stringtranslate.com

Аутрон

Аутрон — это нуклеотидная последовательность на 5'-конце первичного транскрипта гена , которая удаляется посредством особой формы сплайсинга РНК во время созревания конечного продукта РНК. [1] В то время как последовательности интрона расположены внутри гена, последовательности аутрона лежат снаружи гена. [2]

Характеристики

Аутрон представляет собой интроноподобную последовательность, обладающую схожими характеристиками, такими как содержание G+C [3] и акцепторный сайт сплайсинга, который является сигналом для транс -сплайсинга . [4] [5] Такой транс -сплайсинговый сайт по сути определяется как акцепторный (3') сайт сплайсинга без расположенного выше донорного (5') сайта сплайсинга.

У эукариот, таких как эвгленозойные , динофлагелляты , губки , нематоды , книдарии , гребневики , плоские черви , ракообразные , щетинкочелюстные , коловратки и оболочники , длина сплайсированных лидерных (SL) аутонов составляет от 30 до 102 нуклеотидов (нт) , при этом длина экзона SL составляет от 16 до 51 нт, а полная длина РНК SL составляет от 46 до 141 нт. [3]

Обработка

В стандартном цис-сплайсинге донорный сайт сплайсинга в позиции выше по течению требуется вместе с акцепторным сайтом, расположенным в позиции ниже по течению на той же пре-РНК молекуле. Напротив, транс -сплайсинг SL полагается на 3'-акцепторный сайт сплайсинга на аутроне и 5'-донорный сайт сплайсинга (динуклеотид GU), расположенный на отдельной молекуле РНК, SL РНК. [3] Более того, аутрон преждевременной мРНК содержит аденозин в точке ветвления — за которым следует нисходящий полипиримидиновый тракт — который взаимодействует с интроноподобной частью SL РНК, образуя побочный продукт с разветвлением «Y», напоминающий структуру лассо , образованную во время сплайсинга интрона. Затем ядерный аппарат разрешает эту структуру разветвления «Y» путем транс -сплайсинга последовательности SL РНК с 3'- акцепторным сайтом транс -сплайсинга (динуклеотид AG) пре-мРНК. [2]

При обработке аутронов экзон SL транс -сплайсируется в отдельные, неспаренные, нижестоящие акцепторные сайты, прилегающие к каждой открытой рамке считывания полицистронной пре-мРНК, что приводит к образованию отдельных зрелых кэпированных транскриптов. [6] [7] [8]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Конрад, Ричард; Фен Лиу, Руи; Блюменталь, Томас (1993-02-25). «Функциональный анализ акцептора транс-сплайсинга C. elegans». Nucleic Acids Research . 21 (4): 913–919. doi :10.1093/nar/21.4.913. ISSN  0305-1048. PMC 309224.  PMID 8451190  .
  2. ^ ab Stover, Nicholas A.; Kaye, Michelle S.; Cavalcanti, Andre RO (2006-01-10). "Транс-сплайсинг сплайсированного лидера". Current Biology . 16 (1): R8–R9. Bibcode : 2006CBio...16...R8S. doi : 10.1016/j.cub.2005.12.019 . ISSN  0960-9822. PMID  16401417.
  3. ^ abc Lasda, Erika L.; Blumenthal, Thomas (2011-05-01). " Транс -сплайсинг". Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA . 2 (3): 417–434. doi :10.1002/wrna.71. PMID  21957027. S2CID  209567118.
  4. ^ "Oxford reference — Outron" . Получено 26 сентября 2019 г. .
  5. ^ "Браузер онтологии последовательностей MISO — Outron (SO:0001475)" . Получено 26 сентября 2019 г. .
  6. ^ Клейтон, Кристин Э. (15.04.2002). «Жизнь без транскрипционного контроля? От мухи к человеку и обратно». Журнал EMBO . 21 (8): 1881–1888. doi :10.1093/emboj/21.8.1881. ISSN  1460-2075. PMC 125970. PMID  11953307 . 
  7. ^ Блюменталь, Томас; Глисон, Кэти Сеггерсон (февраль 2003 г.). « Опероны Caenorhabditis elegans : форма и функция». Nature Reviews Genetics . 4 (2): 110–118. doi :10.1038/nrg995. ISSN  1471-0056. PMID  12560808. S2CID  9864778.
  8. ^ Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R (март 2016 г.). «Эволюционные идеи транссплайсинга РНК у позвоночных». Genome Biology and Evolution . 8 (3): 562–77. doi :10.1093/gbe/evw025. PMC 4824033. PMID  26966239 .