Он часто терял обширные территории из-за различных отколовшихся миссий: в 1855 году была создана апостольская префектура Лабуана и Борнео , 22 декабря 1902 года была создана апостольская префектура Голландской Новой Гвинеи, 11 февраля 1905 года была создана апостольская префектура Голландского Борнео, 30 июня 1911 года была создана апостольская префектура Суматры , 16 июня 1913 года была создана апостольская префектура Малых Зондских островов , 19 ноября 1919 года была создана апостольская префектура Целебеса (ныне Сулавеси), 27 апреля 1927 года была создана апостольская префектура Маланга, 15 февраля 1928 года была создана апостольская префектура Сурабаи , 20 апреля 1932 года была создана апостольская префектура Бандунга , 25 апреля 1932 года была учреждена Апостольская префектура Пурвокерто, 25 июня 1940 года — Апостольский викариат Семаранга , а 9 декабря 1948 года — Апостольская префектура Сукабуми.
Переименован 7 февраля 1950 года в Апостольский викариат Джакарты .
3 января 1961 года преобразована в митрополию Джакарты , окончательно утратив статус освобожденной от налогов (прямой зависимости от Святого Престола).
3–4 декабря 1970 года здесь побывал Папа Павел VI .
Переименована 22 августа 1973 года в Джакартскую митрополию .
9–14 октября 1989 года здесь состоялся папский визит Иоанна Павла II .
С 3 по 6 сентября 2024 года в городе находился с визитом Папа Римский Франциск .
Лидерство
Обыкновенные
Апостольские префекты Батавии
Р.П. Якобус Нелиссен [id; nl] (8 мая 1807 г. – 6 декабря 1817 г., умер)
Р.П. Ламбертус Принсен [id; nl] (6 декабря 1817 г. – 5 февраля 1830 г., ушел в отставку)
РП Джоаннес Шолтен [id; nl] (10 сентября 1831 г. - 3 февраля 1842 г., ушел в отставку)
Апостольские викарии Батавии
Якобус Гроофф [id; nl] (20 сентября 1842–19 апреля 1852, умер)
Петрус Вранкен [id; nl] (19 апреля 1852–28 мая 1874 г., в отставке)
Адам Классенс [id; nl] (16 июня 1874 г. – 23 мая 1893 г., ушел в отставку)
Уолтерус Стаал [id; nl] , SJ (23 мая 1893–30 июня 1897, умер)
Эдмундус Люйпен [id; nl] , SJ (21 мая 1898–1 мая 1923, умер)
Антон ван Вельсен [id; nl] , SJ (21 января 1924 г. - март 1933 г., в отставке)
Петрус Виллекенс [id; nl] , SJ (23 июля 1934–7 февраля 1950, переименовано)
Апостольские викарии Джакарты
Петрус Виллекенс, SJ (7 февраля 1950–23 мая 1952, ушел в отставку)