stringtranslate.com

Амидное кольцо

Амидные кольца представляют собой небольшие мотивы в белках и полипептидах . Они состоят из 9-атомных или 11-атомных колец, образованных двумя водородными связями CO ... HN между амидной группой боковой цепи и атомами основной цепи короткого полипептида . [1] Они наблюдаются с боковыми цепями глутамина или аспарагина в белках и полипептидах . Структурно подобные кольца встречаются при связывании пуриновых , пиримидиновых и никотинамидных оснований с атомами основной цепи белков. Около 4% аспарагинов и глутаминов образуют амидные кольца; в базах данных структур доменов белков в среднем присутствует одно такое кольцо в каждом втором белке.

В таких кольцах полипептид имеет конформацию бета-слоя или полипролиновой спирали II типа (PPII). Ряд глутаминов и аспарагинов помогают связывать короткие пептиды (с конформацией PPII) в бороздке белков MHC ( главного комплекса гистосовместимости ) класса II [2], формируя эти мотивы. 11-атомное амидное кольцо, включающее остаток глутамина, находится внутри вариабельных доменов легкой цепи некоторых антител иммуноглобулина G и помогает связывать два бета-слоя .

Амидное кольцо используется в специфичности адаптерного белка GRB2 для определенного аспарагина в белках, которые он связывает. GRB2 прочно связывается с пентапептидом EYINQ (когда тирозин фосфорилирован); в таких структурах 9-атомное амидное кольцо возникает между амидной боковой цепью аспарагина пентапептида и атомами основной цепи остатка 109 GRB2. [3]

Ссылки

  1. ^ Le Questel, JY; Morris DG (1993). «Общие кольцевые мотивы в белках, включающие аспарагиновые или глутаминовые группы, связанные водородными связями с атомами основной цепи». Журнал молекулярной биологии . 231 (3): 888–896. doi :10.1006/jmbi.1993.1335. PMID  8515458.
  2. ^ Painter, CA; Negroni MP (2011). «Конформационная ответственность в классе II MHC 3/10-Helix». Proc Natl Acad Sci USA . 108 (48): 19329–19338. doi : 10.1073/pnas.1108074108 . PMC 3228433. PMID  22084083 . 
  3. ^ Rahuel, J; Gay B (1996). «Структурная основа специфичности GRB-2-SH2, выявленная с помощью нового способа связывания лиганда». Nat Struct Biol . 90 (7): 586–589. doi :10.1038/nsb0796-586. PMID  8673601. S2CID  1899970.

Внешние ссылки


  • v
  • t
  • e
  1. ^ Лидер, Д.П.; Милнер-Уайт (2009). «Мотивированные белки: веб-приложение для изучения небольших трехмерных белковых мотивов». BMC Bioinformatics . 10 (1): 60. doi : 10.1186/1471-2105-10-60 . PMC 2651126. PMID  19210785 . 
  2. ^ Головин, А.; Хенрик (2008). «MSDmotif: изучение белковых участков и мотивов». BMC Bioinformatics . 9 (1): 312. doi : 10.1186/1471-2105-9-312 . PMC 2491636. PMID  18637174 .