AcP. Это может объяснить, почему все формы жизни используют АТФ для управления биохимическими реакциями. [50]
Биохимические лаборатории часто используют исследования in vitro для изучения молекулярных процессов, зависящих от АТФ. Аналоги АТФ также используются в рентгеновской кристаллографии для определения структуры белка в комплексе с АТФ, часто вместе с другими субстратами. [ необходима цитата ]
Ингибиторы ферментов АТФ-зависимых ферментов, таких как киназы, необходимы для изучения участков связывания и переходных состояний, участвующих в АТФ-зависимых реакциях. [ необходима ссылка ]
Большинство полезных аналогов АТФ не могут быть гидролизованы, как АТФ; вместо этого они захватывают фермент в структуру, тесно связанную с АТФ-связанным состоянием. Аденозин 5′-(γ-тиотрифосфат) является чрезвычайно распространенным аналогом АТФ, в котором один из гамма-фосфатных кислородов заменен атомом серы ; этот анион гидролизуется значительно медленнее, чем сам АТФ, и функционирует как ингибитор АТФ-зависимых процессов. В кристаллографических исследованиях переходные состояния гидролиза моделируются связанным ионом ванадата .
Осторожность необходима при интерпретации результатов экспериментов с использованием аналогов АТФ, поскольку некоторые ферменты могут гидролизовать их с заметной скоростью при высокой концентрации. [51]
АТФ вводят внутривенно при некоторых заболеваниях сердца. [52]
АТФ был открыт в 1929 году Карлом Ломанном Йеллапрагадой Субба Рао из Гарвардской медицинской школы [55] , обе команды соревновались друг с другом, чтобы найти метод определения фосфора.
[53] и Йендрасиком [54] и, независимо, Сайрусом Фиске иВ 1941 году Фриц Альберт Липманн предположил, что он является посредником между реакциями, дающими энергию, и реакциями, потребляющими энергию в клетках. [56]
Впервые он был синтезирован в лаборатории Александром Тоддом в 1948 году [57] , и в 1957 году он был удостоен Нобелевской премии по химии отчасти за эту работу.
Нобелевская премия по химии 1978 года была присуждена Питеру Деннису Митчеллу за открытие хемиосмотического механизма синтеза АТФ.
Нобелевская премия по химии 1997 года была разделена: одна половина была присуждена совместно Полу Д. Бойеру и Джону Э. Уокеру «за выяснение ферментативного механизма, лежащего в основе синтеза аденозинтрифосфата (АТФ)», а другая половина — Йенсу К. Скоу «за первое открытие фермента, переносящего ионы, Na + , K + -АТФазы». [58]