Биологический путь

Биология клетки

В биологии клетки биологический путь — это ряд взаимодействий между молекулами в клетке , которые приводят к определенному продукту или изменению в клетке. Такой путь может инициировать сборку новых молекул, таких как жир или белок . Пути также могут включать и выключать гены или побуждать клетку двигаться. ^[1] Некоторые из наиболее распространенных биологических путей участвуют в метаболизме , регуляции экспрессии генов и передаче сигналов . Пути играют ключевую роль в передовых исследованиях геномики .

Наиболее распространенные типы биологических путей: ^[1]

Нейроанатомия

В нейроанатомии нейронный путь — это соединение, образованное аксонами , которые выступают из нейронов и образуют синапсы на нейронах в другом месте, обеспечивая нейротрансмиссию (передачу сигнала из одной области нервной системы в другую) ^{[2] .}

Базы данных путей

База данных путей KEGG — популярная база данных поиска путей, активно используемая биологами.
WikiPathways — это база данных путей, курируемая сообществом, использующая концепцию «вики». Все пути имеют открытую лицензию и могут свободно использоваться.
Reactome — это бесплатная и вручную редактируемая онлайн-база данных биологических путей.
NCI-Nature Pathway Interaction Database — это бесплатная биомедицинская база данных сигнальных путей клеток человека (новое официальное название: NCI Nature Pathway Interaction Database: Pathway, синоним: PID).
PhosphoSitePlus — это база данных наблюдаемых посттрансляционных модификаций белков человека и мыши; онлайн-ресурс по системной биологии, предоставляющий исчерпывающую информацию и инструменты для изучения посттрансляционных модификаций белков (ПТМ), включая фосфорилирование, убиквитинирование, ацетилирование и метилирование.
Коллекция баз данных BioCyc представляет собой набор баз данных путей/геномов, специфичных для конкретных организмов.
База данных референтных белков человека представляет собой централизованную платформу для визуального отображения и интеграции информации, касающейся архитектуры доменов, посттрансляционных модификаций, сетей взаимодействия и связи с заболеваниями для каждого белка в протеоме человека (последний выпуск № 9 был выпущен в 2010 году).
PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships) — это большая тщательно подобранная биологическая база данных семейств генов/белков и их функционально связанных подсемейств, которую можно использовать для классификации и определения функции продуктов генов.
TRANSFAC (база данных TRANScription FACtor) — это вручную курируемая база данных эукариотических факторов транскрипции, их геномных сайтов связывания и профилей связывания ДНК (предоставлена geneXplain GmbH).
MiRTarBase — это тщательно подобранная база данных взаимодействий микроРНК с мишенями.
DrugBank — это комплексная, высококачественная, свободно доступная онлайн-база данных, содержащая информацию о наркотиках и объектах наркоторговли.
esyN — это просмотрщик и конструктор сетей, позволяющий импортировать пути из базы данных биомоделей или из biogrid, flybase pombase и просматривать, какие препараты взаимодействуют с белками в вашей сети.
Сравнительная токсикогеномная база данных (CTD) — это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, который собирает научные данные, описывающие взаимосвязи между химическими веществами/лекарствами, генами/белками, заболеваниями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия; CTD освещает, как химические вещества окружающей среды влияют на здоровье человека.
Pathway Commons — это проект и база данных, использующие язык BioPAX для преобразования, интеграции и запроса других баз данных биологических путей и взаимодействий.

Смотрите также

Источники

^ ab «Информационный бюллетень о биологических путях».
^ Мур, Кит; Далли, Артур (2005). Клинически ориентированная анатомия (5-е изд.). LWW. стр. 47. ISBN 0-7817-3639-0Пучок нервных волокон (аксонов), соединяющий соседние или отдаленные ядра ЦНС, называется трактом .