stringtranslate.com

Анализ молекулярной дисперсии

Анализ молекулярной дисперсии ( AMOVA ) — это статистическая модель для молекулярного алгоритма в одном виде , как правило, биологическом . [1] Название и модель вдохновлены ANOVA . Метод был разработан Лораном Экскофье, Питером Смоусом и Джозефом Кватро в Ратгерском университете в 1992 году.

После разработки AMOVA компания Excoffier написала программу для проведения таких анализов. Эта программа, работающая на Windows , называется Arlequin и свободно доступна на веб-сайте Excoffier. Существуют также реализации на языке R в пакетах ade4 и pegas, оба доступны на CRAN (Comprehensive R Archive Network). Другая реализация находится в Info-Gen, которая также работает на Windows . Студенческая версия бесплатна и полностью функциональна. Родной язык приложения — испанский, но доступна также и английская версия.

Дополнительный бесплатный статистический пакет GenAlEx [2] ориентирован на обучение и исследования и позволяет использовать и сравнивать сложные генетические анализы в рамках широко используемого интерфейса Microsoft Excel. Это программное обеспечение позволяет рассчитывать анализы, такие как AMOVA, а также проводить сравнения с другими типами тесно связанных статистик, включая F-статистику и индекс Шеннона и многое другое.

Ссылки

  1. ^ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (июнь 1992 г.). «Анализ молекулярной дисперсии, выведенной из метрических расстояний между гаплотипами ДНК: применение к данным по рестрикции митохондриальной ДНК человека» (бесплатный полный текст) . Genetics . 131 (2): 479–91. doi :10.1093/genetics/131.2.479. ISSN  0016-6731. PMC 1205020.  PMID 1644282  .
  2. ^ Пикалл, Р. и Смоус П.Е. (2012) GenAlEx 6.5: генетический анализ в Excel. Генетическое программное обеспечение для популяционной генетики для обучения и исследований — обновление. Биоинформатика 28, 2537–2539.

Внешние ссылки